海瑞整顿土地，抑制豪强兼并。他鼓励百姓来衙门申冤，严厉打击夺取土地的地方豪强，责令他们退还强占的土地。状纸雪片般飞向巡抚，每天两三千封。海瑞快速断案，一般是穷人胜诉，富人强占的田地大都退还给了原主，解决了社会难题，应天府动荡的书面迅速稳定下来。然而海瑞遇到了大麻烦，起因是救命恩人徐阶的儿子强占了不少老百姓的土地。

徐阶举荐海瑞担任应天府巡抚后，就致仕回乡养老。他的儿子仗着父亲曾经担任朝廷的首辅，横行乡里，侵占了数万亩土地，海瑞要求徐阶退还多余的土地。

徐阶毕竟当过首辅，看到海瑞的书信，很能理解海瑞，让儿子也退了小部分土地。海瑞认为退得太少，不然自己的工作没法干下去。徐阶很不高兴了，他托人传话给海瑞，希望他不要忘恩负义，没有他徐阶的举荐，你海瑞当不了应天府巡抚。

海瑞一听气就上来了，我是朝廷命官，不是你徐阶的私官，我的职责是为天下老百姓坚守正义。你我能有什么恩义？徐阶懊悔不已，悔不该提拔海瑞，到头来自己搬起石头砸了自己的脚，当初应该听取学生张居正的意见就好了，自作自受。终于明白，自己犯了多么大的错误啊。他回应海瑞，不再退还土地，双方处于僵持状态。此时的内阁首辅是高拱，他素与徐阶不睦。他看到这是难得的机遇，想把徐阶置于死地，没有想到被徐阶提拔的海瑞，竟然痛打徐阶不放。高拱决定好好利用这次机会，全力支持海瑞清退土地，修书痛斤徐阶。海瑞看有首辅大臣的支持，更是起劲，逮捕了徐阶的弟弟，浑然不知自己成为高拱打击徐阶的工具。

海瑞是政治素人，只问对错。在海瑞的凌厉攻击下，徐阶全线溃败，儿子被抓，家产被抄，不得不向高拱认输。

张居正看着老师徐阶被人任由宰割，十分郁闷。站在老师徐阶一面，他痛恨被他人当枪使的海瑞。站在正义公平一面，海瑞匡扶心中正义，他十分理解和钦佩。海瑞继续抑富济贫，得罪了越来越多的士大夫、富人和豪强。弹劾他的秦章像雪片一样，飞向隆庆皇帝的龙案。

仅仅担任八个月应天府巡抚，海瑞就被免职，平民百姓痛哭，他们痛失了海青天，富绅豪强们举杯相庆。利用完海瑞后，高拱记得他曾攻击过自己，于是把海瑞调到了南京户部的闲职上。

整顿土地的最大受益者是高拱，他认为海瑞是一个不能做大事的人，张居正内心同意高拱的观点，正所谓英雄所见略同。在低层级的位置上，海瑞能用忠诚弥补才能不足。可是在更高的位置上，需要大智慧，要有应变和妥协，海瑞显然不具备这样的智慧。

在高拱排斥下，海瑞在隆庆五年(1571年)辞职，回到了海南老家，期待东山再起。