秦琼，字叔宝，乃齐州历城之人。其最初为隋将来护儿部下，不过是个默默无闻的小兵卒罢了。然而，在秦琼之母离世之时，将军来护儿竟反常地派遣自己之子前去吊唁，足见其对秦琼格外看重，觉得他才能出众，将来定然能够富贵显达。

秦琼那卓越之才能深得来护儿的高度赞誉。来护儿乃是一位杰出之将军，曾于隋文帝时期立下战功，后担任瀛洲刺史，深得百姓爱戴。隋炀帝即位后，来护儿被召入京城，因治理得民心而获封右骁卫大将军等职，最终晋爵荣国公。在隋朝征伐高丽之时，被任命为平壤道行军总管，虽攻破平壤外城，却因其他隋军战败而撤军。

次年，来护儿率兵出海途中得知洛阳遭杨玄感攻击，果断舍弃原计划回军反击，获隋炀帝嘉奖。其与宇文述一同平定叛乱后，再次进击高丽并迫其求和。尽管来护儿认为应当继续进攻，然因众将遵从皇命而撤军，错失灭高丽之良机。其后，来护儿曾劝谏隋炀帝勿要南巡无果，最终在南巡中与炀帝一同遇害。

来护儿对秦琼之卓越才能赞誉有加。秦琼首次显著之表现乃是在与张须陀合作平定卢明月所率叛军之时。尽管隋军人少，然张须陀巧妙布阵，在粮食用尽撤退之时设下埋伏，提议以一千精兵偷袭敌营以获取胜利，寻觅勇将执行此危险任务。

秦琼和罗士信于张须陀撤军后，隐藏起来并伏击追兵。他们带领精兵潜入敌营，因大营紧闭未能直接进入。于是二人爬上瞭望楼，拔旗杀敌，致使敌军混乱。

秦琼和罗士信在战场上表现卓异，带领精兵攻破敌营，烧毁三十余个敌军营寨。张须陀趁敌军回援之机反击，取得大胜。秦琼和罗士信之英勇成为佳话。随后，秦琼在隋朝军队中继续征战，攻克海曲后被封为建节尉。他的军人生涯起始于隋朝正规军，最终加入起义军，追随李密。

李密，乃隋末之知名反叛者，曾在杨玄感失败后逃亡。其最终投靠了拥有万人起义军的翟让。尽管翟让之部下因李密曾为杨玄感部下而主张杀他，李密仍成功通过王伯当影响翟让，强调当下乱世乃是英雄争夺天下之好时机。

翟让放李密去招募其他起义军，结果李密成功招揽了周围的小股起义军，使翟让之队伍壮大许多。但问题随之而来，这么多人如何果腹？李密提议攻破荥阳，既能解决粮食问题，又能吸引更多起义军。翟让同意，于是他们攻克金堤关，在荥阳一带搜刮粮草。

隋朝派遣张须陀来平定翟让之部队，但翟让因先前被张须陀打败而惧怕，准备逃离。李密劝说翟让硬刚张须陀，并表示自己能一战破之。

翟让在战斗中不敌张须陀之正规军，开始撤退。李密利用伏兵从后方袭击隋军，致使隋军大败。张须陀在救援部下过程中战死。

秦琼逃离战场后投靠裴仁基。李密势力逐渐扩大，取代翟让成为领袖。隋朝任命裴仁基阻击李密，但因监军御史之干预，裴仁基杀死御史并投降李密。

秦琼在裴仁基麾下转而投靠李密，并被任命为骠骑将军。他在黎阳战役中保护受伤的李密，随后重组李密之溃散部队击败宇文化及，故而成为军队之英雄。

王世充知晓李密军力大减后计划进攻，为增强信心，其借周公之名动员部队。

王世充之军队主要为信鬼神之楚地人，他们决定全面出击攻击李密。面对此挑战，李密让王伯当留守，自己则带领精兵应战。

关于李密之失败，有两种记载：

于《旧唐书》记载，李密因刚击败宇文化及而轻视王世充，未设防御。结果被王世充之伏兵突袭，导致大败。

《新唐书》则记载，裴仁基建议李密利用王世充全军出击之机攻击洛阳，但未被采纳，最终导致失败。

王世充以计谋击败李密。其找了一个类似李密之人，佯装抓住了他，致使李密军心动摇并溃败。李密其后逃至唐高祖李渊处，而王世充接收了李密诸多部下，包括秦琼和程咬金。尽管王世充给予秦琼高官，但秦琼和程咬金不满王世充之领导，计划离开。

秦琼和程咬金离开王世充后，投奔唐朝，被唐高祖李渊安排归李世民节制。二人因勇猛而受李世民重用，秦琼被封为马军总管，其后在与宋金刚之战中表现突出，被提升为右三统军。最终，秦琼因战功显著被封为上柱国。

秦琼在李世民麾下表现出色，不但在对抗王世充时冲锋陷阵，还在武牢战役中突破敌阵获取胜利。因其战功显赫，被封为翼国公并获重赏。随后，秦琼继续助力平定刘黑闼，进一步证明其战场价值。

秦琼以勇猛著称，尤为擅长于混战中取敌方将领首级，此技能使其深受李世民重用，并因此而自豪。尽管其参与了玄武门之变，然关于其在此事件中之具体行动并无详细记录。

玄武门之变乃是李世民发动，秦琼虽参与了但功劳不及尉迟敬德、侯君集和程咬金。据《太宗本纪》记载，除秦琼外，尚有长孙无忌、房玄龄等人参与。

事件后，秦琼获封左武卫大将军，食邑七百户。相较而言，尉迟敬德成为吴国公，食邑一千三百户；程咬金获太子右卫率和右武卫大将军职位，同样食邑七百户；侯君集因其在诛杀李建成中表现突出，被封为左卫将军、潞国公，食邑一千户。

秦琼晚年身体多病，曾言自己年轻时历经二百余战，多次重伤致健康恶化。其于贞观十二年逝世，被赠徐州都督，安葬于昭陵。

李世民表彰秦琼之战功，封胡国公，绘像凌烟阁。