明朝前后一共有16位皇帝，其中13位都安葬在了北京的皇帝陵寝，即现在所说的“明十三陵”。
按理来说，既然明朝有16位皇帝，那应该是“明十六陵”才对，其他三位皇帝呢？
“明十三陵”的地址在北京天寿山附近，而这里作为皇帝陵寝使用，是明朝的第三位皇帝明成祖朱棣迁都到北京才开始的。所以，成祖之前的两位皇帝自然不会被安葬在这里；而最后一位，按惯性思维来想的话，那自然应该是亡国皇帝崇祯——大明朝都亡了，谁给他办理身后事呢？
在没有被安葬在“明十三陵”的3位皇帝中，前两位确实是成祖朱棣之前的两位：明太祖朱元璋和建文帝朱允炆。其中朱元璋生前就已经定好了自己的陵寝，在南京紫金山附近；而建文帝比较可怜，他的结局是不知所踪，没有陵寝。
不过第三位，却并不是我们以为的亡国皇帝崇祯，而是另有其人。
下面我们一起了解一下，朱元璋为何会在生前就定下自己死后葬在何处？建文帝为何会不知所踪？而明朝最后一位没在帝王陵寝安葬的皇帝不是亡国君主，又是何人？
明太祖朱元璋大家都知道，明太祖朱元璋是穷苦出身。他最终推翻元朝统治，建立大明，我们现在可以称作“农民起义”。
而元朝当初的都城在北方，一开始在现在内蒙古境内，后来迁到现北京境内。农民起义自然不会从首都开始，朱元璋、陈友谅、张士诚等一众元末的农民起义军领袖，当初普遍都是在南方发展势力。
而南方多江河，当时朱元璋和陈友谅之间进行的鄱阳湖水战一役，堪称是中世纪中国发生的最大规模水战，双方共计投入兵力八十万左右，历时三十七天。这一战为朱元璋一统江南、而后建立大明奠定了基础。
当时，朱元璋的都城就是“应天府”，也就是现在的南京1356。朱元璋在相继消灭陈友谅、张士诚之后，在南京正式称帝，建立大明。南京（应天府）作为大明首都，与元朝的首都北京（大都）相对。
南京作为朱元璋统治时期的政治权力中心，陪他度过了漫长的时间。自1356年将此地占领并定为大本营后，灭陈、张，建大明，灭北元……所以朱元璋对这里是有很深的感情的。
1381年，朱元璋就已经在南京城附近的紫金山南麓开始修建陵墓，准备自己死后葬在这里。但是让他想不到的是，在陵墓修建开始后的第二年，自己深爱的女人马皇后就先一步葬了进去。
马皇后自小便聪慧，通晓历史，能写能画，而且性格温婉，是红巾军领袖郭子兴的养女，备受郭子兴夫妇宠爱。朱元璋一开始就是在郭子兴手下做事情，因为他聪明能干，而且为人处世极为老到，所以深得郭子兴赏识。
于是，郭子兴牵桥搭线，成就了两人的姻缘。之后，马皇后便成为了朱元璋成功背后的那个女人。
郭子兴病逝后，主帅之位虽然由他的儿子郭天叙继任，但事实上权力都已经掌握在了朱元璋手中。朱元璋此时驻守在和州（今安徽马鞍山所属）之中，奉行朱升的策略：高筑墙、广积粮、缓称王，暗中扩张自己的实力。
1355年，在和州驻守了几个月的朱元璋没有粮食供给，于是将目光放到了长江对面的太平、芜湖等地（仅安徽芜湖境内），那里盛产稻米。
在朱元璋渡江去解决粮食问题的时候，元朝军队切断了长江的交通线，和州陷入孤立无援的境地，城中一片混乱。
值此关头，马皇后（此时还是马氏）没有在屋中坐以待毙，她走出帅府，到军营中鼓舞将士们的士气，提高他们的信心；到城中安慰百姓，减少城内的恐慌气氛，使得和州渐渐稳定下来。
