1660年查理二世之后，黎凡特公司继续开展在奥斯曼境内的贸易，公司也进一步加强了对各地领事和代理人的管理。

公司要求代理人和船长严格遵守入境誓言，通过代理人托运货物的公司成员将被没收20%的股份，还要求不能向公司的委托人征收过高的费用，禁止向陌生人的货物征收未指定的费用，公司的账目每六个月向国内呈送一次。很快大使和代理人滥用职权的行为得到了纠正，公司贸易恢复了从前的秩序和纪律。

1675年，时任英国驻伊斯坦布尔的大使约翰·芬奇爵士更新了两国的贸易协定，这一份贸易协定准确地总结了先前授予英国的特权，始终强调英国已经获得的所有特权，并更新了许多与关税相关的内容，保证了英国商人的行动自由和贸易自由，“英国的贸易协定带来的好处是极其广泛的”。同时奥斯曼帝国的政治形势也有利于贸易的恢复，1661—1676年在任的大维齐艾哈迈德·科普鲁律是一位正直的政治家，对外国商人一视同仁，保护他们免受当地官员的敲诈。

在斯图亚特王朝之后，威尼斯在黎凡特地区的贸易只有很小的份额了。法国在英国内战期间扩展的黎凡特地区的贸易份额也随着英国人再次踏上奥斯曼帝国的领土而遭到了冲击。17世纪70年代后期，在士麦那的法国货物总计不超过40弗，许多商人的资本不超过500克朗。但是大约在50年代，法国将价值5个苏的银币带到了奥斯曼，这种货币在奥斯曼帝国的受欢迎程度超过了西班牙银元和荷兰狮子币，法国人用这种价值较低、成色不足的货币兑换西班牙银元和荷兰狮子币，也用这些货币购买奥斯曼市场上的产品，造成了严重的通货膨胀。

奥斯曼意识到危险后，开始采取措施限制这种行为。这件事情的主要责任人是法国人，但当奥斯曼处理这件事情的时候，所有的“法兰克人”都要受到牵连。比如1677年一艘英国船只载着20万新荷兰狮子币抵达阿勒颇时，奥斯曼官员下令扣押并检验这些货币，尽管证明这些货币是足值的，英国依然花了一大笔钱才赎回。尽管困难依然不少，但是黎凡特公司的交易量还是很快就恢复到了内战前的水平。

1660—1700年是英国历史上商业发展最快的时期之一，英国的进出口贸易整体上都在增加，且出口大于进口，再出口也不断增加。内战至之前，很少有大宗的英国商品运往黎凡特地区，英奥贸易迅速扩大。

1675年驻伊斯坦布尔大使约翰·芬奇敦促穆罕默德四世批准了新的贸易协定，规定阿勒颇和士麦那的进出口关税以3%的标准支付，公司开始在士麦那进口更加精细的布料，只需要支付与以前粗糙布料一样的关税，芬奇估计仅这一点每年公司就能节省约60000西班牙银元，在这里每件布料荷兰商人需要支付6西班牙银元，英国商人只需要支付2西班牙银元。其他的条款可以保护英国商人在奥斯曼的法院诉讼时免受敲诈。

后来，又在贸易协定中增加了一条更有价值的条款，在此之前从安纳托利亚的无花果、葡萄干和醋栗是被禁止出口的，现在英国商人每年可以从这里购买两艘船的干果。从布料出口来看，1666—1672年英国绒面呢的年出口量为13762件，1673—1677年平均年出口量为20075件。1678—1683年共出口117914件，平均每年19625件。

英国对奥斯曼的贸易基本都是出口大于进口。英国也通过三次英荷战争取代了荷兰在海外贸易的绝对优势地位，英国商船数量大增，促进了英国海外贸易的发展，1663—1686年间，英国与南欧、地中海地区的航运规模增加了近三分之一。整个17世纪，奥斯曼帝国几乎没有停止对外征战，执着于传统战争方式的奥斯曼军队面对的失败越来越多，而英国则顺势逐渐扩大了与奥斯曼帝国的军事武器出口，这一趋势在18世纪两国的贸易中体现的十分明显。

但是从80年代开始，英国在奥斯曼帝国的贸易蒙上了一层阴影。先是来自东印度公司的竞争。17世纪初，东印度公司在英国海外贸易中的规模还比较小，随着该公司实力的增强以及在印度、波斯等地站稳脚跟，在接下来的50年里东印度公司依靠在波斯和印度等地的代理人，从最初的香料、药物到后来的生丝、丝绸和印花棉布，逐渐蚕食了黎凡特公司在英国国内的贸易，英国从奥斯曼的进口规模有所减少。

17世纪80年代，东印度公司从印度进口的生丝大幅增加，甚至从英国带纺织图案去印度，还教织工改进纺织技术。这些商品的进口影响了英国的纺织工业，对黎凡特公司的贸易产生了消极影响。受到国内政局和反对垄断商人的影响。查理二世和詹姆士二世都试图建立，致使英国社会经常陷入混乱，而黎凡特公司的发展依赖国王的支持，反对君主制的辉格党对黎凡特公司的经营也产生了不利的影响，还有一部分商人反对黎凡特公司的垄断经营。

此时，英国在奥斯曼帝国的处境也不佳。主政的大维齐卡拉·穆斯塔法，对英国人不是很友好，经常对英国商人进行有组织的掠夺、增加英国商船的手续费、没收英国货物等，对该时期英国在奥斯曼的贸易产生了极大地不便。法国和荷兰在奥斯曼帝国贸易的发展也使英国产品的竞争力有所下降。

1661年路易十四任命科尔伯特负责法国的商业事务，在他服务法国的22年里，致力于发展法国的工业和商业。而荷兰毗邻西班牙，可以获得西班牙的优质羊毛，再加上这一时期纺织技术的发展，它生产的布料更轻薄、颜色更艳丽，对英国的布料贸易产生了不小的打击。

1689年英国与法国的战争进一步增加了黎凡特公司的困难，加上对爱尔兰用兵，英国海军分身乏术无法对商船进行护航，任凭法国船只在英吉利海峡和地中海对英国商船进行劫掠。在英国商船不能按时到达奥斯曼的时候，英国大使和商人在伊斯坦布尔的处境也变得极为不利。

17世纪90年代初期局势继续恶化，黎凡特公司的损失不断增加。为了改善英国与奥斯曼帝国的贸易环境，英国驻苏丹宫廷的大使通过积极干预奥斯曼帝国内政以达到巩固其在黎凡特地区势力的目的。情况在1694年之后得到了改善，派遣海军为商船护航，尽管偶尔会遭到法国私掠船的威胁，英奥贸易依然蒸蒸日上。

1698年英国向黎凡特出口了14485件布料，1700年出口了24000多件，1695—1705年平均每年出口14878件。生丝进口也不断增加，1697—1698年进口生丝86000英镑，1699—1700年进口达209000英镑。尽管英国与奥斯曼的贸易在内战时期和17世纪末受到了很大的挑战和影响，但是英奥建立贸易关系的这一个世纪，英国经济发生的翻天覆地的变化，在英国成为海上强国的道路上，黎凡特这个广阔的市场起到了不容忽视的作用。