在1805-1807年对奥地利、俄罗斯和普鲁士的数次战争中，法国均取得了辉煌的胜利。在1807年与俄罗斯帝国签订《提尔西特和约》后，拿破仑皇帝已经在欧洲大陆上基本建立了以法国为核心的霸权体系。除了孤悬海外的英国凭借其海军优势尚能与法国对抗外，欧洲大陆上的其他国家均自愿或被迫与法国结盟。为了彻底击败英国，拿破仑于1807年强迫葡萄牙加入大陆封锁体系，对英国进行贸易禁运。由于葡萄牙摄政王若昂拒绝接受拿破仑的要求，法军入侵葡萄牙，随后又推翻了西班牙波旁家族的王位，旷日持久的半岛战争就此爆发。半岛战争牵扯了法国大量精力，大批法国军队在半岛陷入游击战的泥潭。到1809年6月，法国在伊比利亚半岛维持着一支多达250000人的大军。由于拿破仑推翻了其盟友波旁西班牙的王位，奥地利帝国上下均怀疑与法国的和平是否有效，而法军被牵制在半岛则为奥地利提供了难得的机会。
与1805年不同，1809年的奥地利帝国缺乏盟友，其在对抗拿破仑时最强大的盟友俄罗斯帝国正陷入一场与奥斯曼土耳其的战争。此外，俄国沙皇亚历山大一世还于1808年和拿破仑在埃尔福特会晤，同意在法国遭到奥地利宣战时派遣一支俄军支援法国。尽管奥地利大臣菲利普·施瓦迪翁于1809年初与俄国外交官达成共识，俄军在向奥地利进攻时将缓慢前进，但奥地利毕竟无法仰赖俄国军队的援助了。奥地利可能的另一个盟友普鲁士王国在1806年的第四次反法同盟战争中伤亡惨重，不但赔款1.4亿法郎并割让大量土地，其军队规模也被限制在42000人，无法为奥地利提供有力支持。
1809年2月欧洲的战略态势。
1808年10月，法国从德意志撤军100000人以支援西班牙战场，这批驻军占法国在德意志驻军的一半。以施塔迪翁伯爵为首的宫廷主战派主张发动对法战争以恢复奥地利在德意志的权势，弗朗茨皇帝也被主战派大臣们说服了。尽管陆军元帅卡尔大公反对仓促开战，但他还是着手开始军事准备。为支援欧洲大陆的反法战争，1809年4月，英国向普鲁士提供了20000英镑的贷款，并向奥地利提供了价值250000英镑的贵金属，并许诺未来会提供更多财政援助。在得到英国的援助后，奥地利终于有了发动战争所需的资金。
在1805年的惨败后，奥地利帝国也开始了重建并改革军事系统的努力，这些改革主要由卡尔大公负责。1806年，奥地利在省级区划的基础上设置了兰德威尔，即一种德意志式的民兵，从而实现了全民征兵以扩张兵源。这项政策在加利西亚和匈牙利不受欢迎，但在帝国的德意志领地上有效的推行了开来，为帝国提供了一支超过300000人的野战军和一支十余万人的民兵预备役部队。此外，卡尔大公还推行了新的战术手册，加强了奥地利步兵的战地训练。然而，奥地利军队的改革并不彻底，奥军的军官团仍由无能的高级贵族组成，卡尔大公无法解雇他们，且奥军的大多数单位都臃肿而笨重，与精锐的法国军队仍有很大差距。边防轻步兵原本是奥地利所特有的一支强大轻步兵部队，但在与奥斯曼土耳其的边境冲突告一段落后，帝国无法在边境摩擦中训练自己的轻步兵，这使奥地利轻步兵的战斗力有所下滑。
对于如何筹备即将到来的战争，奥地利帝国的御前会议进行了激烈的辩论。卡尔大公希望在波西米亚方向发起进攻，那里是大部分奥地利军队集结的地方，且能很好的孤立德意志北部的法军，但御前会议认为这可能导致两支奥地利野战军被多瑙河隔开，因此要求卡尔大公沿多瑙河发起进攻以掩护维也纳。最终奥地利方面制定的计划是以伦巴第-威尼斯总督贝勒加德伯爵的第一军和科洛拉特伯爵的第二军共58000人自波西米亚出发进攻雷根斯堡，霍亨索伦亲王的第三军、罗森堡亲王的第四军和列支敦士登亲王的预备第一军共66000人自上奥地利出发向巴伐利亚腹地进军，路易大公的第五军、席勒的第六军和基恩迈尔的预备第二军共61000人则从兰茨胡特出发掩护奥军侧翼。此外，奥地利在意大利和波兰方向各部署了一支40000人的野战军，这一不必要的分兵极大的削弱了奥地利在德意志战场的兵力优势。作为奥地利的敌人，拿破仑在德意志拥有一支160000人的野战军，但相比奥地利超过180000的大军仍处数量劣势。
