孔子周游列国之后，无国用其道，于是回到鲁国，专门教授子弟，传统道统，整理文献。《史记》记载“孔子归鲁，然鲁终不用孔子，孔子亦不求仕，乃叙《书》、传《礼记》、删《诗》、正《乐》、序《易》《彖》《系》《象》《说卦》《文言》，弟子盖三千焉，身通六艺者七十二人。”
孔子整理的文献，我们统称之为“六经”，也就是《诗经》《尚书》《春秋》《礼记》《周易》《乐经》，可惜后来经过“焚书坑儒”，《乐经》失传，因而只留下了“五经”。汉代，“五经”成为了官方教材，因而传承不熄。
不过，我也往往听到这样的质疑声音：孔子整理经典是一次文化大破坏，因为孔子删除了大量的原始资料，选择了符合自己思想的文献，导致其他文献的丢失？
的确，孔子的“整理”的确以“笔”和“削”，“笔”就是在原来记录的基础上进行增加，“削”是对原来记载的基础上进行删减。
例如，周以来的诗原本有3000多篇，丰富多彩，但经过孔子的删，就只剩下了温文尔雅的305篇。一些先秦的古文引用了一些诗章，有一部分就没有在《诗经》里面。近年来出土了一些竹简，竹简上有一些诗篇也是《诗经》未收录的。
《尚书》，原本是一本记载先秦君王、大臣的谟、训、诰、誓、命等的文献，类似于“……语录”。孔子编《尚书》时，将各种文献集中在一起，经过认真的选择，于是选出其中比较符合王道的文献，命名为“书”。有一种说法是后来发现的《逸周书》就是孔子抛弃的周朝文献的合集，这些篇章和儒家思想往往相违背。近年来，考古学家也从各种战国竹简上发现了先秦时期类似于尚书体的文献，学者普遍认为这是上古失传的《尚书》文献。
《春秋》原名《鲁春秋》，是鲁国的史书，孔子经过“笔”和“削”，一些资料就被删除了，幸好后来的《左传》又将孔子删除的部分给补了上去。例如《隐公元年》中，《春秋》并未记载“费伯帅师城郎”一事，《左传》则解释道“夏四月，费伯帅师城郎。不书，非公命也。”也就是因为费伯修建郎城没有得到隐公的命令，孔子就将此事给删除了，以彰显“王道”。
那么，孔子的这种做法算得上文化破坏吗？我认为，这不仅不是文化破坏，还是文化保护。我们要还原当时的情况。当时，诗、书、礼、易、乐、史等并非孔子一人掌握，各国贵族基本都可以掌握。孔子整理文献，只是为自己选择一套教学的教材而已。只是后来孔子的门生多了，大家就将这些教材保存了下去，而其各国保存的文献却因为没有人整理，逐渐就失传了。
例如史书方面，先秦各国都有史书。孔子修《春秋》时，就参考了120个国家的史书，所有《春秋》不单单记载鲁国历史，各国历史都有记载。墨子也曾经看见过百国春秋。孟子说晋之《乘》，楚之《梼杌》，鲁之《春秋》，一也”。那么这些史书后来失传了呢？主要原因是秦始皇下令焚烧除了医药、占卜、农业之外的一切书籍，导致先秦大量的书籍被毁。
“臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”制曰：“可。”——《史记·秦始皇本纪》
在西晋时期，有人从魏襄王墓中挖出了《竹书纪年》，是魏国的史书，这本书是在秦统一前就埋在了墓中，因而躲过了秦火。后来，又因为没有人愿意整理此书，导致《竹书纪年》又散轶了。
而《诗经》《尚书》《春秋》等又是如何传下来的呢？在“焚书”命令下达后，齐鲁一带的儒生依然将之作为教材，但是不敢公开传播。有的儒生博闻强记，直接将原本背诵了下来。直到近代，依然有一些国学大师可以做到过目不忘，因此古人背诵这些典籍是不成问题的。
在汉朝初期，就有一些学者重新将记忆中的五经文献重新写出，以传授子弟。例如《公羊传》、《谷梁传》主要阐发《春秋》的微言大义，他们就是口口传承的。
秦朝时期，儒生毛亨带着《诗经》隐居到了河间，他的侄子毛苌隐居在昌乐。直到汉朝时期，二人才将《诗经》重新公布，《诗经》就此躲过一劫。孔子九代孙孔鲋还将《论语》、《孝经》、《尚书》《左传》等竹简藏在孔子故宅墙壁中，后来在西汉才得以重见天日。
及鲁恭王坏孔子宅，欲以为宫，而得古文于坏壁之中，《逸礼》有三十九，《书》十六篇。天汉之后，孔安国献之，遭巫蛊仓卒之难，未及施行。及《春秋左氏》，丘明所修，皆古文旧书，多者二十余通，藏于秘府，伏而未发。——刘歆《让太常博士书》
诸子百家中，儒家对文化、教育的重视程度远远胜过其他家。其他学派虽然也著书立说，但从未有整理文献的记载。因此，在经过了大规模的文化浩劫之后，先秦的大量古文献就消失了，而孔子整理的五经却被弟子们保存了下来，这是不幸中的万幸。试想，如果孔子也没有整理经典，那么先秦的这些资料还能流传下来多少呢？恐怕是万不存一吧。
后世历朝历代也会遵循孔子的传统整理文献，于是有了《太平御览》《永乐大典》《古今图书集成》《四库全书》。书籍没有经过国家收录和整理，那是很容易失传的。国家整理图书虽然没有全部录入，但可以让录入的部分流传下来的可能性大大增强。
