清代，甘肃高台县出过一位名医，名叫石林，字太朴。石林精通医术，和所有的医生一样，心怀一颗仁心，遇上疑难病症，他极具耐心总是不厌其烦。医术好又治病用心，所以别人都愿意请他上门，而石林也会风雨无阻，哪怕对方是穷苦人家，病情难以诊治，他都不辞辛苦，只希望力所能及，能为病家解除痛苦。
这一天，石林看诊回家，骑着一头毛驴走在路上。来到目牙湖边，他忽然看见路边的草丛中倒着一个人，一动不动，远远看着气息奄奄。石林是医生，第一个想法就是那人是不是生病了。他连忙赶了过去，走到近前，仔细察看。那个人也不知道得了什么绝症，倒在那里竟似没了呼吸，俨然一个死人。石林用手搭着那人的脉膊，想看看还有没有办法救治这个人。
正在这时，路边又走过来几个人，正是县里的差役。差役们一眼看到倒在地上的死人，石林正坐在他身边，当即以为那人是石林给打死的，当即大声呼喝起来：“杀人凶犯，哪里逃？”石林吓了一跳，不等他反应过来，几名差役已经围了过来，将他抓了起来。石林连忙解释自己是个医生，路上看见此人倒在路上，只是想看看他有没有救，并没有杀人，可是差役们哪里肯听，执意将他抓到县衙，送给知县审理。
知县升堂问案，石林又将事情陈述了一遍，疾力声称自己是冤枉的。可惜知县却丝毫不信：“路上偶遇，岂有这番好心，主动上前诊治？定是你打死此人，不及逃走，被差人抓获，编出这般谎言故事。来人啊，给我打，打到招供为止。”一番严刑拷打，不由分说，逼着石林在招供上画供，然后就将将石林作为杀人凶手押解到兰州的大牢中，只等案卷呈报刑部，审核批复下来之后，秋后问斩。
石林心如死灰，觉得自己身负奇冤却难以辩白，只能低头认命等着一死。好在他为人豁达慈善，时常帮着狱中的囚犯治伤看病，牢房中上至狱卒下至囚犯，都十分感念他的恩惠，处处给他方便。
眼看着刑部批文就要下来了，只等省城接到批文，再最后复审一回，石林的刑期也就定了。可是这几天，兰州知县却来去匆匆，带着差役们进进出出，也不知道出了什么大事，竟然连牢房都无暇光顾视察。石林心中好奇，又挂念着自己的案子，就问牢房的狱卒城里出了什么事。
狱卒闲着无事，就与石林闲聊：“可不是出大事了，巡抚老爷的大公子得了怪病，舌头伸出来多老长，就像吊死鬼一样，怎么也缩不回去。请了许多医生，没有一个有办法医治。咱们知县为了讨好上官，每天忙着过去探望，帮着找名医，哪里有时间管牢房这里？”石林听了狱卒的话，抬起头略思忖了一回，对狱卒说道：“这个病容易治。”狱卒白了石林一眼：“你说得倒轻巧，那么多名医都束手无策，没有办法医治，莫非你能给治好？”
石林心中一动，他笑着对狱卒说道：“你说对了，这病我能治。你去告诉你们知县老爷，让我去给巡抚老爷的公子去治病，保管手到擒来。”狱卒看着石林，迟疑着不动，石林又催促他：“快去，要不耽误了巡抚公子的病情，你可吃罪不起。”狱卒听了这才连忙起身，去将兰州知县请了过来。
知县来到牢房中见石林：“这可不是玩笑事，你给我说说你打算如何医治公子的病，说得好，我才能带你去巡抚府中治病。”石林于是将这病的医理和诊治方法说给知县听，知县听了连连点头，觉得可以去巡抚府中试一试。石林说道：“大人带我去巡抚府中，请给我剃短头发，让我穿上犯人的赭衣囚服前去。”知县想了想，点头同意了。
知县带着石林见了巡抚，巡抚便问石林：“你打算用什么办法来给小儿治病？”石林不慌不忙：“只要用两床破旧多垢的被絮，盖在公子身上，这样可以起效快一些。”巡抚当即同意，让人取来被子。
石林请巡抚等人出了房间，用两床被子裹住巡抚公子，将人放在热坑上，过了一会儿，公子头上身上便冒出了一层汗珠。石林打开被子，看了看病人，取出银针，迅捷地刺向公子的喉咙。公子闷哼一声，那舌头竟然动了起来，缓缓地缩了回去。石林又手写了一副药方，交给巡抚：“照此方服用两剂，病情就大愈了。”
巡抚看着药方，又看了看已经恢复原样的儿子，又惊又喜，禁不住对石林另眼相看。这时他才留意到石林身上的囚服，巡抚眉头一皱：“你身负如此医术，怎么身陷牢圄？”石林上前，扑通跪倒，哭着将自己的冤案说了一遍，申诉道：“大人，如果那人真的是被我打死的，他身上的伤痕何在？”
巡抚听明白了，他吩咐人将石林的案卷取来，仔细审阅一番之后，当即宣布石林是冤枉的，将石林无罪开释。
石林为巡抚公子治病，替自己洗刷冤情的事情，如同长了翅膀，很快就传遍了兰州城，石林一下子成了名人。上门来请他看病的人盈门塞巷，从早到晚，没有丝毫减少。石林几乎片刻休息的时间都没有，好几年过去了，石林都没有办法回高台县老家，每次他只要一出门，那些家中有病人想请他上门的人就在路上等着，时间一长，石林也苦不堪言。没办法，他只好另外化了装，改换道路，这才回到了高台县老家。
石林晚年之后，医术更加炉火纯青，那些危重病人，经过石林的救治，都有奇效，活人无数。石林还将自己的医术总结成了一部医学著作《鸿宝堂医案》，被许多医家视若珍宝。乾隆八年，石林因病于家中去世，当地官府还送了一块匾额“函关紫气”以作纪念。
