干细胞作为一类具有自我更新和多向分化潜能的细胞，在不同诱导条件下，可以分化为成熟的功能细胞，例如神经元、心肌细胞、血管内皮细胞等等，同时这些细胞也可以替代和修复死亡、受损细胞，对于治疗各种疾病，特别是一些难治性疾病，都具有非常重要的作用。
在近年来的研究中，干细胞表现出了良好的免疫调节和组织修复的作用，这也就是说，干细胞具有修复损伤组织、促进新陈代谢、改善人体免疫系统等多种功能，因此，干细胞在医学领域的应用前景非常广阔。
干细胞的医学应用前景极其广阔，通过干细胞间的相互作用以及产生细胞因子的方式，能够有效地抑制人体中各种淋巴细胞的增殖及其免疫反应的产生，从而改善细胞免疫的失衡状态。在实际应用中，干细胞能够抑制人体过度活跃的免疫应答，从而减轻损害以及由自身免疫过程导致的炎症反应，使得自身免疫性疾病的治疗效果和前景得到显著提升。
近年来，干细胞在自身免疫性疾病治疗上已取得了显著效果，许多患者的病情得到了显著改善，使患者重新获得了正常生活的能力。例如，一些罕见病患者使用干细胞治疗后，其症状得到了极大的缓解。
此外，在多发性硬化症、系统性红斑狼疮等常见疾病治疗上，干细胞治疗也发挥了十分重要的作用。干细胞疗法的出现，使得自身免疫性疾病的治疗方法得到了显著的改善，这无疑为患者带来了更多的治疗选择和更好的预后。
