捕鱼儿海一役获胜后，朱元璋打算封蓝玉为梁国公，还把他比作卫青来进行嘉奖。然而，蓝玉接下来却不停地“作妖”。在班师回朝的路上，他毫无缘由地欺辱托古斯铁木尔的妻子，致使她自杀身亡。这种行为损害了大明的形象，也违反了民族政策。朱元璋鉴于蓝玉新立战功，没有深入追究，可蓝玉并未有所收敛。在回国快要到达的时候，蓝玉又间接逼死了北元皇妃，朱元璋依旧没有对他进行处置，这让他变得更加嚣张跋扈。

蓝玉率领军队抵达长城喜峰关时，由于守关官员在夜晚休息，没能及时开门迎接，而这其实是符合明朝军队夜晚为防敌偷袭不许开城门的规定的。可蓝玉竟然下令让士兵攻城并破墙而入。朱元璋得知此事后十分恼怒，怀疑他是不是想要谋反，紧接着就把蓝玉的爵位从梁国公改成了凉国公，还将他的过错刻在金书铁券上予以警示。这时的朱元璋对蓝玉已经很不满了，想让他有所收敛，等朱标登基后再重新启用他，好让他对朱标感恩戴德并受其掌控。

然而事情并不如人所愿，1392 年 4 月丙子日，朱标病故了。这下子，朱元璋陷入了两难的境地：要是立儿子，很可能会导致儿子们为了争夺皇位而互相争斗；要是立孙子呢，又怕年幼的皇帝继位后，大臣们会欺负皇帝，外戚也会干预朝政。朱标有五个儿子，除了夭折的朱雄英，以及年纪还小的朱允炆、朱允熙，剩下的就是次子朱允熥和三子朱允熞。朱允熥的母亲常氏是原配太子妃，照理说，他作为嫡长孙，立他好像是合情合理的。但是呢，朱允熥是常遇春的外孙，蓝玉是常遇春的小舅子，蓝玉这人很张狂，常家和蓝家在朝廷中的势力已经很大了。要是朱允熥当了皇帝，这两家的势力恐怕会更加膨胀，很容易就会出现君主弱小、臣子强大，外戚干预朝政的情况，就像西汉时外戚专权那样，会威胁到国家的安危。朱元璋一想到这些，就担心大明在第二代的时候就会走以前的老路。

按照宗法制和皇明祖训，朱元璋最后决定把朱允炆立为皇太孙。为让朱允炆能顺利继承皇位，朱元璋展开了残酷的杀戮行动。1390 年，朱元璋给李善长安上谋逆的罪名，把李善长和 8 位开国公侯处以死刑，其用意是完全清除丞相制度带来的影响，大力压制淮西派的势力，那时蓝玉所在的太子党还没受到牵连。

蓝玉案过后，傅友德引起了朱元璋的注意。1394 年 11 月 29 日，朱元璋在宫里设宴款待众臣。在这期间，傅友德的三子傅让没按规定佩戴剑囊，而且傅友德桌上的蔬菜也没吃完，朱元璋看到后立刻火冒三丈，指责傅友德对君主和父辈不敬，还把以前的事都给扯了进来。傅友德实在无法忍受这种毫无来由的侮辱和刁难，悲愤交加，回到家后竟把自己的两个儿子给杀了，接着返回皇宫自杀了。

朱元璋这么做不是没道理的，原因是傅友德的女儿和晋王成了亲家，在朱元璋眼里，这显然给朱允炆的皇位带来了潜在威胁。后来，朱元璋还以傅友德对皇上不敬以及畏罪自杀当借口，命令把傅友德全家流放到辽东和云南，让傅家落得个家破人亡的下场，陷入了极度悲惨的处境。

傅友德被清洗后，紧接着朱元璋就把重点打击目标对准了王弼和冯胜。蓝玉案出现后，王弼曾和傅友德私下说，皇上诛杀的手段特别严厉，大家应该一起想个能保护自己的办法。没想到他们这话被锦衣卫知道并上报了，朱元璋知道后特别生气，马上就下令把王弼杀了。

王弼丢了性命后，冯胜也没好到哪儿去。就因为他女儿是周王朱肃的妃子，在朱元璋看来，这层关系是个大麻烦，所以朱元璋没什么道理地就把冯胜给判了死罪。想想看，要是那时候徐达还活着，估计也得被赐死，为啥呢？他是燕王朱棣的老丈人，他家的势力和皇子关系密切，在朱元璋为了让皇太孙朱允炆能顺利坐上皇位的打算里，这肯定是被当成严重威胁到皇权安稳的事儿了。

冯胜离世后，汤和病得厉害，朱元璋亲自前去看望，汤和只能磕头，好像在乞求饶恕，朱元璋动了恻隐之心，打消了杀他的念头，汤和得以安详地度过余生。到了1398年，经过多次的清洗，只剩下武定侯郭英、长兴侯耿炳文、颍西侯俞通渊这三位开国功臣了。郭英是郭宁妃的哥哥，从十八岁就跟着朱元璋打仗，立下很多战功，奇怪的是他竟然巧妙地避开了洪武朝的四大案，其中缘由无人知晓。俞通渊是俞廷玉的儿子。朱元璋攻打江南缺少战船的时候，俞廷玉带着水军战船前来帮忙。俞廷玉去世后，俞通渊被封为岳西侯。胡惟庸案发生时，他本应该被清除，但因为他父亲的功劳而被赦免；蓝玉案爆发后，朱元璋也是念及旧情，只是剥夺了他的爵位。

耿炳文在长兴镇守，和张士诚多次交锋都取得胜利，这是朱元璋给朱允炆留下的重要力量。郭英和俞通渊可能也是朱元璋给朱允炆储备的老将。朱元璋觉得清除了很多有能力的大臣和武将后，这三位老将能够帮朱允炆对付叛乱。但是他怎么也没料到，日后起兵的人竟然是自己的儿子朱棣，而且这些老将在朱棣面前也没起到啥作用。

朱元璋大肆诛杀功臣，虽说他是想巩固皇权，给子孙后代铺平道路，然而这一做法却极大地影响了明朝的政治格局以及军事力量的分配。许多功臣猛将的消逝，致使明朝在后续遭遇变故时，缺少足够经验丰富且能力出众的人来支撑局面，朱允炆在靖难之役中的失败，跟这种人才的断档是有一定关系的。朱元璋的这番谋划，最终并没有达成他的期望，历史的发展充满了变化和无奈，实在是让人感慨其繁杂和富有戏剧性啊。