战火燃起
1809年的反法同盟战争是以奥地利军队于4月10日渡过因河进入法国的盟友巴伐利亚境内为开始标志的。拥有47000人的达武第三军是法国在巴伐利亚的主要驻军，这支法军很快撤往雷根斯堡。4月14日，奥军前卫部队在兰茨胡特击败了一支巴伐利亚军队，随后抢占了伊萨尔河上的渡口。卡尔大公希望以绝对优势的兵力进攻孤悬在外的第三军，但达武随即撤离了雷根斯堡。4月19日，第三军在凯尔海姆击败了行动迟缓的奥军。拿破仑原以为渡过伊萨尔河进攻多瑙河流域的奥地利野战军只有一个军的兵力，在他意识到卡尔大公派遣的是其主力部队后，他制定了一个被后世称为“兰茨胡特机动”的计划，即由达武和勒菲弗尔的两个军牵制奥军，其余部队则扫荡奥军的后方补给线。4月20日，奥地利第五军在阿本斯贝格被击败，法军得以向东南方向推进。然而，马赛纳向兰茨胡特的推进花费了太多时间，而通往雷根斯堡的多瑙河大桥还在奥军手中，因此奥军得以轻易渡河离开，阻止了法军彻底摧毁奥地利军队。截止4月20日，奥军已经损失了10000人和30门大炮，但他们主力尚存。此时，卡尔大公敏锐的捕捉到了战机，由于法军主力都在兰茨胡特方向，他可以进攻孤立的达武军并威胁到法军的后方。在确保了雷根斯堡大桥的安全后，卡尔大公于4月21日进攻达武军，达武麾下的36000名法军必须与多达75000名奥军作战。为了救援达武，除了被派去向南追击席勒军的20000名法军外，拿破仑要求其余部队向奥军东边机动，以此威胁卡尔大公的侧翼。4月22日，卡尔大公派遣40000奥军进攻达武，余部向阿巴赫进军，夺取了河岸的控制权。在拿破仑麾下的法军主力威胁到卡尔大公的侧翼后，奥地利军队撤退到了雷根斯堡，随后一路撤往波西米亚。
在意识到无法追上卡尔大公后，拿破仑选择进攻维也纳，寄希望于以此终结战争。尽管这确实让卡尔大公将奥军主力向南调动，但维也纳的陷落远不意味着战争的结束，奥地利在战场上还有一支足够强大的野战军。5月17日，奥军主力抵达维也纳北方的马奇菲尔德，这里是奥地利军队的训练场。5月20日，卡尔大公发现法军主力在凯瑟雷伯斯多夫渡河，由于法军架设的浮桥没有栅栏保护，奥地利军队用点燃的驳船从上游攻击了法军浮桥，随后与法军围绕阿斯佩恩-埃斯林爆发了一系列战斗，最终将法军从渡口击退，但奥军也无力继续追击。
阿斯佩恩-埃斯林战役中的卡尔大公。
阿斯佩恩-埃斯林战役对法奥双方都是代价高昂的，法奥两军的伤亡均超过25000人。对奥地利人来说，这是他们首次在与拿破仑的战争取得尽管代价高昂但确凿的胜利，这一扫军队内部对拿破仑的恐惧情绪，提升了士气。法国皇帝需要在接下来的另一场战役中超水平发挥才能实现其快速击败奥地利军队的目标，而与之相对的是，卡尔大公意识到这次战役意味着奥地利军队即使在人数占优势的情况下也无法对法军造成决定性打击，此外，普鲁士仍不肯参战，英国也拒绝在北德意志发起登陆，而哈布斯堡家族寄希望的德意志革命也丝毫没有迹象。更糟糕的是，阿斯佩恩-埃斯林战役的胜利让弗朗茨皇帝坚信奥地利军队的优势，一再拒绝了卡尔大公要求与拿破仑进行和平谈判的要求——奥地利人很快将为此付出代价。
