日本海军一直在为对美开战积极准备。早在1940年，海军就将转为预备役的军舰大批恢复现役并补充人员。到1941年，联合舰队已经达到前所未有的规模，另外还征用了180万吨商船，航空兵方面，1941年初，日军把中国沿海的岸基航空兵编为第11航空舰队，与舰艇协同训练。

海军是日本扩军的重点。由于综合国力的限制，日本不可能在舰艇总数上与美、英、荷竞争，只能在超级战列舰和航空母舰方面追求大致相等。太平洋战争爆发前，日本海军已拥有包括10艘战列舰、10艘航空母舰、18艘重巡洋舰、20艘轻巡洋舰、112艘驱逐舰、65艘潜艇，舰艇总数达391艘，舰船排水量达到146万余吨。日本海军总兵力达32.2万人，飞机3200余架。

1941年12月，日本陆军总兵力增加至51个师团、58个混成旅团，共210余万人，包括陆军地面部队200多万人航空部队10万人。陆军拥有作战飞机3500架、坦克1200辆。为实施南进作战，日本陆军又抽调11个师和66个航空中队，共拥有飞机700架，总兵力40万人。

训练准备方面，1941年日军强迫法国维希政府接受日军进驻印支南部，取得了有利的南进基地；陆海军和航空部队都在华南沿海及海南岛进行热带地区的作战训练，进行夺取新加坡、马来亚、菲律宾的演习。与此同时，日本间谍在预定作战各地搜集防卫、机场、登陆海滩等相关情报，把这些情报送到帝国统帅部，为发动战争做好了准备。

日本开战的首要企图，是迅速占领菲律宾群岛、英领马来亚、荷属东印度等南方重要区域，获得战时必需的燃料及其他资源，形成持久不败的战略态势。为了实现此目的，陆军进攻兵力的主力分为两派，分别前往菲律宾群岛和马来亚的两大战线。与此展开直接协同作战的，是海军中将近藤信竹率领的南方部队。

1941年11月5日，日本御前会议决定发动太平洋战争。大本营海军部下达大海令第1号，联合舰队据此发布开战命令：各作战部队根据预先计划的兵力部署，分别开进战争出发地域。日本海军兵力展开如下：

山本五十六指挥海军的主力部队部署于濑户内海西部，支援整体作战；

南云忠一第1航空舰队为航母舰队，包括航空母舰6艘、战列舰2艘，11月26日从单冠湾出发，悄悄驶往夏威夷群岛附近海域，准备袭击珍珠港；

第11航空舰队（岸基航空兵）协同陆军，袭击菲律宾和马来半岛，继而在战区遂行空战任务。第2舰队在菲律宾海域执行夺取制海权、保障海上输送陆军安全的任务。第3舰队为登陆菲律宾及南方要地的部队护航，并掩护登陆行动。南遣舰队协同在马来半岛登陆部队作战；

南洋部队主力在特鲁克、一部在塞班岛，任务是警戒南洋方面，进攻关岛和威克岛；

南方部队在台湾、海南岛等地展开，准备掩护和支援陆军进攻菲律宾和马来亚等地；

北方部队担任北方海域警戒、保护海上交通线的任务。

同日，大本营陆军部正式发布了南方部队战斗序列，任命寺内寿一大将为南方军总司令官。大本营陆军部大陆命第555号确定南方军总司令寺内寿一下辖第14、15、16、25集团军和第3、5飞行集团，以及第21师团、第3铁道部队等，总兵力合计12个师团和2个飞行集团，拥有飞机约700架，总兵力约40万人。

寺内寿一南方军直属部队包括：第21师团、第21独立混成旅团、第4独立混成旅团、南海支队、第3和第5飞行集团、第21独立飞行队。南海支队负责进攻关岛和俾斯麦群岛等地。

第14军司令官为本间雅晴中将，下辖第16、48师团及第65旅团等，负责进攻菲律宾；

第15军司令官为饭田祥二郎中将，下辖第33、55师团等，负责进攻泰国和缅甸；

第16军司令官为今村均中将，下辖第2师团、第56混成旅团等，负责进攻荷属东印度；

第25军司令官为山下奉文中将，下辖第5、18师团和近卫师团，负责进攻马来亚。

根据上述命令，南方军的战略展开如下：第3飞行集团集结在中国南部和印支北部，第5飞行集团在台湾南部展开；预定登陆菲律宾的第14军各部分别在马公、帕劳（帛琉）、奄美大岛、高雄和基隆集结；进占泰国的第15军在印支集结；计划攻击菲律宾南部达沃、霍洛岛的第16军在帕劳（帛琉）群岛集结；计划攻击婆罗洲的南方军直属第18师团川口支队在广东南下；预定攻击关岛和俾斯麦群岛的南海支队在小笠原群岛集结。

在作战计划中，日本陆军以夺取马来半岛和新加坡为重点，海军以袭击珍珠港为重点。如遇到敌方舰队袭扰，除第3舰队和南遣舰队继续协同陆军进攻外，联合舰队其他兵力全力以赴截击并歼灭敌方舰队。以上就是日本在第阶段作战的基本计划。日军大本营判断大约用5个月时间就能按计划完成对南方大部分地区的占领，至于以后如何行动，尚未进行认真研究。