两名海军基地后勤人员正在运送补给货物，胖子因为着急要下班，失手将其中一桶酸打倒在地。瘦子正想要抱怨一句，却发现了一具尸体。很快nci赶到现场，根据尸体腐化程度判断，他被在桶中不超过23分钟。由于长时间的浸泡，尸体烂得惨不忍睹，已经无法提取到指纹。幸运的是，尸体的左前臂上还粘着一点点皮肤以及一些黑色污点，具体是胎记还是纹身需要做进一步的化验。通过军方的DNA的数据库，他们能辨别出尸体的身份，但办事效率太低，至少也要48小时。之后，法医只好将尸体打包运回实验室。

死者颅骨根部有破裂的痕迹，死因是头部的钝器敲打。另外，尸体上那块黑色的污点是一块海豚纹身，也就是说，死者生前是一名潜艇水兵，吉布斯立马让人调查有多少潜艇停靠在基地，发现海军基地中原本停靠了5艘舰艇，然而就在上午，一艘潜艇因为演习任务在早上六点就出海了，但到现在都没有回来。最重要的是，经过核查，所有潜艇的船员都已经到港，一名潜艇水兵死亡，花名册却显示无人失踪，死者的身份还被破坏。

经验丰富的吉布斯推测，或许有人顶替了死者，凶手就在这些潜艇人员中，不过他们现在根本无法得知死者的身份，也就无法确定凶手到底顶替了谁的岗位。眼下，吉布斯他们只能找到潜艇舰队司令，让他仔细核对船员的身份，并且要求司令召回已经出海的潜艇。然而司令却表示，费城号潜艇正执行军演，他没有权利将他召回，并且认为吉布斯的理论也仅仅只是推测而已。无奈之下，吉布斯只能带着凯特亲自前往费城号调查。

按照吉布斯的要求，艇长将新来的五人全部进行了单独隔离，同时也表示自己严格查阅过五人的档案，并没有发现任何异常，但吉布斯还是对他们一一进行了谈话，发现所有人都有所隐瞒，原因暂时不得而知，不过经过指纹对比，都与服役档案高度吻合。凯特认为凶手或许并不在费城号潜艇里，可直觉告诉吉布斯，凶手肯定就在这。他认为凶手刻意抹去尸体的身份特征，是知道海军的指纹库识别需要48小时，这期间只有费城号出海，凶手的目的就是费城号，而他们现在始终查不出任何问题，那会不会有可能是档案早就已经被调包？这就说明冒名顶替者也许就在人事部工作。

吉布斯马上联系托尼，让他前往人事部调查，发现人事部的人员确实可以更改服役档案和指纹，并且托尼还发现有人在两天前就已经离职。也许正如吉布斯推测的一般，有人提前将档案修改成功，混入了费城号潜艇，于是托尼带着探员立即赶往离职人员住所，却发现房子空空如也，就跟从来没有人住过一样，眼尖的托尼发现墙角有一根网线直接伸入柜子，二人合力将柜子推开，一扇门赫然出现在面前，两人破门而入，才发现里面别有洞天。通过分析电脑资料得知，此人是一个狂热的生态保护者，而他的目的竟然是要为海底的鲸鱼复仇。他计划在潜艇空调系统中投放大量的杀林毒气。托尼在桌上发现一个原形装置，一旁的同事表示，只要将小小的装置注满毒气，潜艇的船员将无人能生还。

托尼立即将消息传给吉布斯，艇长闻言也当即紧急上浮，并将空调系统全部关闭。与此同时，实验室的艾比与法医通过五人的服役合影发现，吉布斯所说的德鲁中士并没有出现在合影中，这说明潜艇上的那个德鲁中士就是冒充者。而此刻的假冒者似乎察觉到自己可能暴露，故意假装头痛离开工作岗位。等到吉布斯找到他时，假冒者已经选择自杀，他被活活闷死在袋子中。此时，托尼也查到此人的真实身份，他叫做阿伟，跟德鲁中士一样，属于当地一个激进的鲸鱼堡护组织，目的就是报复海军核潜艇对生态造成的破坏。现在阿伟已经死了，但某号毒气并未找到。艇长表示毒气装置太小，他们目前只能回到基地对整艘潜艇进行仔细搜寻，并且阿伟已经死亡，只要毒冠保持密封，应该不会有太大问题。不过吉布斯为了安全，还是建议将空调系统关闭。

另一边，托尼带着原形装置回实验室找到艾比，询问装置的启动方法。艾比经过仔细观察发现这个小玩意是一个双性启动装置，遇冷或遇热都可能启动，并且测试发现当温度低于五度时，这个装置就会自动启动。而在艇上的吉布斯此刻也是坐立难安，因为一旦毒气释放，所有人都会死。他认为阿伟有备用计划，可让他一直不解释他为何在释放前就自杀呢？就在他一筹莫展之际，潜艇兵送来大量冰淇淋，原来，工作人员要将冷库腾出来放阿伟的尸体，吃了两口的吉布斯突然意识到了什么，他现在终于明白，阿伟的备用计划是将毒气装置吞进自己的肚子，他知道只要自己死亡，必定会被移入冷库中，这样装置就能遇冷启。

果然，当吉布斯打开裹尸袋时，毒气的装置已经启动，并且很快就会破膛而出，到时整艘潜艇的船员都将全部被堵死。就在这危急时刻，吉布斯做出一个大胆的举动，只见他迅速将尸体排到鱼雷发射处，随后将它放入发射。随着发射按钮按下，这颗定时炸弹终于被解除，吉布斯也可以安心回到基地，等待着下次案件的光临，至于激进组织的调查以及潜艇人员的档案安全，就不是他该负责的事情了。