在十三世纪时，随着第一次蒙古西征的结束，成吉思汗后裔在中亚建立察合台汗国，这个汗国以成吉思汗的次子察合台命名，属于蒙古四大汗国之一。

在成吉思汗后裔建立的四大汗国中，察合台汗国与金帐汗国一样，都拥有漫长的历史，但是由于身处四战之地，察合台汗国曾历经多场混战，这个汗国曾经历蒙古贵族的内战，还曾遭受过中亚之王帖木儿的打击，但是直到十七世纪时，东察合台汗国仍由察合台家族统治。

公元1225年，结束第一次蒙古西征的成吉思汗分封诸子，他的次子察合台，得到西辽与阿姆河以东的土地。

成吉思汗去世后，察合台力挺窝阔台继承汗位，至此之后，察合台便返回封地生活，他受到大汗窝阔台的优待，并且被尊称为皇兄。

在察合台统治时期，恪守蒙古传统的他，则率领部族游牧于封地东部的草原，河中地区的诸多城镇，被委托给当地总督管理，察合台很少前往城镇生活。

公元1242年，察合台在草原上病逝，其孙哈剌旭烈继承封地，但是由于当时的哈剌旭烈年龄太小，因此由其母负责管理封地事务。

公元1246年，窝阔台之子贵由成为大汗，当时的贵由，与察合台的第五个儿子也速蒙哥关系亲密，他下令废除哈剌旭烈，并且扶持也速蒙哥管理察合台汗国。

△察合台的画像

贵由去世后，也速蒙哥与窝阔台家族一起，反对蒙哥继承汗位，当蒙哥成为大汗后，也速蒙哥被处决，哈剌旭烈的儿子木八剌沙成为汗国统治者。

公元1259年，随着大汗蒙哥的去世，忽必烈开始与阿里不哥争夺汗位，而位于中亚的察合台汗国，则成为两人的拉拢对象，忽必烈和阿里不哥先后派人前往察合台汗国争夺汗位。

公元1260年，阿里不哥派出的阿鲁忽夺取汗位，此人是察合台的孙子，父亲是曾参加西征的拜答儿。

阿鲁忽成为可汗后，便立即选择支持忽必烈，并且得到了忽必烈的册封，此事导致阿里不哥率军攻打察合台汗国，双方军队互有胜负。

公元1265年，阿鲁忽去世，此时的忽必烈已经击败阿里不哥，忽必烈册封八剌为察合台汗，并且希望八剌能够牵制窝阔台汗国的海都。

而八剌抵达中亚后，便开始反抗忽必烈，他赶走忽必烈派来的大臣，并且和窝阔台汗国爆发多次冲突。

公元1267年，八剌在金帐汗忙哥帖木儿的劝说下，与海都握手言和，双方不久后在塔拉斯河组成联盟，决定共同对抗拖雷家族的忽必烈。

公元1270年，八剌率军攻打伊尔汗国，结果被伊尔汗国的阿八哈击败，八剌在此战中坠马受伤，不久后便伤重去世。

公元1274年，海都将八剌的儿子都哇扶上汗位，在都哇统治时期，海都在察合台汗国有很大的影响力，在那段时间，都哇跟随海都不断与元朝作战，并且发动了对伊尔汗国和印度德里苏丹国的战争，但是都没有取得太大进展。

公元1301年，都哇跟随海都参加帖坚古山之战，结果再次被元朝军队击败，海都在撤退时因伤重去世。

公元1303年，都哇决定向元朝效忠，并且在元朝军队的帮助下攻打窝阔台汗国，海都之子察八儿最终向元朝投降，窝阔台汗国的土地也被瓜分。

此时的察合台汗国，已经在两次蒙古贵族的内战中元气大伤，都哇向元朝效忠后，便打算通过远征印度来掠夺财富，可是却两次被德里苏丹国击败。

公元1306年，都哇因病去世，其后裔爆发了短暂的混战，在那段时期，察合台汗国还吞并了窝阔台汗国的大部分土地。

公元1310年，都哇的儿子也先不花继承汗位，也先不花起初继续与元朝保持良好关系，但是后来因为边境问题，也先不花与元朝和伊尔汗国爆发冲突，结果遭到元朝和伊尔汗国的夹击，并且失去了部分土地。

公元1320年，也先不花的弟弟怯别成为察合台汗，在怯别统治时期，他开始恢复与元朝的关系，并且将汗国的权力中心转移至西部的河中地区。

而怯别的这个行为，则加速了察合台汗国的分裂，进入河中地区的蒙古贵族，开始在当地的城镇中定居，并且与汗国东部的游牧民渐行渐远。

公元1326年，随着怯别的去世，察合台汗国再次陷入混乱，贵族们为了争夺汗位大打出手，在此后的二十年时间里，居然先后出现了九位可汗。

公元1346年，察合台汗国开始分裂，生活在河中地区的蒙古贵族，已经被当地人同化，他们以撒马尔罕为国都，被称呼为西察合台汗国。

而生活在汗国东部的蒙古贵族，仍然保持着游牧民族的生活方式，他们以阿力麻里为中心，被称呼为东察合台汗国。

察合台汗国分裂后，两个汗国便开始相互敌视，并且经常爆发冲突。

公元1360年，东察合台汗国的可汗秃忽鲁帖木儿，趁西察合台汗国陷入内乱时，率领大军占领河中地区。

而秃忽鲁帖木儿的此次出兵，则唤醒了另一位战争狂人的野心，当时只有二十六岁的帖木儿，决定投靠东察合台汗国，他被秃忽鲁帖木儿册封为渴石总督，并且在秃忽鲁帖木儿离开后，帮助其子也里牙思火者管理河中地区。

不久之后，由于也里牙思火者在城镇中四处搜寻少女，得知消息的帖木儿决定反抗东察合台汗国，结果失败后被逐出河中地区。

公元1363年，秃忽鲁帖木儿去世，东察合台汗国陷入内乱，逃亡至阿富汗的帖木儿，率领军队返回家乡，并且将东察合台汗国的势力赶出河中地区。

当帖木儿崛起后，曾六次对东察合台汗国发动远征，使东察合台汗国的军队损失惨重，无数城市也被摧毁。

△帖木儿

公元1391年，黑的儿火者成为东察合台汗国的可汗，为了对抗强大的帖木儿帝国，黑的儿火者多次向明朝派出使臣，但是迫于帖木儿帝国的强大势力，黑的儿火者最终选择与帖木儿缓和关系，并且在帖木儿东征时为其准备粮饷。

帖木儿去世后，东察合台汗国开始收复之前被帖木儿占领的土地。

公元1428年，歪思汗在与帖木儿帝国的战争中阵亡，东察合台汗国陷入分裂，歪思汗的儿子也先不花继承汗位，他的另一个儿子羽奴思汗则投靠帖木儿帝国。

公元1472年，羽奴思汗成为东察合台汗国的可汗，并且率领占领帖木儿帝国的部分土地，但是由于羽奴思汗号召游牧民进入城镇生活，导致一些部族拥立其子阿黑麻为汗，羽奴思汗则带着另一个儿子马哈木，统治着塔什干周边的土地。

公元1501年，随着昔班尼的崛起，羽奴思汗的两个儿子被击败，东察合台汗国的势力被逐出河中地区，而羽奴思汗的孙子赛依德汗，则在1514年建立叶尔羌汗国，这个汗国到十七世纪末期仍然存在，直至1680年才被准噶尔汗国灭亡。