《蜂巢》第一集讲述了1935年代号“蜂巢”的日本反共侵华机构派遣大量特务潜入上海，为全面侵华做准备。国民政府在上海的秘密基地清山军校特工顾盼（宋轶 饰）接到命令去暗杀日本经济司司长神谷浩二，在神谷浩二走出火车站快要接近轿车时，顾盼选中有利地形对谷浩二连开两枪，顺利将其击毙。但在撤退途中被日军行动队副队长罗星明（韩栋 饰）发现，在追逐中顾盼被罗星明开枪打伤。神谷浩二还有另一重身份就是日本共产党员，他这次来中国，就是要将日本在上海实施破坏中国经济的计划这一情报转交我党。现在神谷浩二死了，情报就石沉大海了。上海地下党负责人崔文生立即请示上级，启用代号为“变色龙”的潜伏特工罗星明迅速查清情报内容，这个罗星明就是日军行动队副队长。

受伤的顾盼艰难跑到一个接应点，要接应人帮她治伤，没想到接应人在治伤时却趁机拿刀要刺杀她，两人一番格斗，顾盼将接应人杀死了。顾盼在大街上抢到了一辆汽车，在她发动汽车时但又被罗星明看到了，罗星明也开车追赶，最后顾盼甩掉了罗星明来到了第二接应点。令她惊讶的是她在清山军校的好姐妹田桥洁出现后也要杀死她，在田桥洁马上要开枪时，日本特务炸开了房门，两人又一起与特务展开了激烈火拼。扔出一颗手雷后，顾盼迅速跳到了楼下，但田桥洁被打中倒地没能跳下楼，顾盼只得一人跑走了。

清山军校里的教官谭仲文是顾盼的恋人，他见顾盼没有回去非常担心她的安全，就向军校的校长蒲丛请示前往查看情况。谭仲文驾驶汽车在大街上正好碰见顾盼和罗星明在火拼，就一边开车一边朝罗星明开枪掩护顾盼上了车。顾盼向谭仲文讲述了事情经过，要求回清山军校，但谭仲文要她先别回，他在哈尔滨有一个秘密据点，要顾盼先去养伤，等他查清了情况，再将顾盼接回。

谭仲文开车送顾盼到车站后，顾盼一人去了火车站里面。在排队时发现了大批日本特务进来了，顾盼赶紧跑进去打扮成车站清洁工，但也被特务认出来，顾盼赶紧往外跑，在快要跑近谭仲文的汽车时，突然他的汽车爆炸起火了，顾盼能从日本特务的追赶中脱险吗？请看下集