拿破仑没有放弃在阿斯佩恩-埃斯林战役中夺取的多瑙河河心岛洛鲍岛，法军很快将洛鲍岛改造成了一座军事基地，设置了战地医院和炮台。加蒂安·贝特朗将军主持了一项在多瑙河上修筑坚固桥梁的工作，并围绕这些桥梁修建了栅栏屏障和驳船港口。到6月底，多瑙河对法国军队来说已经不复存在。
正在横渡多瑙河的法国军队。
卡尔大公知道法国人正在迅速强化洛鲍岛的守备力量，对他来说唯一的问题是法军具体会在哪里渡河，他在洛鲍岛对岸以北的区域修筑了16座堡垒，但这些堡垒修筑的非常糟糕，许多奥地利高级军官认为“只有土耳其人才能修出这样糟糕的堡垒”。7月2日，奥地利侦察骑兵发现一支法军开始进攻多瑙河北岸，卡尔大公调动整支奥军前去迎战，但这支法军只是一支小分队。7月3日，卡尔大公决定不与敌人交战，而是撤退到俯瞰马奇菲尔德的高地，从而放弃了河岸的堡垒群。卡尔大公将奥军部署在瓦格拉姆高地和比桑贝格高地上，法军进攻任何一个高地时都会遭到另一个高地上奥军的侧翼攻击。卡尔大公知道在多瑙河畔森林密布的区域和法军交战有利于法军散兵的发挥，因此他特地选择了有一定起伏但空旷的瓦格拉姆来作为迎战拥有强大散兵和轻步兵的法军的战场。7月4日，卡尔大公收到报告称法军正在准备渡河，但他知道已经被加固的洛鲍岛会阻止他重演阿斯佩恩-埃斯林战役的胜利，因此决定不派遣军队前去阻击。在7月4日的暴雨之夜，法军趁着奥军侦察兵难以进行侦察的机会执行了渡河计划。拿破仑知道奥地利人已经在洛鲍岛以北的河岸修筑了堡垒，因此他计划从这些堡垒的东南方渡河从而包抄这些堡垒。晚上22点，弗朗索瓦·孔鲁将军的一个旅利用划艇占领了对岸的汉塞尔格伦德突出部，随后法军开始架设他们提前造好的三座浮桥并开始大规模渡河。多瑙河对岸唯一一支奥军是冯·诺德曼麾下的一支分遣队，这支奥军奉命拖延法军的渡河行动，但他们在数量上严重不足，且遭到洛鲍岛上法军炮兵和炮台的猛烈炮击。法军的先遣部队在萨克森冈城堡遭遇了驻扎在此的两个奥地利营，他们很快就投降了。在更北边的地方，马赛纳的部队在格罗斯村也遇到了两个奥地利营，由于这可能拖延法军向马奇菲尔德的部署，拿破仑亲自到场，命令在洛鲍岛的法军炮兵发射了超过一千发炮弹，将村庄化为了一片火海，保卫村庄的奥军随即投降。由于奥军没有留下足够强大的部队，且法军有效的保护了自己的浮桥，因此法军顺利的于次日上午10点完成渡河。7月5日中午，瓦格拉姆战役拉开了序幕。
战役第一日
拿破仑带到瓦格拉姆的强大野战军包括近卫军（12625人）、乌迪诺的第二军（30469人）、达武的第三军（42541）、马赛纳的第四军（29391人）、冯·雷德的第七军（6866人）、贝尔纳多特的第九军（18272）、马尔蒙的第十一军（10070人）、欧仁的意大利军团（16659）和贝希埃尔的骑兵军（8696人），合计超过160000人，拥有433门火炮。为应对这支大军，卡尔大公麾下的奥军下辖诺德曼的前卫部队（14000人）、贝勒加德的第一军（23000人）、霍亨索伦亲王哈维尔的第二军（27000人）、科洛拉特的第三军（18000人）、罗森堡亲王奥尔西尼的第四军（19000人）、克勒瑙的第六军（18000人）和列支敦士登亲王的预备军（18000人）。此外，罗伊斯的第五军（12000人）被留在战场后方保卫通往波西米亚的高地，但因离战场太远而无法参与瓦格拉姆战役，因此卡尔大公能投入战场的兵力约为138000人，拥有414门火炮。