之后，朱元璋外出作战的时候，马氏在后方从来没有闲着。做小事，诸如为将士们亲手缝衣做鞋；做大事，诸如在军心动荡之际，将自己和府中的金银财帛拿出来分给士兵，稳定军心。
这些事情发生在不起眼的地方，但是为朱元璋获得最后的胜利起了重要作用。
朱元璋做了皇帝之后，马氏便成了马皇后。但是她并没有因此而改变自己的性格和态度，依然是在背后默默支持朱元璋。
朱元璋虽然当了皇帝，但毕竟贫苦出身，有些时候处理问题就不会那么理智。他自己也知道自己“奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣”。
马皇后便常常在朱元璋生气的时候劝慰她，语气温婉，但是又有理有据。因为马皇后对朱元璋的劝阻而减免刑罚的人很多，一些比较出名的有朱元璋的义子李文忠、侄子朱文正、明朝开国文臣之首的宋濂、明朝巨富沈万三等等。
朱元璋和马皇后做了三十年夫妻，自他初露锋芒一直到君临天下，马皇后一直都是他的贤内助。
将马皇后安葬陵墓后，朱元璋将此陵命名为“孝陵”。一是因为马皇后谥号“孝慈高皇后”，取其孝字；二是因为其一生奉行“以孝治天下”，取其孝意。
十年之后，即1391年，朱元璋认为“江南地薄”，于是便有了“迁都之意”。太子朱标封命前往西安和洛阳进行考察，最终选定了洛阳作为新都。
然而，没有等迁都之事落实完成，朱标便于1392年因病去世，和其母亲马皇后相距十年。
深爱的女人和疼爱的儿子相继离世，对六十多岁的朱元璋是一个严重的打击。将太子朱标也安葬进“孝陵”东侧后，朱元璋也再没有了精力和心情去考虑迁都的事情。
迁都的事情便就此搁置。朱元璋死后也按照自己的意愿进入“孝陵”，与马皇后合葬一处。
朱元璋死后葬在南京孝陵，这是他生前就有的规划。所以北京的明朝帝王陵寝没有他的陵墓，很正常。
但是明朝第二位皇帝建文帝怎么会失踪呢？
建文帝朱允炆史料记载，太子朱标死后，他的儿子朱允炆因为悲伤过度而瘦削了许多。朱元璋看到后说：“而诚纯孝，顾不念我乎”。不久便将朱允炆立为皇太孙，皇位继承人。
这个决定多少有些任性了，虽然都知道朱元璋奉行“以孝治天下”的主张，但是只凭“纯孝”的性格就将他立为储君，说不过去。
而且朱元璋在自己执政后期大肆杀戮开国功臣，这一点可以理解为朱元璋是为了将朝政大权都拿到皇帝手中，进一步加强中央集权的程度；再一个目的就是为下一任皇帝铺路，除掉这些功勋卓著的开国之臣后，新帝可以提拔、选用新的臣子，培养其自己的班底。
但是这一举动所产生的客观影响是，将这些开国元老特别是武将都除掉以后，新帝初上任时，手中没有够用的人手。
朱元璋将自己的儿子们分封了九大藩王，各自领兵驻守边塞，其目的是保卫中原地区、护卫南京这个政治权利中心。
他在位时，或者说如果继位的是其长子朱标，那么手握三十万大军的他们都不会担心“藩王不臣”。但是朱允炆，他对自己这些拥兵自重的藩王叔叔顾虑重重。
在朱元璋还在世时，两人就讨论过这个问题。朱允炆就此表示忧虑后，朱元璋问他的想法，朱允炆的意思是，先以礼相待，如果藩王有异动，就取消他的封地；如果还不老实，那就取消他的藩王之位，交给其他人当。
朱元璋也没有更好的办法，默认了孙子对他叔叔们的态度。
