菊石最早出现在远古的海洋中，其初始结构为壳包肉的形态。它们的身体外部覆盖着一层厚重的钙质硬壳，这层硬壳在一定程度上为菊石提供了保护，但同时也带来了一些限制。

菊石与现代鱿鱼有着相似的祖先，然而在身体结构上，菊石与鱿鱼却存在着明显的差异。菊石的外壳坚硬，内部是柔软的身体组织，这种结构使得菊石在海洋中的行动灵活性受到了一定的影响。

相比之下，鱿鱼演化出了更为轻盈的几丁质长片，以适应其快速游动的生活方式。随着时间的推移，菊石族群面临了巨大的危机。白垩纪的到来，带来了现代食甲性鱼类和螃蟹等强大的捕食者，菊石的生存受到了严重的威胁。

在这样的困境下，菊石开始尝试各种改革，以寻求在新的环境中生存的机会。这便进入了肉包壳包肉的阶段。

为了应对生存挑战，菊石们采取了多种策略。有的菊石通过增大体型，试图以此来威慑捕食者；有的则将外壳缠绕扭曲，以便在海中进行伪装；还有的尝试模仿鱿鱼，将软体部分翻出壳外。

在俄罗斯的阿普第阶地层中，科学家们发现了褶菊石。褶菊石的化石中包含了三个完整的外壳和大约一百片外壳片。

与其他菊石不同的是，褶菊石的外壳从中间断裂，据推测可能是为了减轻自身重量。令人惊奇的是，尽管它们的输液管在断裂处与海水直接接触，但褶菊石并没有出现体液流失导致死亡的情况。

这表明，化石中未保存的软体部分可能封闭了断口。科学家们进一步观察发现，褶菊石的外壳在断裂后，第二根和第三根竖壳的背壁逐渐加厚，封闭了断口。

这新生长的竖壳不仅包围了断口，还包裹住了断裂时产生的大量碎片，防止其脱落。此外，褶菊石的壳壁上有孔，可能与外界相通。

壳上还留有长而尖锐的大肌肉附着的痕迹，这些痕迹靠近壳口，暗示软体的根部可能附着在壳口附近。这种结构形成了一种肉包壳包肉的形态，最外层的软体保护着壳，壳再保护着内脏器官。

然而，在生存的压力下，保守的策略最终还是占据了上风，菊石进入了壳包肉包壳包肉的阶段。以褶菊石为例，它并没有像鱿鱼那样将外壳内化，而是在壳外的软体上又长出了一层新壳。

这层新壳主要由较轻的珍珠层组成，富含有机物。与普通菊石不同的是，褶菊石的壳棱柱层仅有2到3层珍珠层厚，比完全生长的贝壳珍珠层薄35倍。

这种结构显示出一种相对保守的进化策略，尽管菊石们尝试了多种变化，但最终还是选择了以较为保守的方式来适应环境。褶菊石的额外壳层并未使其壳体退化，反而增加了重量。这种设计的目的是为了适应更深的水域。

额外的壳层和软体覆盖层形成了类似古代复合甲胄的结构，外层坚硬而内层柔软，能够有效抵御深海的巨大水压，防止壳体被压碎。这种独特的壳包肉包壳的结构在现代生物中极为罕见。

如果要寻找相似之处，或许可以联想到螃蟹。当剥开螃蟹的外壳后，会发现虽然能看到一些蟹黄，但更多的肉藏在另一层壳下，需要进一步剥开才能看到。

对于捕食者来说，褶菊石可能也具有类似的防御效果，使其难以被轻易捕食。

尽管科学界对褶菊石是否拥有内壳仍存在争议，但其他菊石如带菊石可能也有类似的内部壳结构。尽管褶菊石尝试通过增加壳层来适应环境，但在捕食者不断增强的咬合力面前，这种策略并未取得成功。

最终，在白垩纪末期的大灭绝事件中，海洋酸化，外壳生物遭受了重创，菊石的浮游幼体尤其脆弱，导致菊石全体灭绝。而鹦鹉螺和壳体退化的鱿鱼则由于具有更强的抵抗能力，得以在这场灾难中幸存下来。

菊石原本有机会与鱿鱼共同在海洋中生存，但由于选择了错误的进化方向，最终未能成功适应环境，消失在了历史的长河中。它们的故事，为我们展示了生物在进化过程中的艰难与挑战，也让我们更加深刻地认识到，在不断变化的环境中，适应和进化是生存的关键。