在完成渡河后，法军向前推进到马奇菲尔德。就在法军顺利推进的同时，奥地利前卫部队在第六军的支援下，共计25000名步兵，逐渐向北撤退。奥地利步兵成群结队，这种队形在抵御骑兵方面非常有效，但其紧凑的队伍使其极易受到炮火的攻击，伤亡人数开始以惊人的速度增加。此外，到了下午13点，诺德曼非常担心数量众多的法国骑兵可能会切断他与其余奥军的联系。看到前卫部队的危险处境，卡尔大公命令列支敦士登亲王率领五个骑兵团救援这些步兵，这支骑兵部队迅速向东进发，抵达格拉斯多夫附近，但随后陷入被动，而法军此时已拥有大量部队驻扎在那里，能够不受干扰地继续前进。奥地利第一次认真尝试减缓法军的猛攻是在下午15点左右，当时列支敦士登亲王和诺德曼试图组织联合行动，但他们很早就放弃了，因为他们意识到自己面临着来自达武的法国第三军的数个步兵师和三个骑兵师的强大力量。
7月5日的战斗态势。
再往西，贝尔纳多特的第九军一直在稳步推进，这时诺德曼的部队决定抵抗。这些士兵来自里斯旅，很快得到了第13瓦拉几亚-伊利里亚边防军和第46沙斯特勒步兵团的增援。贝尔纳多特派出第五轻步兵团的两个营，成功击退了奥军，使他麾下的其他部队继续向阿德克拉村推进，但他们不得不在15点30分左右在附近停下来，因为他们遇到了奥地利骑兵。17点左右，奥地利人发动了骑兵攻击。参与行动部队约有1000名骑兵，分成两列，左边是第三胸甲骑兵团，右边是第二胸甲骑兵团。奥地利骑兵在行进时突然遭到来自贝尔纳多特麾下萨克森轻骑兵团的400名骑兵的冲击，这些骑兵在没有支援的情况下鲁莽前进。奥地利骑兵迎接冲锋，并在30米外用手枪齐射将他们击退。这种做法在当时的骑兵战术中极不寻常，但在这种情况下却非常有效，萨克森轻骑兵落荒而逃。随后，萨克森人将主力骑兵排成梯队，由右路领头。奥地利骑兵们再次选择用手枪齐射来迎战他们，但这次萨克森人设法保持了冲锋的势头，并冲进了奥地利骑兵群。几分钟后，奥地利人被击退并被追击，直到他们被莱德勒的胸甲骑兵旅救出。在这次骑兵行动之后，列支敦士登亲王认为他已经损失了太多的兵力，因此将大部分部队撤回战线后方的安全地带，只留下五个骑兵团与第四军驻扎在马克格拉夫诺伊西德尔。
成功渡过多瑙河，将军队部署在马奇菲尔德平原后，拿破仑实现了当天的主要目标。然而临近18点时，拿破仑要么对前几次交战的结果不满意，要么担心敌人可能在夜幕的掩护下撤退，他开始下令立即进攻。拿破仑是个从来不浪费时间的人，他可能注意到太阳还高高挂在天空，而奥军右翼明显远离主力部队。这次攻击也是为了试探敌人的实力和决心，因为皇帝并不确切知道面前的奥军有多少兵力。然而，法军全都疲惫不堪，最艰巨的任务被交给了最弱的部队，即贝尔纳多特和乌迪诺的部队。此外，尽管皇帝下令立即进攻，但总参谋部未能及时将命令传达给各指挥官，导致无法发起同步行动。晚上19点至19点30分之间，法军发起炮击，乌迪诺派出第二军的一部分，向奥地利第二军发起进攻。奥地利守军已做好了进攻准备：霍亨索伦亲王将他的士兵部署成两行，以大量散兵掩护，占据了天然阵地，该阵地还用土方工程进行了加固，并部署了 68 门火炮。尽管如此，法军还是渡过了鲁斯巴赫河，由弗雷尔的师率领，成功到达了小村庄鲍默斯多夫的边缘。这个村庄只有不到 30 栋木屋和一座桥，很快就被法军的炮火轰毁了，但来自哈德格旅的奥地利守军（第8猎兵团和卡尔大公团的一个志愿营）不顾火势坚守阵地。由于弗雷尔的师无法强攻这个阵地，乌迪诺率领他的一些最精锐的部队从村庄右侧发动了侧翼进攻：第57线列步兵团和第10轻步兵团，均来自格朗让的师。第57线列步兵团英勇地从东部袭击村庄，占领了第一批房屋，然后不得不停下。与此同时，第10轻步兵团顺流越过鲁斯巴赫河，穿过悬崖下的沼泽地后，开始爬坡。当第10轻骑兵团向村庄进发时，他们首先遭到了猛烈的炮火，然后奥军步兵也向他们开火。这扰乱了法军的队形，当法军看到霍亨索伦亲王亲自率领500名骑兵向他们进攻时，法军骑兵终于惊慌失措，带着第57线列步兵团逃跑了。在混乱的撤退之后，这两个团在与近卫军相遇后停了下来，并重新集结，朝着拉斯多夫进发。此时已过晚上20点，夜幕降临，乌迪诺的部队被击退，损失惨重。
