导语

药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性，在民族医学和传统医学中备受关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对天然产品的兴趣。尽管这些植物的基因组和转录组已经测序完成，但由于缺乏可公开获取的基因注释和表格格式的基因表达数据，阻碍了对它们的有效利用。近日，有学者开发了一个整合药用植物组学数据库（Integrated Medicinal Plantomics，IMP），关于该数据库的成果发表在了《Nucleic Acids Research》期刊上，影响因子高达14.9分！

文献标题：IMP:bridging the gap for medicinal plant genomics

发表期刊：Nucleic Acids Research

影响因子：14.9

发表时间：2023.10.23

数据库访问地址：https://www.bic.ac.cn/IMP/#/

数据库概览

IMP数据库内容及功能

ORIGINGENE

IMP数据库发表初期共为84个高质量基因组组合整理了8,565,672个基因，以及2156个转录组测序样本，涵盖了各种器官、组织、发育阶段和刺激。通过集成的10个分析模块，用户可以简单地在IMP中进行基因注释、序列、功能、分布和表达的一站式检测。

用户可以通过选择几个基因，然后将它们发送到不同的程序中，包括：（1）多基因表达图谱，用于比较不同器官或治疗条件下的转录组谱，筛选关键功能基因；（2）基因调取，用于寻找具有相似表达谱且可能共同起作用的其他基因；(3）基因簇可视化，查看这些基因是否可能形成基因簇，参与一条代谢物途径；（4）多序列比对，查找代谢物合成的保守催化位点；（5）序列检索，下载相关序列；（6）引物设计，制作引物用于实验验证；以及（7）BLAST，比较不同物种的检索结果。用户还可以利用（8）差异表达基因分析模型进行跨器官比较或沿诱导途径比较，从而探究药用成分合成途径。经鉴定的差异表达基因可进行功能查找（9）GO/KEGG 富集分析和（10）基因集富集分析。

总之，IMP将在增进对药用植物或药用植物分子代谢途径的理解方面发挥至关重要的作用，从而推动合成生物学的进步，促进药物发现和药物生产等有价值化学成分的天然来源的探索。

参考文献

Chen T, Yang M, Cui G, Tang J, Shen Y, Liu J, Yuan Y, Guo J, Huang L. IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D1347-D1354. doi: 10.1093/nar/gkad898. PMID: 37870445; PMCID: PMC10767881.