7 月 2 日，大陆海警船在金门附近海域执行常态化巡逻任务时，发现一艘名为大晋满八十八号的澎湖渔船在此海域违规捕捞作业。大陆海警随即行动，决定扣留该渔船。

澎湖海湾海军部门负责人张忠荣得知后，成立所谓应变指挥中心，调派两艘海军船只前往拦截，后又增派一艘海警船。但现场大陆海警船只多达七艘，远超台湾海巡部门派出船只数量。双方对峙五十分钟后，大晋满八十八号渔船仍被依法扣押。

台湾海巡部门高层在 7 月 3 日记者会上承认，渔船被查获地点距大陆晋江约 11.2 海里，在所谓禁限制水域之外。当台湾海巡船只抵达距离被扣押渔船 1.6 海里处时，遭三艘大陆海警船拦截。台湾海巡部门向大陆海警船发送广播，要求释放渔船，大陆回应要求其勿干扰正常执法。最后，台湾海巡部门因渔船已越过所谓禁限制水域，为避免冲突升级而停止追踪。

渔船被扣查不到二十四小时，台湾当局向大陆提出要求，台湾海巡部门公开表示，希望大陆尽快释放台湾渔船及船员，并声称将通过现存两岸沟通管道协调。

大陆海警局新闻发言人刘德军证实此事，指出澎湖渔船因违反休渔规定、在限定海域违规捕鱼且使用不符规定的渔网，不仅挑衅大陆休渔规定，还破坏海洋渔业资源和生态环境，依法查扣正当合理。

有分析认为，此次事件传递出两个明确信息：一是大陆对海上违法行动依法处置，不分渔船归属地；二是大陆逐步收紧对金门海域执法权，压缩台独分裂势力活动空间，掌握台海周边主动权。今年 2 月大陆渔船在金门附近海域遭台湾当局海巡部门强势驱赶致两渔民落海身亡，致两岸关系更紧张。此次台湾渔船被查扣，也被舆论视为大陆的反制行动。当时周边海域还有近二十艘正在作业的台湾渔船，大陆查扣大晋满八十八号意在杀鸡儆猴，向其他违规台湾渔船发出强烈警告。