正在搜寻敌军的法国骠骑兵群。
当乌迪诺在西边的鲍默斯多夫与霍亨索伦交战时，雅克·麦克唐纳上将率军向瓦格拉姆高原发起进攻。由于鲍默斯多夫村陷入火海，东边微风徐徐，浓烟遮蔽了法军的前进。杜帕斯的师暂时隶属于意大利军团，率先发起了这次进攻，碰巧的是，该师的进攻方向正好位于奥地利第一军和第二军之间，因此可以不受干扰地从东边向瓦格拉姆挺进。杜帕斯师攻击了位于瓦格拉姆的德多维奇的师，并很快得到了拉马克师的支援，拉马克师由麦克唐纳亲自率领，其他法军师也赶来支援。看到法军前进，奥地利炮兵惊慌失措，抛弃了火炮，第35和第47步兵团也有些混乱地撤退。由于能见度降低，法军误认为他们身穿白色军服的萨克森盟军是奥地利人，并立即向他们开火，这导致萨克森军队仓皇撤退。在卡尔大公亲自恢复秩序后，奥地利人的士气高涨，第42步兵团和黑森-洪堡骠骑兵团联合发起猛烈攻击，击退了法国人，将他们赶回了他们出发时的阵地。卡尔大公的明智干预确保了反击的成功，避免了可能的危险局面。在奥军对面，伤亡惨重的萨克森人和法国人都在一片混乱中撤退，在拉斯多夫附近停了下来。
在西边，第九军的指挥官贝尔纳多特正在准备自己的进攻，他计划从西边攻击瓦格拉姆的奥地利军队。由于贝尔纳多特必须等待泽施维茨师的到来，这次进攻被推迟了，但在21点左右，萨克森人向村庄移动。当勒科克的萨克森旅接近阵地时，他们立即遭到奥地利第17步兵团的两个营和第2猎兵团的持续火力射击，但萨克森人继续前进并进入村庄。当他们到达村庄教堂附近时，萨克森人遭到第17步兵团第三营的持续射击，被迫在附近的建筑物中避难。片刻之后，泽绍的萨克森旅赶来支援，但这些部队在穿越鲁斯巴赫河时已经非常混乱，进入村庄烟雾弥漫的街道后，他们也失去了进攻的能力。烟雾大大降低了能见度，瓦格拉姆的情况很快变得混乱，因为战场上所有的部队都说德语，除了奥地利猎兵外，所有人都穿着白色制服。因此，萨克森人多次互相射击，他们的处境在22点30分左右变得更糟，当时哈蒂施少将带着新的萨克森部队进攻阵地。哈蒂施并不知道友军已经在村里了，当他准备进攻时，他看到大量身穿白衣的士兵从阵地中出来，于是立即命令他的士兵开火，经过几分钟的友军误伤和肉搏战之后，才发现这些人实际上也是萨克森人。这次偶然事件对进攻产生了重大影响，因为村子里的萨克森人现在以为自己被包围了，于是立刻溃败并撤退。第九军的士兵现在士气低落，在晚上 11 点左右，任何试图在阿德克拉集结和重组他们的尝试都失败了。
经过第一天的战斗，卡尔大公可能会对自己麾下的军队感到满意，法军没有取得任何决定性的战果，奥军多次挫败了法军的进攻。除了诺德曼的前卫部队伤亡较大外，绝大部分奥地利野战军都完好无损。不过，在7月5日夜里，马尔蒙的第十一军、意大利军团的两个师和弗雷德亲王麾下的巴伐利亚军队陆续抵达战场，极大的加强了法军的兵力优势，而奥军却没有足够的预备队可以补充前线部队。卡尔大公原本期待自己的兄弟约翰大公麾下拥有13000人的内奥地利军团从普雷斯堡赶来威胁法军右翼，但由于奥地利军事系统中一贯的迟缓和传令不畅，约翰大公的军队在凌晨1点才从普雷斯堡出发，无法赶上第二天的战斗。尽管如此，卡尔大公还是决定在第二天凌晨主动出击，希望以奇袭击败兵力优势的法军。
战役第二日
