石达开军覆没于大渡河畔的紫打地时，由于陕西爆发了回民大起义， 李永和、蓝大顺两支云南义军残部及扶王陈得才部太平军相继入陕，欲与关中回民军会合，一时间，陕西中部、南部暗流汹涌，局势日益危殆。清廷紧急调索伦悍将多隆阿率麾下黑龙江马队自安徽庐州驰援陕西关中。

同治元年（1862）冬天，多隆阿率部入陕攻回，旋即与回民军展开一系列恶战。多隆阿以骁勇闻名，和湘军悍将鲍超齐名，军中人并称“多鲍”，其麾下黑龙江马队剽悍善战，善打硬仗，是清军中为数不多的虎贲。

1863年，多隆阿率军攻占大荔王阁村、羌白镇和渭南仓渡镇、庞谷、孝义镇等地，大败回民军，迫使回军余部退往甘肃东部地区。彼时滇川农民军首领蓝大顺率余部由川入陕占领周至，对西安构成威胁。1864年春，多隆阿亲自督军围攻周至，混战中头部被流弹击伤，5月18日伤重不治身亡。周至之战，多隆阿部将士伤亡数千人，自己也伤重而死。

就在多隆阿部围攻周至与蓝大顺残军血战时，扶王陈得才也率太平军西征部队攻占兴安（今安康），攻汉阴，克勉县，接着又一鼓作气攻取汉中、城固，陕南告急。陕南地区的清朝官吏频频向四川、湖北告急，希望二省派兵增援。四川先后派易佩绅、朱桂秋等部湘军驰援汉中，石达开全军覆没后，又增派箫庆高、何胜必等军开入陕南。

清廷见石达开被歼，李、蓝昭通回军残部窜入陕西，四川日趋稳定，遂命川督骆秉章幕府高参刘蓉督办陕南军务，7月更将他擢为为陕西巡抚， 让他回湖南募勇开赴汉中。清廷用意很明显，就是让刘蓉带领驻川的各支湘军以及新募之勇，依靠四川提供的后勤支援，大举入援陕南，肃清蓝大顺滇川农民军余部后，最终平定陕西全境。

当刘蓉还在成都部署北进陕西各项军事计划时 ，已经先期进入汉中周边的湘军先头部队，急功冒进，于1864年 8月19日，突然向围攻汉中的陈得才部太平军发起攻击；太平军见湘军人数不多，遂因势利导，诱敌深入，引诱湘军攻坚，旋即分兵从四面予以包围。（铁马冰河 wu）湘军深入攻坚被围后，倒也不慌乱，而是以“扎死寨、打呆仗” 的顽梗劲头与太平军展开激烈厮杀，经反复搏击，湘军虽然突出重围，但太平军穷追猛打，湘军死伤惨重，尸横遍野，双方战至次日清晨，湘军营垒悉数被攻破——

“尽弃帐房辎重，且战且走，退扎青石关......伤亡至三千余人 ，阵亡营官至七 、八员”。

太平军摧垮来援湘军后，又回过头去攻打汉中城，很快破城而入，全歼守军。这样的惨败，在湘军战史上很罕见，大约仅有三河之败可以相提并论，正如新晋陕西巡抚刘蓉所说：

“实少有如此次挫衄之甚者”。《刘蓉·会奏援军挫衄情形疏》

刘蓉紧急赶至陕南前线整饬败军，四川总督骆秉章也给予大力支持，拨出13000军队归刘蓉统带，并源源不断地转运大量粮饷、军火至陕南前线。

同治三年（1864）正月，因湘军对天京发起总攻，陈得才急于率部东援，遂放弃汉中即周边各县，陈得才退出陕西后进入河南、湖北......太平军撤走后，刘蓉收复汉中、城固等地，当年4月至省城西安接巡抚任。