手套箱外物品通过过渡舱进入，虽能杜绝箱外气体进入，但无法去除物品自带影响气氛的物质。像甲醇、乙醇等挥发性有机溶剂，因其沸点低、挥发性高，进入手套箱后会使箱内有机溶剂浓度增加，可能污染实验样品或影响实验结果 。不过手套箱的气体净化系统可有效吸附和去除这些挥发性有机化合物。

盐酸、氢氧化钠等酸碱性物质进入手套箱，可能改变箱内的PH值。

氯气、硫化氢等腐蚀性气体进入手套箱，可能与箱内材料发生反应。但手套箱主箱体一般采用耐腐蚀的304不锈钢材料，可防止这些气体对手套箱结构造成损害。

含水溶剂或湿样品进入手套箱，挥发的水蒸气会增加箱内水分，破坏无水无氧环境。而手套箱的循环净化系统能有效吸附水分。

实验过程中产生的粉末样品或打磨产生的颗粒物，会污染箱内气氛环境。手套箱的高效过滤系统可过滤掉这些微小颗粒，保持箱内环境清洁。