7月6日凌晨4点，奥军发起了进攻。位于奥军左翼的第四军拥有18140名士兵和60门大炮。此外，第四军还配有诺德曼指挥的遭受重创的前卫部队，这支部队已减员至约6000名步兵和诺斯蒂茨师的3120名骑兵。罗森堡亲王及时收到命令，开始组织进攻，将第四军编成三支纵队，前卫在前面开路。第一纵队由黑森-洪堡旅组成，有6个营，目标直指格罗斯霍芬村。第二纵队有16个营（12个正规营和4个后备营），包括斯温伯恩和魏斯的旅。第三纵队由诺斯蒂茨率领，有30个骑兵中队，奉命包抄法军，向利奥波德斯多夫进发。罗森堡按照命令在凌晨4左右开始行动，并指示指挥官在前进时保持士兵绝对安静，但尽管如此，部队前进时还是有些混乱，而且噪音很大。在他们对面的是法国第三军，这也许是法军中最精锐的部队，由达武元帅指挥。达武指挥着31600名步兵（莫朗师、弗里昂师、古丹师和普托师）、6200名骑兵（格鲁希师、普利师和蒙布伦师）和120门火炮。达武不知道奥军正向他发起进攻，但他自己也在准备进攻，因此他的部队已整装待发。普托的一个团驻扎在格罗斯霍芬村，古丹师驻扎在这个村庄和格林岑多夫之间，格林岑多夫由弗里昂师和莫朗师支援，而全部骑兵都部署在右翼。令法国人惊讶的是，凌晨5点左右，奥地利军队发起了进攻，奥军先头部队将法军前哨赶出了格罗斯霍芬，然后进攻格林岑多夫。达武立即下令对格罗斯霍芬发动反攻，普托师从正面进攻，古丹师从侧翼进攻，确保格林岑多夫的守军坚定地守住阵地，同时向缓慢推进的敌军纵队开火。格鲁希的龙骑兵迎战奥军骑兵纵队，而蒙布伦则派出他的轻骑兵师的一部分前往奥伯西伯布伦，试图包抄奥地利军队。达武所在地区的炮声打断了拿破仑的早餐，拿破仑以为约翰大公一定带着他的军队来到了战场。约翰大公到来的威胁被高估了，因为法国情报部门错误地将这支军队的兵力估计为30000人，而不是实际的13000人。拿破仑立即命令南苏蒂和阿里吉的重骑兵师从骑兵预备队赶往该区，随后是帝国近卫军。
罗森堡亲王在左翼发起进攻的同时，奥地利第一军指挥官贝勒加德将军也按照命令及时调动士兵。凌晨3点刚过，贝勒加德便开始行动，向南离开鲁斯巴赫和瓦格拉姆的阵地，组建了一支由三个营和三个中队组成的先锋部队，由施特海姆少将指挥，向阿德克拉进发。阿德克拉是一个战略要地，四周环绕着土石方，防御阵地坚固，贝勒加德猜测会遭到守军的顽强抵抗，但他惊讶地收到报告说该村庄完全没有防御。在确定这不是陷阱后，贝勒加德立即命令先锋部队占领该村庄，随后调集了12个营的部队，将这些部队分成两排，部署在阵地后方，并将其军的其余部分排在阿德克拉和瓦格拉姆之间。列支敦士登亲王的骑兵及时赶来支援，占据了第一军后方的广阔阵地，但贝勒加德选择不越过阿德克拉。奥地利军队立即发起攻击将对法军左翼构成严重威胁，但贝勒加德接到命令，要求他等待掷弹兵预备队到达。
法军和奥军围绕阿德克拉爆发激烈战斗。
保卫阿德克拉的任务落在了贝尔纳多特身上。然而，贝尔纳多特麾下缺乏经验的步兵在前一天晚上的袭击中损失惨重，许多部队溃败，撤退到阿德克拉以外。他的步兵人数减少到约6000人，但他仍然可以依靠两个相当有效的萨克森师。正如他后来解释的那样，贝尔纳多特认为自己处于一个暴露的位置，因此在夜间主动放弃阿德克拉，向村庄东南方向撤退近1公里，试图靠近其余军队。贝尔纳多特未经许可撤退，也没有通知拿破仑他的行动，不负责任地危及了整个法国左翼阵地。凌晨4点左右，贝尔纳多特发现敌军已在村庄及其周围布阵，便调集26门火炮，开始轰击阿德克拉，但部署在瓦格拉姆的奥地利炮兵进行了毁灭性的反击，在接下来的三个小时内，奥地利炮兵摧毁了 15 门萨克森火炮。
