北魏反复不断的叛乱不仅让高层头疼不已，前去平叛的将领也是被搞得身心俱疲。时间一久，一些本就怀有异心的人难免蠢蠢欲动，作为南齐宗室的萧宝夤自然也在其中。

先前萧宝夤在泾州兵败之后，有人劝他回洛阳认罪，有人劝他不如留在关中立功赎罪。各种意见似乎都有道理，行台都令史冯景却对萧宝夤说：“拥兵而不回去，这罪就更大了。”可萧宝夤根本没有听从冯景的意见，他自认为出师多年，所浪费掉的钱物无法计算，害怕一旦兵败，会遭到猜忌降罪，心中甚是不安。其实北魏方面此时也开始对萧宝夤起疑了，只不过双方暂时都未说破而已。

孝昌三年（南梁大通元年，公元527年）十月，北魏朝廷的一道人事任命彻底打破了这种微妙的平衡，北魏朝廷任命郦道元为关右大使，去监视萧宝夤。郦道元除了是位地理学家外也是名政治家，且向来有威严勇猛之名声。先前元徽陷害元深，郦道元力陈事实真相。司州牧汝南王元悦宠幸的侍从丘念弄权纵恣，郦道元将他收捕下狱，元悦向胡太后求情，但丘念还是被郦道元所杀，并以丘念的罪行而弹劾元悦。

派这样一位刚正不阿不畏权贵的人物前来，萧宝夤当然惊恐不已，害怕对自己不利。事实上郦道元出任关右大使也是元徽、元悦等人的举荐，只不过他们想借刀杀人罢了。事实也确实如此，长安城内此时有不少人劝萧宝夤起兵，拿不定主意的萧宝夤就起兵一事询问河东人柳楷，结果在柳楷一顿蛊惑下，萧宝夤下定了造反的决心。郦道元则成为了萧宝夤起事前必须除掉的一块绊脚石，萧宝夤派部下郭子恢在阴盘驿亭杀害了郦道元父子，并谎称是被当地叛军所杀。做戏做到底的萧宝夤又上表替自己申辩，说杨椿父子陷害自己。

萧宝夤做这些只是拖延时间，十月甲寅日（二十五日），在杀死准备铲除自己的南平王元仲冏后，萧宝夤正式举兵反叛，并自称齐帝改年号为隆绪，设置了各种官职。但萧宝夤的反叛从一开始就遭到了抵抗，都督长史毛遐是毛鸿宾的哥哥，他同毛鸿宾率领氐、羌部落在马祗栅起兵抗击萧宝夤，萧宝夤派遣大将军卢祖迁攻打他们，结果卢祖迁兵败被杀。彼时萧宝夤正在南郊举行祭天仪式，登基的礼仪也还没有完毕，卢祖迁兵败身死的消息就迅速传来。萧宝夤知道情况后顿时神色大变，来不及整理好队伍便狼狈逃回城内。

萧宝夤的反叛让叛逃到北魏的萧综惊恐不已。萧综叛逃后把自己的名字也改了，改叫萧赞，萧赞到达洛阳后先是拜见了元诩，随后回到馆舍便为他的生父萧宝卷举哀，并服丧三年。如此孝举迎来了巨大瞩目，胡太后和北魏高官贵族都纷纷到馆凭吊慰问，北魏朝廷对他也赏赐甚厚，先后封他为高平郡公、丹阳王。如今叔叔造反，萧赞害怕至极只得逃往白鹿山，被看管桥的官吏抓起来送去洛阳，好在北魏高层认为萧赞并未参与萧宝夤谋反便赦免了他。

对于萧宝夤的叛变，北魏高层也迅速做出反应，任命尚书仆射长孙稚为行台去讨伐。先前被罢官的长孙稚，因平定蜀地的陈双炽之乱有功，而被授为平东将军，并且恢复了原来的爵位，之后被授任为尚书右仆射。事实上此时长孙稚父子皆有病在身，但北魏朝中实在已无人可用，那么长孙稚是否能顺利完成使命吗？