在选择内镜微生物检测系统时，需要考虑以下几个关键因素：

功能性：确保所选系统能够满足内镜微生物检测的所有需求。系统应该具有高度的敏感性和特异性，能够准确、快速地检测出微生物污染。

易用性：考虑系统的操作简便性，以及是否需要专业的技术知识来操作。一个用户友好的系统可以降低培训成本，并提高使用效率。

自动化程度：自动化程度高的系统可以减少人工操作，提高检测效率，减少人为错误。选择具有自动化功能的系统可以节省时间和人力资源。

精度和准确性：系统应该具有高度的精度和准确性，以确保检测结果的可靠性。这可以通过查看系统的技术规格、用户评价和第三方认证来评估。

维护和保养：考虑系统的维护和保养成本，以及维护的简便性。一个易于维护和保养的系统可以延长其使用寿命，并减少停机时间。

兼容性：确保所选系统能够与现有的内镜设备和数据处理系统兼容。这可以确保系统的顺利集成和高效运行。

售后支持：考虑供应商的售后支持能力，包括技术支持、维修服务和升级更新等。选择一个具有良好售后支持的供应商可以确保系统在使用过程中的稳定性和可靠性。

成本效益：在选择系统时，需要综合考虑成本效益。虽然价格不是唯一的决定因素，但确保所选系统在预算范围内，并能够为实验室带来长期的价值是非常重要的。

基于以上考虑因素，您可以评估市场上的不同内镜微生物检测系统，并与供应商进行沟通以获取更多信息。此外，您还可以参考其他实验室或专业人士的建议和意见，以做出更明智的选择。