在晚清动荡不安之时，李鸿章呈交的《筹议海防折》在朝堂上引起了激烈争辩，海防塞防的争论闹得沸沸扬扬。这一奏折获得了醇亲王奕譞、军机大臣文祥等人的拥护，奕譞更是把李鸿章暂且停止西征的建议夸赞为“最佳之策”，刹那间，朝廷中对李鸿章的夸赞之语接连不断。
不过呢，在这个重要关头，慈禧太后表现出了少有的明智，她心里很清楚左宗棠的看法相当重要，所以就下令让左宗棠加入讨论，给这场争执带来了关键的变化因素。
【01】
1875 年3月，左宗棠呈交奏折，清晰地表明了他自己的看法。
他觉得海防和塞防都很重要，强调事情是有轻重缓急的，当下最要紧的是处理好最为危急的问题。在那时，日本虽说被当作心头大患，可还没展现出强大的力量，短时间内不用太过担心，而此时恰恰是收复新疆的好时机。
左宗棠表示，新疆可不是啥荒凉之地，它是蒙古的一道屏障，而蒙古又是北京的关键屏障。要是放弃了新疆，那麻烦可就大了，边疆的安定就没指望了。
左宗棠呈递的上书仿若一枚威力巨大的炸弹，致使原本力挺李鸿章的文祥转变了立场。
文祥向慈禧秘密上奏，深入地阐述了新疆对蒙古以及陕甘地区的重要性。要是放任阿古柏的势力在新疆胡乱扩张，那蒙古、陕甘地区肯定会遭到攻击，而且英法说不定还会从海上进行夹击，到时候清朝就得面对两线作战的艰难局面，根本没有获胜的可能。慈禧认真思考后，明白新疆要是守不住，蒙古、陕甘、西藏等地也会变得危险万分，要是丢掉了一半的国土，自己死后哪还有脸去见爱新觉罗家族的历代祖先。
多亏了文祥的关键助力，两宫太后才最终坚定决心，支持左宗棠去收复新疆，正因如此，海防塞防之争出现了重大的转变。
实际上，海防派提议放弃收复新疆，并非是他们着实看重海防建设，而是他们对左宗棠能否顺利收复新疆心存疑虑。
在他们的想法中，鉴于大英帝国和沙俄帝国在西北的势力逐步渗透，就算左宗棠能够打败阿古柏，那也根本没可能去对抗洋人。既然西征很可能会毫无收获地回来，那干嘛还要浪费钱财呢，还不如把西征的军费投入到海防建设当中去。并且，跟英俄相比，日本被看作是好欺负的，他们觉得大清就算打不过英俄，对付日本应该还是没问题的。
要不是英国给阿古柏当后盾，沙俄又对新疆垂涎已久，那收复新疆这一伟大功绩，李鸿章哪里会轻易让给左宗棠啊，怕是早就派遣淮军前去了。
1875 年 5 月，清政府委任左宗棠当钦差大臣，负责督办新疆的军务。可是呢，命令是下了，西征所需的军费却把左宗棠给难住了。他一开始申请一千万两白银的军饷，结果户部只给拨了二百万，各省帮忙出了三百万，那还差的五百万，就得左宗棠自己想办法去解决了。
没办法了，左宗棠去找胡雪岩帮忙，拿清朝的关税作担保，从洋商那里借了 1375 万两银子，又从华商那里借了 846 万两银子。
得说一说，胡雪岩从洋行借的那些外债好多都是高利贷，有传言讲他暗地里拿了不少好处。左宗棠心里清楚借外债不是啥好事，可实在是没办法，形势逼得他不得不这样，他也曾挺无奈地说，只要有一点儿办法，自己肯定不会选这个办法。
军费难题解决后，左宗棠面临的是后勤补给与战略方针这两大难关亟待攻克。那时交通极为不便，西征军要远赴新疆打仗，粮草辎重的运输着实是个大难题。为搞定补给的问题，左宗棠当机立断进行裁军，挑出了 6 万精锐之兵。由于去新疆远征路途遥远，参战人员要是太多的话，不但粮食消耗惊人，而且军队素质良莠不齐，容易导致兵变。军队精简之后，对武器装备的需求也就变得更高了。
