1900年，20世纪的第一年，中国农历庚子年。这一年，当时世界上最强大的八个国家（英、法、德、美、俄、意、奥匈、日）组成联军（八国联军），以“保护侨民”为幌子大举入侵大清帝国。在八个强盗的联合打击下，大清帝国的都城陷落，帝国最高统治者慈禧太后和光绪皇帝出逃西安，是为庚子国变。次年，大清帝国与列强签订了丧权辱国的《辛丑条约》，被迫赔款4.5亿两白银。

在西安躲了一年的慈禧返回北京，面对京师破败的景象，慈禧罕见地开始了“清末新政运动”，大清帝国挺过了“死亡线”，进入了它回光返照的时代。与此同时，占据南亚次大陆的大英帝国，再次将侵略矛头对准了孱弱的大清帝国。1904年六月，英国殖民军官荣赫鹏率领一支由英国人和印度人组成的远征部队入侵拉萨，迫使西藏地方官员签订有损主权的“拉萨条约”。消息传到北京，清廷对伪条约坚决不予承认，并派唐绍仪为专使赴英属印度交涉相关事宜。

英国人入侵拉萨的事情给清廷敲响了警钟，清廷认识的必须改变西藏现有的治理体系，强化中央的控制，遂采纳了“经营四川备土司，并及时将三瞻收回内属，以为藏援”的建议。任命满洲干吏凤全为新任驻藏大臣，到西藏主持“改土归流”工作。当年8月，清廷明发上谕：

西藏为我朝二百余年藩属，该处地大物博，久为外人垂涎。近日英兵入藏，迫胁番众立约，情形叵测，亟应思患预防救补，筹维端在开垦实边，练兵讲武，期挽利权而资抵御，方足以自固藩篱。

因为藏区物产匮乏，凤全深知要想经营西藏必须稳定川边，于是凤全在川边重镇巴塘练兵、开垦，以保障未来入藏大军的军需供给，并设置行政机构，以朝廷命官代替当地土司行政。除了练兵、开垦、行政外，凤全针对巴塘地区寺庙、喇嘛众多，导致生产劳动力不足的问题，凤全限制寺庙喇嘛的人数，强制超出限制人数的喇嘛出寺还俗从事生产，此举解放了巴塘地区的劳动力，为凤全练兵、开垦提供了劳动力支撑，川边的经济也得以繁盛起来。但是凤全“改土归流”的政策引起了当地土司的强烈反对，大乱一触即发。

1905年2月，巴塘土司煽动民众袭杀了在巴塘传教的法国传教士。之后一发不可收拾，巴塘土司趁机裹挟民众进攻凤全的驻地，因事发突然，凤全不在军中，身边只有50名卫兵，而叛军则有4000多人，终因寡不敌众，全军覆没，凤全在乱军中被杀，清廷在巴塘的统治陷入崩溃，是为巴塘之乱。

巴塘之乱发生后，清廷迅速以四川提督马维骐、建昌道赵尔丰统率清军前往平叛。当年6月，清军击败巴塘、里塘叛军，特别是赵尔丰指挥清军攻陷了叛军大本营桑披寺，全歼叛军主力，并铁腕处死叛军数千人，一举荡平叛乱。而后，清廷召回马维骐回川，以赵尔丰为川滇边务大臣，继续在巴塘推行改土归流事宜。赵尔丰以巴塘为基地，兴办屯垦、教育、开矿、招商、练兵等新政，未来的西康省呼之欲出。

而后，赵尔丰又转战西藏，驱逐了入侵西藏的英印殖民军，捍卫了雪域高原神圣国土。