2024年，学校部门预算单位构成包括东南大学校本级、东南大学附属中大医院（简称中大医院）、东南大学苏州校区、东南大学无锡校区、南京集成电路设计自动化技术创新中心。也就是说，东南大学的预算包含了校本级、附属医院以及分校区等相关内容。而这些预算的总额度与西安交通大学相当，达到160.7亿元。
学校收支预算总表说明明按照部门预算编制要求，学校将所有收入和支出均纳入部门预算管理。收入包括：上年结转、一般公共预算拨款收入、事业收入、其他收入、使用非财政拨款结余等。支出包括：教育支出、科学技术支出、社会保障和就业支出、交通运输支出、住房保障支出、结转下年等。2024年学校收支总预算1,606,961.62万元。
2024年部门收入预算合计1,606,961.62万元，包含：本年收入1,052,587.56万元，使用非财政拨款结余157,483.03万元，上年结转396,891.03万元。其中，本年收入包括：一般公共预算拨款收入215,035.36万元、事业收入618,055.00万元、其他收入219,497.20万元。
2024年部门支出预算合计1,606,961.62万元，由本年支出1,171,982.62万元和结转下年434,979.00万元构成。其中，本年支出包括：教育支出1,112,726.96万元，科学技术支出4,105.63万元，社会保障和就业支出18,600.00万元，交通运输支出50.03万元，住房保障支出36,500.00万元。