于是，朱允炆继位不久，便开始了他的“削藩”行动。出于对燕王朱棣的忌惮，朱允炆决定先削除其他藩王，留下这块硬骨头最后啃。
但是燕王朱棣之所以能在众多藩王中脱颖而出，自然有其过人之处。在朱允炆对付其他藩王的同时，燕王朱棣积极备战，为起兵做好了准备。
建文元年七月（1399年），朱允炆登基不过一年，朱棣便以“清君侧”的旗号南下出兵。史称“靖难之役”的战争便打响了，这一打就是三年。
燕王朱棣一方兵力只有十万，建文帝朱允炆则有三十万大军。但是朱棣随太祖征战多年，军功卓著，所以才被太祖分封到了北方抵御外敌；在边境镇守多年，朱棣麾下将士皆身经百战，作战经验丰富。
反观建文帝朱允炆的兵马，虽然人数众多，但其中大多数都在明朝腹地承平多年，战斗力不足；而且太祖期间的大将基本已被清洗干净，朱允炆本身也是在和平年代出生，没有多少带兵打仗的经验。
种种原因，燕王朱棣取得了最终的胜利，在攻入南京后，皇宫中突发大火，建文帝则不知所踪，自然也就没有了陵墓。
而明朝第三位没有陵墓的皇帝，更加具有戏剧色彩。
明代宗朱祁钰明朝的第六位皇帝朱祁镇八岁便登上了皇位，登基初期由太皇太后以及内阁大臣治理国政。待朱祁镇十六岁之后，才开始亲政。
但是这位皇帝毕竟岁数小，也没有什么治国的经验，亲政后宠信宦官王振。后来随着太皇太后老逝，各内阁大臣也相继老死，王振便在朝中独揽大权。
当时北方的蒙古部落瓦剌日益强大，于1449年南下入侵。心高气傲的英宗朱祁镇在王振的怂恿下，御驾亲征瓦剌。
结果这位明英宗被瓦剌大败，逃到京城西北的土木堡的时候被瓦剌大军追杀，导致全军覆没，明英宗也被其所俘虏。史称“土木堡之变”。
明英宗被俘虏后，为了避免朝政混乱，人心动荡，英宗生母孙太后与朝中大臣扶持郕王朱祁钰登基做了皇帝，这就是明朝最后那位没有被葬入帝王陵寝的明代宗。
明代宗朱祁钰继位仅一年，明英宗朱祁镇竟然被瓦剌放了回来。而代宗为了保住自己的权力，将英宗软禁在了皇宫的高墙大院内。
然后戏剧性的故事便发生了。代宗成为皇帝后，将英宗儿子的太子之位给了自己的儿子，然而他自己的儿子只做了一年的太子，九岁便夭折了。
更离谱的是，代宗朱祁钰在儿子逝世不久，他自己也得了重病，无法事政。这放在那个迷信的古代，不得不让人遐想。
于是朝中大臣又将已经被软禁了七年之久的英宗朱祁镇放了出来，复位皇帝。朱祁镇复位之后的第一件事，就是清算当初支持代宗上位的那批朝臣，处死的处死，下狱的下狱。
不久，朱祁钰也死了。具体是怎么死的，众说纷纭。
他死后，英宗废掉了他的帝号，按照亲王的礼仪规制将他安葬。因此，他虽然做了八年的皇帝，却没有被葬入帝王陵寝。
结语除却明太祖朱元璋是自己选择葬在南京孝陵，其他两位没有被葬在帝王陵寝的皇帝都是因为关于帝位的权力斗争。当他们在斗争中失败后，胜利者为了保证自己在名义上的正统性，都会选择革除他们的帝位，以此来稳固自身的统治地位。
在朱棣的统治时期以及朱祁镇复位后的统治时期，都不承认上一任皇帝的帝号，所以在帝王陵寝中，自然也不会有他们的位置。
参考资料
1. 《明史》
2. 《大明太祖高皇帝实录》
3. 《明实录太宗实录》
4. 《明宣宗实录》
5. 英宗前纪
6. 《明通鉴》
