明朝刚建立的时候，蒙古势力虽说退到草原去了，可仍然是明朝的大麻烦。为了让统治更稳固，朱元璋和朱棣这两代皇帝多次展开大规模的向北征伐。经过明军不停地攻打，蒙古的力量大大减弱，内部也变得乱糟糟的，以前那种强大的势头再也没有了。

到了明朝中期的时候，达延汗崭露头角，靠着出色的领导能力和军事智谋，终止了蒙古长久以来的分裂状态，让蒙古又一次实现了统一。为了更有效地管理辽阔的领土，达延汗把蒙古分成了左右翼两个大阵营，总共包括六个万户，还运用分封制，把土地和百姓分给各个部落的贵族。

然而，达延汗去世后，原先被他强力压制住的矛盾又重新冒了出来。蒙古大汗的权威就像太阳西下一样快速减弱，对各个部落的控制能力远不如从前。到了17世纪初期，蒙古再次陷入了分裂的困境。各个部落为了争抢资源、牧场和人口，不停地发生纷争，过去那种团结统一的局面早已经是过去式了。

这种分裂的状况不但让蒙古自身的实力变弱了，还对后来蒙古地区的历史发展走向产生了深远影响，给日后内蒙古和外蒙古的分开埋下了祸根。

那时候，蒙古大汗林丹汗想要再次让蒙古统一起来，可这却侵犯到了其他部族世袭贵族的利益。和察哈尔部关系不好的科尔沁部，为了保护自己，就投奔了正在兴起的清朝，这样一来，科尔沁部所在的通辽地区就变成了清朝的地盘。林丹汗往西去，右翼蒙古的各个部落害怕被林丹汗吞并，也向清朝投降了。

1634 年，皇太极把林丹汗打败，林丹汗跑到青海后病故，由成吉思汗创建的蒙古国就此覆灭。内蒙古地区的蒙古各部把皇太极推举为蒙古大汗，清朝由此在内蒙古建立了统治，并且将蒙古各部改成旗，推行旗长制，这既保证了人口和游牧产业的安稳，也使蒙古贵族的利益得以维护。

达延汗离世后，喀尔喀部出现分裂。其中一部分往南迁，和其他部族一起向清朝投诚，留在了内蒙古；而另一部分则占据着外蒙古，被称作喀尔喀蒙古。在清朝兴起之时，这部分喀尔喀蒙古并未投降，而是变成了清朝的附属国。

在康熙年间，噶尔丹想要凭借准噶尔部来重新构建大蒙古国。1688 年，噶尔丹在俄国给予的军事协助之下，往东征讨外蒙古的土谢图汗、车臣汗、扎萨克图汗，并取得了胜利，还一路追击到距离北京仅有 700 里的乌兰布通。外蒙古的大汗吃了败仗后，就往南去投靠清朝了。

在康熙那个时候，噶尔丹得到了俄国在军事上的支持，野心变得特别大，毫不顾忌地起兵向东征伐外蒙古。土谢图汗等部落根本抵挡不住，不停地失败后退，噶尔丹甚至追打到了距离北京仅仅700里的乌兰布通，这让京城的人都很震惊。康熙心里很清楚，如果想要保证北京的安全，维持和内蒙古的同盟关系，就一定要打败噶尔丹。

接着，他让裕亲王福全、恭亲王常宁跟自己分别从三路出兵进击。一番激烈战斗后，噶尔丹惨败并逃窜。这一仗打完，外蒙古的各个部落为了能活下去，仔细衡量利弊后，那些王公贵族决定向清朝归顺。康熙就和他们定下盟约，把牧场划分好，设立盟旗，并且拨发钱款和粮食来供养他们。

在清朝时期，内蒙古是清朝入关前极为重要的根据地，和清朝的关系颇为紧密；而外蒙古只是个附属国，只有在遭遇危机时才会受到清朝的直接管控，双方的利益联结并不牢固，这属于蒙古分裂的政治原因。清朝中叶往后，经济和社会方面的因素使得内外蒙古之间的隔阂愈发加深。

乾隆末年的时候，清朝的人口大幅增加，很多华北地区的汉人大量迁移到内蒙古并在那里安家。与此同时，清朝积极推广黄教，不少蒙古男性去当喇嘛出家了，汉人就在寺庙周围开垦荒地。晋商也跑到内蒙古做买卖，让许多城镇纷纷出现，这给后来察哈尔省、热河省、绥远省的设立打下了基础。而外蒙古由于地处偏远，去的汉人移民不多，依旧保留着传统的游牧习惯，跟清朝的背离倾向越发明显了。

1912年，清朝垮台后，在沙俄领事的谋划下，外蒙古宣告独立，并赶走了办事大臣以及衙门官员。1919年，徐树铮虽说把外蒙古收复了，可主要原因是俄国在第一次世界大战中遭受重创，还忙着处理国内革命，没精力顾及东边的事。1924年，苏联支持外蒙古独立并建立国家，蒙古人民共和国就此成立。

1945年，同盟国想要让苏联对日本宣战，于是签订了《雅尔塔协定》。该协定明确要维持外蒙古的现有状况，而国民政府为了能让苏联出兵东北并获得其支持，便答应了让外蒙古进行公投。

内蒙古有着四百多年的历史演变。在政治方面，清朝时期，外蒙古和中央的利益联系并不紧密；在经济领域，内蒙古由于汉人大量涌入，经济模式发生变化，而外蒙古仍然坚持传统的游牧经济，这样一来，差距逐渐显现；从社会层面看，二者的发展也各不相同，诸多分歧使得外蒙古最终走向独立。