马吉翔，顺天府大兴人。为人初通文义、便黠巧佞。虽然通过结交太监获取些好处，但满足不了马吉翔的野心。崇祯十七年，明思宗自缢煤山、山河巨变。此后混乱的局势，让马吉翔看到了全新的机会。
1645年唐王朱聿键在福建登基称帝（隆武帝），马吉翔借着送军饷面圣的机会，谎称自己出自锦衣卫世家。难辨真伪也懒得辨真伪，隆武帝就授其锦衣卫佥事一职并留马吉翔在朝中效力。
此后马吉翔借出使湖广的机会，谄媚巴结诸位实权将领。目的是让他们向朝廷上报军功时，能附署上他的名字（明朝上报军功者亦有赏）。凭借这招，马吉翔很快得以升迁至安东副总兵官一职。
虽然隆武政权只坚持了一年多一点就覆灭，但是马吉翔已经在南明圈子里混出了“名声”和关系。永历帝登基后，马吉翔不仅顺利投靠，还通过诸多“老熟人”攀附上了拥立之功，并据此升任锦衣卫指挥使。
永历帝登基后就磨难不休，不断被清军攻击，也不断逃命（这些年也被一些明史爱好者戏称为“史上四大跑男”之一）。这个过程中马吉翔总是不离不弃，追随在永历左右，危难之际也都第一时间挺身相救。
这种表现不但让永历帝对其极为认可，连带他的母亲昭圣太后马氏，也觉得马吉翔忠诚勤勉，是值得托付的忠臣。由此马吉翔不仅获永安侯爵位，还走到历代锦衣卫指挥使们不敢想的巅峰，被召入内阁，“掌丝纶房事，专可票拟”。
不过永历信任马吉翔，马吉翔却不是看上去那般忠于永历。
永历八年（1654年），马吉翔想以永历为筹码，换取想当皇帝的孙可望的信任。不过保密不周，被内阁大学士吴贞毓知悉而至事不能成，“马吉翔侦知其语，报可望曰，事且成而为吴贞毓所阻”。
起初马吉翔试图利用永历的信任，陷害吴贞毓。但是永历也非常信任吴贞毓，不为谗言所动。马吉翔却不死心，联合党羽庞天寿继续构陷吴贞毓。
这下反而激怒了永历，并让他开始相信马吉翔和孙可望勾连的事实，打算法办预谋不轨的马吉翔。但是永历想出的办法却过于啰嗦（可能是忌惮锦衣卫或孙可望逼宫），他和吴贞毓商议后，计划先召李定国入卫朝廷，再处置马吉翔。
久之，日益穷促，闻李定国与可望有隙，遣使密召定国，以兵来迎。马吉翔党于可望，侦知之，大学士吴贞毓以下十余人皆被杀。《明史·列传卷八》
同样保密不周，让马吉翔获知消息，他立即暗中通知孙可望举事。孙可望则派出部将郑国率兵逼宫问罪，为自保永历不得不以“盗宝矫诏、欺群害良”的罪名，赐吴贞毓自缢并斩杀另外十七名朝臣，史称“十八先生之狱”。
此后一年多的时间里，马吉翔假孙可望之威控制了朝廷，无依无靠的永历也不得不倚重马吉翔和他的锦衣卫。原本为维护、扩大皇权而生的锦衣卫，现在反而挟制起皇权。
永历十年（1656年）正月，李定国率军进入安龙并将永历帝迎到昆明，但是永历并未就此摆脱傀儡的身份。
因为马吉翔的忽悠功夫确实出色，三下五除二就把李定国给忽悠瘸了（也有永历不信任李东国的原因）。最终两者达成协议，马吉翔在内控制朝廷，李定国在外节制军队。这不仅让马吉翔独掌内外大权，也让永历成为他的提线木偶。
此后孙可望投降清廷，李定国战败，南明政权风雨飘摇。因担心自己的众多财物被乱兵抢劫，马吉翔极力主张不与李定国汇合，放弃云南撤往缅甸。
永历十三年正月，永历朝廷逃至缅甸国界。缅人要求放下武器方可入境，随行的黔国公沐天波坚决反对。一是，藩属怎能要求天朝上国；二是，没有武器会受制于缅人。马吉翔却下令先放下武器入境再说，最终马吉翔得以入缅获取一时苟安，但是也把南明送上了死路。
永历一行刚入境，就被缅人挟制。不过这时李定国还有数万兵马在云南与清军相持，缅人还不敢彻底撕破脸，对待永历还算友善。但随着李定国的节节败退，缅人的态度也在逐渐转变，开始倾向于用永历和清廷“交易”了。
永历十五年七月，缅王的弟弟莽白弑兄（莽达）篡位，缅人对永历的态度也进一步恶化和强硬。（李定国在前一年欲救出永历，曾派军入缅和缅军发生冲突）
莽白先是以登基为由，向永历索要贺礼。其实莽白并不在乎永历给不给，因为他可以自己去拿。莽白需要的是榨取出昔日宗主的最后价值 -- 向自己“献礼”，以此来抬高自己的地位。
没有选择的永历，以拒绝来维护自己最后的尊严，明缅双方的关系也算是走到了终结。两个月后，莽白派人邀请明方官员过河议事并饮咒水盟誓。
（沐天波）今又如何行此奸计？尔去告与尔国王，就说我天朝皇帝，不过是天命所使，今已行到无生之地，岂受尔土人之欺？今日我君臣虽在势穷，量尔国王不敢无礼。任尔国兵百万，象有千条，我君臣不过随天命一死而已。但我君臣死后，自有人来与尔国王算账。
《顺治十六年八月十八日洪承畴揭帖》
虽然明白缅人没安好心，但寄人篱下又无法拒绝。在缅人的一再催促下，大学士文安侯马吉翔、太监李国泰等提出必须黔国公沐天波一同前往。马吉翔要拉上沐天波，原因很简单，想借沐府镇守云南两百多年的威望，震慑缅人。
但是马吉翔没有看明白沐天波回复缅甸使者的话，真正震慑云南和缅人的是当年强盛的大明。现今那个皇朝只剩他们这些残兵败将，就算是沐英再生，缅人也不会忌惮分毫。
最终赴“鸿门宴”的明朝官员遭到三千缅军围杀，这些缅军随后又杀向永历行营。除永历、皇后、太子等二十五人外，男子皆被屠戮，女性或被掳掠，或不堪凌辱而自尽。马吉翔和他麾下的锦衣卫也全部殒命。
因屠戮而起家的锦衣卫，在存续二百七十九年后也因屠戮而灭绝。
