1999年4月末，专案组开始对赖昌星走私集团进行调查。经过三个多月的艰苦努力，终于掌握了他大量的犯罪证据。为了防止赖昌星出逃，专案组将已经掌握的情况向上级作了汇报，并呈请公安部指挥中心部署抓捕赖昌星。

得知赖昌星短短数年间就走私货物500多亿并偷逃税款300多亿后，上级领导十分震怒，当即指示务必将赖昌星抓捕归案。8月10日晚12时30分左右，公安部指挥中心以贾部长的名义，通知厦门市公安局立即组织警力，对赖昌星进行抓捕。

厦门市公安局接到公安部指挥中心的指令后，没有马上行动，而是向福建省公安厅副厅长庄如顺进行请示。庄如顺早年在石狮派出所挂职锻炼时，经常到赖昌星开的饭馆里吃饭，每次赖昌星都不收钱，庄如顺认为他很够“意思”，二人很快就成了“铁哥们”。

赖昌星发迹后，上下打点，为庄如顺铺路，最终使他由一名普通的干警坐到了省公安厅副厅长的位置。为了“回报”赖昌星，庄如顺多次滥用职权，为他的走私活动提供便利，充当了他的“保护伞”。接到厦门公安的请示后，庄如顺立即电话通知赖昌星，让他准备出逃，之后他才批准了厦门公安的行动。

当天晚上12点50分，厦门公安出动200多名警员，分成五个小组，向赖昌星可能落脚的五个点扑去。但是由于庄如顺的泄密，抓捕行动没能成功。后来专案组披露了赖昌星出逃的一些细节，当时他接到庄如顺的电话后，一刻也没敢耽搁，让妻子曾明娜的弟弟曾明育驾车，把自己送到了厦漳高速公路漳州出口处。

在这里，赖昌星换车直奔广深高速公路，在龙岗出口下了高速，然后再由深圳边防内线人物护送过关，逃到了香港。出动200多名警员，仍未能抓到赖昌星，上级十分震怒。之后侦查人员通过技术手段，锁定了泄密的庄如顺，并将他逮捕，最终他被判处死缓并没收个人全部财产。

得知赖昌星已经逃到香港后，专案组立即采取紧急补救措施，派人员赶赴广东，准备由广东省公安厅联络香港警方，开启两地合作办案渠道，在香港抓捕赖昌星。但是赖昌星的另一个“铁哥们”，时任厦门海关关长的杨前线不知从何渠道获得了这个消息，急忙给赖昌星打电话：“你要从速飞离香港，不然就要成为砧上鱼肉。”

接到电话后的赖昌星收拾了金银细软之后，携妻带子，乘飞机飞往温哥华，12年后才被遣返。赖昌星逃离香港的当天，杨前线也被“双规”并被带往北京接受审查。直到此时，杨前线仍执迷不悟，称自己和赖昌星是“最好的朋友”。而且他不认为自己给赖昌星通风报信是泄密，称这是他们“好朋友之间的交流”，真是无耻到了极点，最终他一审被判处死刑。