与此同时，马塞纳麾下第四军的三个步兵师和骑兵正在接近该地。按照拿破仑的命令，第4步兵师在布德将军的率领下被留在遥远的南方以保卫阿斯佩恩村。第四军的调动因奥地利掷弹兵预备队的阿斯普雷师先头营的到来而受到阻碍，这耽误了马塞纳麾下后卫师的推进。7点30分，马塞纳带着另外两个师抵达阿德克拉附近，拿破仑发现了他，并登上马赛纳的四轮马车，与他商讨法军面临的形势，经过简短的讨论，皇帝下令夺回阿德克拉。马塞纳指示圣西尔将军率领他的师进攻阿德克拉，看到将军拖延行动，试图找到坚固阵地的薄弱环节，马塞纳元帅催促他立即进攻。进攻由第24轻步兵团和第4线列步兵团发起，随后是优秀的黑森旅。再往东，仍然具有战斗力的萨克森军队，包括杜帕斯将军的法国-萨克森联合师也向前推进，试图在阿德克拉和瓦格拉姆之间发动支援进攻。第24轻步兵团和第4线列步兵团成功击退了驻扎在村庄前的两个奥地利营并造成了一些混乱，法国人迅速进入阿德克拉，然后试图在这个位置之外发起追击，但他们一离开村庄，就遭到了贝勒加德麾下奥地利步兵的持续射击。两个法国团撤退到阿德克拉，在那里，黑森旅增援他们，并命令他们坚守阵地。在这个阵地不远处，萨克森人的进攻也被击退，导致占领阿德克拉的法国军队的侧翼暴露无遗。此时，奥地利人在这一地区拥有显著的（尽管是暂时的）人数优势，奥地利人有44000人，而法国人只有35000人。因此，这是发动总攻的好时机，但奥地利的军事理论不鼓励指挥官采取太多主动行动，贝勒加德选择坚持他的命令，等待第三军的到来，但法军调集援军的速度显然快得多。
卡尔大公从他在鲍默斯多夫的观察哨注意到了右翼的事态发展，并立即带着新的命令骑马前往贝勒加德的营长，随后亲自组织对阿德克拉的攻击。进攻部队包括第一军的第42步兵团（埃尔巴赫）和预备军的三个掷弹兵营。列支敦士登亲王的克莱瑙骑兵团也发起了冲锋以支援步兵。这次强大的攻击将圣西尔的守军赶出了阿德克拉，骑兵的攻击导致他们加入了惊慌失措的萨克森人的混乱撤退。马塞纳的骑兵在拉萨勒和马鲁拉兹的指挥下迅速介入保护撤退的步兵，赶走了奥地利骑兵，然后向奥地利人准备在阿德克拉前部署的火炮阵地发起冲击。奥地利炮手们丢下火炮逃跑了，但列支敦士登亲王增派了骑兵，立即击退了法国骑兵。与此同时，马塞纳正准备与莫利托尔的师一起夺回阿德克拉，由勒盖的旅和第67线列步兵团带头。法军很快发现，撤退的萨克森人阻挡了他们的前进，马塞纳不得不命令他的士兵向他们开，以扫清道路。莫利托尔果断向目标前进，尽管奥军火力和骑兵威胁着他的侧翼，经过一番激烈的战斗，他于9点45分左右夺回了村庄。奥地利人在这个地区有足够的生力军，他们很快就发动了新的攻击，第一军和掷弹兵预备队的兵力也参与其中。尽管在进攻中伤亡惨重，莫利托还是坚决保卫阵地，该地区的奥地利军队花了整整两个小时才最终将他赶走。现在，法军左翼已经接近崩溃边缘。
战役第二日路过拿破仑所在地的法国重骑兵群。
拿破仑重新评估了形势，他可能注意到自己正处于一条日益弯曲的战线的中心位置。拿破仑首先传令达武加快对奥地利左翼的进攻准备，但当务之急是稳住自己饱受摧残的左翼。拿破仑不想立即投入宝贵的步兵预备队，因此他命令马塞纳与敌人断绝接触，带领他的第四军向南进攻奥地利第六军。执行这样的调动需要很高的技巧，而且风险很高，因为这意味着马塞纳的士兵必须以脆弱的纵队行进，穿过一个有大量敌军步兵、骑兵和炮兵的地区。这些部队的撤离也意味着法军防线将出现一个巨大的缺口，皇帝巧妙地计划组建一支庞大的炮兵群来填补这个缺口，通过持续的炮火阻止敌人在这个地区的推进。这需要时间，拿破仑希望贝西埃尔的骑兵预备队能够让马塞纳脱离战斗，并部署炮兵。由于法军左翼情况危急，贝西埃尔没有等待赶来支援的近卫骑兵就位就集结了他手头的全部16个骑兵中队对奥地利第三军和预备军之间的缝隙进行冲锋。然而，奥地利人严阵以待，临时组织的骑兵冲锋对已经组成方阵的掷弹兵营和奥地利炮兵无法造成多少损失，反而伤亡惨重。尽管法军骑兵发起了多次冲锋，但在列支敦士登亲王派来的奥地利骑兵袭击法军骑兵侧翼时，法军骑兵就不得不撤退了。不过，贝西埃尔的骑兵确实为马赛纳麾下部队的撤离争取到了时间。