左宗棠不仅在上海购置武器，还在西安、兰州设立制造局，以便在当地制造枪炮。
在参战之前，参加西征、收复新疆的清军都已完成换装，装备了诸如德国 M1871 型毛瑟步枪以及美国雷明顿一号步枪这类先进的武器。
与此同时，左宗棠构建了四条后勤补给的线路：一是从甘肃河西启程，过嘉峪关、玉门抵达哈密；二是自包头起始，横跨蒙古草原送达巴里坤；三是在新疆东部进行采购后运往巴里坤；四是向沙俄商人购置，从斋桑淖尔运至古城。
【02】
在战略方针方面，1875 年夏天，左宗棠于兰州召集高级军事会议，对作战计划加以研讨。
年轻的湘军将领刘锦棠拟定了“先攻北方，后取南方，缓慢推进，急速作战”的战略规划。
“先北后南”说的是先让北疆安定下来，不过不用着急去攻打伊犁，之后再向南疆进军；“缓进急战”的意思是，不能毫无准备地打仗，打仗前要做好充分准备，只要开战了就得快速结束战斗。
左宗棠对刘锦棠的提议极为认可，立马赋予他重要职责，命他作为前敌指挥，统领西征军展开战斗。
六月，阿古柏获知了清军将要进攻的消息，赶忙安排防御事宜，让马仁德、白彦虎等人各自负责把守乌鲁木齐等地方，以此来阻拦清军，而他自己在托克逊指挥作战。
乌鲁木齐在北疆是个重要的军事要地，古牧地乃是乌鲁木齐的关键入口。清军从他们的驻扎地前往古牧地，有两条路能走，一条大路是戈壁滩且没水，另一条小路水源丰富，然而被白彦虎派人给截断了。刘锦棠和金顺商量之后，决定使用声东击西的办法巧妙地夺取古牧地。
战前，刘锦棠让人在大路上挖井修堡垒，做出要从大路进攻的样子，白彦虎果真上了当，把主要兵力调到了大路。就在这时，金顺带着部队从小路悄悄地快速行进，进行长途突袭，敌军毫无防备，慌乱地四处逃窜，金顺的部队顺利冲破防线抵达古牧地。接着，刘锦棠打败大路的敌军后，也带着部队赶了过来，两路清军分别从东南角和西北角对古牧地发起进攻。
八月十七日清晨，历经多日激烈战斗后，清军凭借开花大炮将古牧地城墙轰塌，随后冲入城中。此役，清军杀敌五六千之众，生擒 215 人，不过自身也有伤亡，阵亡 158 人，受伤 455 人。
古牧地之战结束后，刘锦棠获取到白彦虎给古牧地守将的信件，了解到乌鲁木齐的守备力量薄弱。于是，他安排两营人马驻守古牧地，自己则带领主力部队快速朝着乌鲁木齐进发。八月十八日黎明时分，清军对乌鲁木齐展开炮击，马仁德和白彦虎没料到清军来得这般迅速，城里瞬间陷入混乱，这二人选择弃城逃跑，清军差不多没费多少力气就攻占了乌鲁木齐，北疆的大部分区域就此被收复。
阿古柏获知了相关消息后，赶忙派人去修缮库克逊、吐鲁番、达坂城的防御工事，把败军收拢起来，缩进玛纳斯城里坚守。9 月的时候，金顺率领军队攻打玛纳斯，这场战斗持续了一个多月，清军一直都没能把城攻破。
10 月的时候，刘锦棠带领军队前去支援，到了 11 月 6 日，清军把玛纳斯给攻破了。
到了这个时候，北疆地区除了伊犁之外，敌军占领的据点都被清军给拿下了。冬天到了，大雪把山封住了，大规模的军事行动不太方便，刘锦棠就下令让部队休整，打算等春天来了再往南疆进军。左宗棠的西征进程虽说艰难，但一直在稳稳地向前推进，给收复新疆全境打下了坚实的基础，在晚清的历史上留下了很重要的一笔。他捍卫国家领土完整的行为，也变成了后人称赞的美谈。
