移师山西崇祯三年初，迫于明军集结重兵、多路并进、剿抚兼施带来的巨大压力， 陕西农民军纷纷渡黄河进入山西境内活动。山、陕二省只隔河相望，农民军忽来忽往行踪不定，出入往来于两省之间十分容易。山西官府担心“秦贼” 大举入寇，借口“防盗”禁止运晋粮入陕。陕西连年遭灾，农民军没地打粮，为了“就食” ，暗中渡河窜入灾情较轻的山西的“贼众”越来越多。崇祯三年春，比较出名的老回回马守应、八金刚、上天猴、黄虎（即八大王张献忠）诸部农民军都由陕北渡河进入山西，闯王高迎祥和闯将李自成也出没于山西。
主剿的洪承畴代替主抚的杨鹤为三边总督因农民军主力先后窜入山西，三边总督杨鹤（杨嗣昌之父）的主抚政策落空，明廷命主剿的洪承畴代替杨鹤为三边总督，加紧对出没于两省之间的陕西农民军进行镇压。洪承畴果然足智多谋，他调集重兵围追堵截，还坚壁清野，使农民军无粮可打，无处可藏。在洪承畴不遗余力的扑剿下 ，农民军在军事上受到重压，又大批移师到山西一带。
随着“秦贼”大举入晋，山西也开始乱如鼎沸 山西的灾情虽没有陕西那样严重，但农民不堪忍受朝廷无限加征（税赋、苛役）带来的沉重负担，纷纷背井离乡流落在外。走投无路的流民也积极加入入晋“就食” 的陕西农军，也有揭竿而起者竖起反旗，自发地起事造反。据《明史·流寇志》记载， 崇祯三年，有位山西缙绅就曾经说：
“始之寇晋者，秦（陕西）人也；今寇晋者，半晋（山西）人矣。二、三月间从贼者十之一，六、七月间从贼者十之三，至今多而从贼者十之五六矣......欲除晋之盗，莫先于抚（安抚）晋之贫民”。
因山西人民不堪忍受朝廷不断加征与官府无底线之侵渔，纷纷扯旗反明，或加入入晋陕西农军，或独树一帜，武装抗暴，成群结队与官军搏杀。很显然，这为往来于两省之间的农民军提供了非常有利的生存发展条件。
三十六营最初，进入山西境内活动的各支陕西农军以王嘉胤部的势力最大战斗力最强，众人便公推王嘉胤为首领。崇祯三年四月，王嘉胤率所部农民军一举攻占了蒲州城，使明军震动。当年六月初，明军悍将曹文诏设计诛杀了王嘉胤。王嘉胤被杀后，各路农民军又共同推举王嘉胤部将、绰号“紫金梁”的绥德汉子王自用为盟主，继续与明军周旋、鏖战。
当时，活动于山西境内的农民军共有“三十六营”，其中比较著名的首领有高迎祥、李自成、张献忠、罗汝才、刘国能、马守应、贺一龙、贺锦、蝎子块、点灯子、邢红狼等等。彼时还是闯将的李自成就是三十六营的一营首领。各营其实都是一个单独作战的军事单位，彼此只存在一种比较松散的联合，紫金梁因人多势众而被推为这种松散联盟的盟主。
三十六营农军主要活动于晋中以南地区，因靠近陕西，作战不利时能迅速折返陕西，这样来来回回飘忽不定，使官军顾此失彼，疲困不堪，苦于奔命。当时李自成部主要活动于山西汾河以西地区，有时与高迎祥部联手作战，有时单独出击，还不时捣入临近的河南灵宝一带打家劫舍、袭扰官军。
明军大肆进剿，农军突围至晋北洪承畴接替杨鹤任三边总督后，在陕西围剿农军屡屡得手，“秦贼”主力绝大部分都窜入山西，洪承畴也派兵尾随入晋。陕西总兵官王承恩和名将曹文诏都率部进入山西追剿。因南侵清军已退回辽东， 进京勤王的甘肃总兵官杨嘉谟也奉命率甘军辗转至 山西协助“剿寇” 。此外，明廷还调豫军西进，以防堵农军窜返陕西或南下湖广。
面对各省明军的围追堵截，以紫金梁为首的三十六营农民被迫向山西北部转移 。
血战辽州，李自成部农军损失惨重崇祯五年秋季，移师山西北部的李自成等三十六营农民军以破竹之势连克隰州（ 山西隰县） 、大宁。当年底，明宣大总督张宗衡和总兵尤世禄率军紧追紫金梁王自用部，李自成、高迎祥等部却突然攻下了辽州（山西左权县）。张宗衡、尤世禄只得放弃追赶紫金梁，率军掉头去救援辽州。总兵尤世禄也是一员猛将， 他和儿子尤人龙都是勇猛过人、屡立战功的骁将，父子二人督军猛攻已被农军占领的辽州城，激战两昼夜，明军冒着如雨箭矢和倾泻而下砖石奋死冲锋，不顾伤亡，死进不退。尤世禄和儿子身先士卒，猛打猛冲，都被城头上的农军射伤，仍裹伤奋战。
李自成等虽奋力抵抗，但立足未稳，又寡不敌众，最终决定弃城撤走。农军突围时，张宗衡、尤世禄指挥明军四面截杀，农民军伤亡惨重，一千三百多人被杀，伤者难计其数，辎重丢失殆尽。
掩护紫金梁移师晋北李自成等虽然在突围时损失相当大，但辽州之战为掩护紫金梁等部转移起了重要作用。但紫金梁等部撤至西阳山时被明军主力截击，一败涂地，损失比李自成等更为惨重，紫金梁本人也身负重伤。
明军收复辽州后，张宗衡、尤世禄等率部协助明军主力共同追击紫金梁部残军，紫金梁接连失利，损兵折将，好生狼狈。 正因李自成等攻占辽州，牵制了很大一部分明军精锐，紫金梁才得以侥幸摆脱明军追击，辗转进入山西北部。紫金梁进入明军防守空虚的晋北，接连打了几场胜仗，并顺利攻入榆次，其先锋部队甚至逼近太原，距山西省会不足五十里，引发太原震动。
李自成率部一举攻克隰州，声名大振 李自成部起初兵微将寡，势力很小，有时只得投靠在兵强马壮者之麾下 。 但李自成当过驿卒、边兵，社会经验丰富，在众首领中是一个比较有心计、善于笼络人心的人，同时他意志坚韧，有一定军事谋略，打起仗来也知道讲究些方法、策略，所以他后来居上，很快脱颖而出，所部农民军势力也壮大的比较快。
在山西转战的所谓三十六营农军中，闯将李自成部是唯一敢于与明军单独作战的一营。在和官军的几番恶战中，李自成次次显示出其特有的军事才能，使本不显眼的他在三十六营首领中的地位日益提高。
崇祯五年秋季，农军联手攻打隰州、大宁时，李自成俨然已经成为重要首领之一：
“李自成、八大王、老回回、紫金梁、翻山鹞等寇掠蒲县，攻城三昼夜，不克。是夜，贼令精锐三百人袭大宁，三更城陷。八月，自大宁袭隰州，守备高逸开北门遁去。知州杨玮据守，射伤贼甚多，中流矢坠城下。贼住城中三日” 。《明史》
攻克隰州、大宁是农军在山西的一次重大战役，李自成功不可没，此时他在三十六路农军首领中已是一位崭露头角、令人刮目相看的人物了。
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