同一宗宅基地上多个房屋属于不同权利人，申请办理房地一体不动产登记的，应当区分不同情形进行处理：

（1）属于新型农村社区或多（高）层多户农民公寓的:

按照《不动产登记暂行条例实施细则》第四十三条，参照国有建设用地使用权及建筑物区分所有权的规定，办理宅基地等集体土地上的建筑物区分所有权登记。

通俗理解就是如果宅基地上盖的房子和商品房小区一样，那就办理建筑物区分所有权登记，建筑物区分所有权，是指建筑物区分所有权人，对其专有部分享有独自占有、使用的专有权；对共同使用部分享有共有权。

专有部分面积通常是指套内面积包括套内使用面积、墙体面积、阳台面积

共有部门面积通常包括楼顶、公共走廊、消防安全通道、电梯、入户门厅等等。我们房产证书上面记载公摊面积，就是我们对共有部分享有共有权这种体现了。

总结：针对新型农村社区或多（高）层多户农民公寓情形，同宗宅基地上，房屋属于不同权利人，申请房地一体不动产登记就和商品房登记一样，登记证书上面记载专有部分（套内面积）和共有部分（公摊面积）以及分摊的土地面积。

（2）属于因继承、分家析产等原因，造成房地权利主体不一致：

若遗嘱或者分家析产协议对宅基地作了明确分割，分割的宅基地经县（市）自然资源主管部门认定符合不动产单元划定标准，可以分别办理登记；若遗嘱或者分家析产协议对宅基地未作明确分割的，按照宅基地使用权共同共有办理登记。

（3）属于存在民事纠纷的，待纠纷解决后予以确权登记。

综上所述，同一宗宅基地上面，多个房屋权属不同，只要没有权属纠纷，都可以进行房地一体确权登记。