秦琼是隋朝末年的一位乱世豪杰。当李世民还身为秦王时，秦琼紧随其左右，南征北战，功勋卓著。但是，当秦王登基称帝之后，秦琼的存在感却大幅降低，几乎像是消失在了众人的视野之中。在长达十二年的时间里，李世民未曾提拔秦琼，甚至在凌烟阁的功臣排名中，秦琼也仅位于末尾，这似乎与他曾经的显赫战功并不相称。

因此，有观点认为，李世民在登基之后对秦琼产生了疏远，很可能是因为他没有参与到这场关键的政变之中。那么，事实真相究竟如何呢？

回到秦琼的出身，他的祖上确实出身于北齐，但随着北齐的灭亡，这一背景已经成了一个遥远的影子，而他自己也绝非什么“官二代”。年少时期，他凭借出众的勇气和军事实力吸引了不少人的目光。据《旧唐书》记载，他曾在隋朝大将来护儿的帐下效力，尽管来护儿的名声颇大，但他对秦琼却是礼遇有加，这在某种程度上，成就了秦琼的早年英雄路。

令人感到惊奇的是，秦琼的军旅生涯中，无数的战斗几乎为他奠定了作为一代战争英雄的地位。根据《资治通鉴》的记录，他与罗士信曾跟随大将张须陀，成功突袭敌军并获胜。这些战役帮助秦琼在隋末的群雄逐鹿中初露锋芒。尽管随后他的主公经历了几个转变，但每次转变都似乎为他未来的顺利道路添砖加瓦。

但事情的走向却并非一帆风顺。在李世民发动玄武门之变的那一时刻，秦琼的立场和是否参与变得格外重要。据学界普遍观点，参与此变的主要有九人，但秦琼却并不名列其中。那么，是什么阻碍了他参与其中呢？据悉，当时李建成和李元吉的党羽均曾意图削弱李世民的力量，不仅试图调离他的谋臣，甚至还想过暗杀秦琼和其他将士。不过，玄武门之变后，李世民登基，秦琼被授予了“左武卫大将军”，尽管如此，他的存在感自此大大减弱。专家认为，秦琼在之后的时间里因伤病而逐渐淡出了历史的舞台。

这样一来，我们看到，李世民没有疏远秦琼，相反，更像是为了保护这位曾经为他出生入死的将军。史料多次记载，秦琼提及自己多次负伤的经历，因此在公元638年病逝时，李世民依然不忘厚待他，将他安葬在了昭陵，此后更追封为胡国公。

当谈及秦琼为何在凌烟阁的排列靠后时，我们需要理解，这更多是根据多方面评定的衡量方式。凌烟阁排名不仅仅是基于功勋，还有出身、地位等各方面因素的综合考虑。对秦琼而言，他虽然战功卓著，但身为将才而非帅才，加之前期的功勋较为有限，这也解释了他在凌烟阁中的排名。