拿破仑知道骑兵冲锋只是权宜之计，因此，当重骑兵忙于阻击奥地利步兵前进时，他命令雅克·劳里斯顿将军组建一支庞大的炮兵群，其目标是重击敌人，阻止他们前进，迫使他们放弃阿德克拉和苏森布伦之间的阵地。劳里斯顿的炮兵群由84门炮组成，包括近卫炮兵的全部 60 门火炮和意大利军团提供的24门火炮。当炮兵们就位时，他们被命令立即开火，相对较短的射程（350至550米）以及平坦而潮湿的地面使炮弹可以远距离反弹，这意味着结果几乎是立竿见影的。一发炮弹就能炸死整队奥地利步兵和骑兵，有时多达20人，这对密集的奥地利营来说是毁灭性的。为了给敌人施加更大的压力，法国炮兵被命令稳步前进，同时保持最猛烈的火力。这一举动很快迫使科洛拉特开始撤回他的部队。然而与此同时，奥地利炮兵用预备军的6磅和8磅炮持续进行反击，最致命的纵射炮火来自瓦格拉姆附近的两座 12 磅炮台，它们距离战场不到一公里，对法国炮兵造成的损失最大。
当战场东侧战火纷飞时，达武正在准备进攻，这是拿破仑想要赢得战斗的策略。为了在眼前的高地上站稳脚跟，达武必须击退罗森堡的奥地利第四军。这两支部队在前一天晚上的袭击中已经发生过冲突，当天早上5点至6点间又发生了一次冲突，当时罗森堡发动了一次突然袭击，但被法军击退。由于战场其他地区的奥地利军队未能同时发起进攻，罗森堡被迫将他的部队撤回最初的阵地，占领了高地和悬崖下方的战略村庄马克格拉夫诺伊西德尔。这个村庄是关键位置，达武必须不惜一切代价夺取它，才能使他的策略取得成功。尽管达武拥有巨大的兵力优势，但他的任务并不轻松，因为奥军有大量骑兵和炮兵可以支援步兵。此外，防御阵地十分坚固，马克格拉夫诺伊西德尔村由坚固的石屋和许多大型建筑组成，例如一座废弃的石教堂，教堂有一座高耸的显眼塔楼、一座修道院和一座磨坊，所有这些都是易于防守的建筑。法军炮兵对村庄中的奥地利炮兵进行了猛烈的炮击，得益于更多的大口径火炮，法军炮兵在长达两小时的炮火准备后几乎摧毁了奥地利炮兵。上午9点30分，达武下令发起全面进攻。激烈的战斗一直持续到下午13点，尽管奥地利第四军击退了法军的骑兵冲锋，且得到了卡尔大公亲自派来的5个步兵营和1个胸甲骑兵团的援军，但法军的炮火和兵力优势还是让罗森堡不得不撤出自己的军。
正在猛攻奥军左翼的法国第三军。
马赛纳转移麾下部队的努力相当顺利。到中午12点30分，法国第四军到达埃斯林，马塞纳收到了拿破仑的急件，告知他达武的成功并敦促他进攻。马塞纳派马鲁拉兹的骑兵清除奥军骑兵，然后袭击并占领了正在轰炸多瑙河桥梁的奥地利炮台，惊慌失措的炮手们四处逃命。不过，瓦尔莫登骠骑兵的反击让法军战马惊慌失措，奥地利人夺回了丢失的炮台，设法将除两门火炮外的大部分火炮带到安全地带，随后更多的法国骑兵（这次是来自拉萨尔的师）向他们发起了进攻。法国骑兵的进攻阻止了奥军的前进，使法国人得以对埃斯林村发动进攻。六个星期前，在阿斯佩恩-埃斯林战役中，法国人英勇地保卫了这个村庄，抵御了奥地利的几次进攻，现在他们被命令从大约1200名奥地利士兵手中夺回它。这个村庄已成废墟，但坚固的石头粮仓仍然矗立在那里。尽管如此，勒格朗师的勒德鲁·德·埃萨尔的旅还是攻占了阵地，经过激烈的战斗，他们在下午14点左右夺取了埃斯林，迫使守军逃往阿斯佩恩。马塞纳在短暂的战斗后占领了阿斯佩恩，并召集了他的四个步兵师，继续向奥军施压。
瓦格拉姆战役示意图。
