在《封神演义》中，通天教主是逐渐意识到被两位师兄“暗算”（从他的角度来看），以下一些阶段大致可以看出其意识和心态变化过程：

早期阶段 - 有所怀疑但未完全确定：

封神榜制定后，截教门人不断被杀上榜，但通天教主最初可能认为这是封神大劫下的正常应劫，不过此时他应该开始对两位师兄有了一些怀疑，毕竟截教门人上榜数量明显过多，但他可能还在想这是否真的只是天数如此。

广成子三谒碧游宫，通天教主虽然愤怒但也只是让多宝道人去摆诛仙阵，此时他可能觉得两位师兄在对待截教门人这件事上有些过分，但对于“暗算”可能还没有完全从心底认定，或许只是觉得师兄弟之间矛盾加深。

中期阶段 - 开始认定被算计：

当三霄娘娘为报赵公明被杀之仇下山布九曲黄河阵，直接将阐教一干仙人一网打尽，可元始天尊和太上老君为老不尊，直接下场，将三霄娘娘给灭了。这时候通天教主心中的怒火和被算计之感应该是大大增强，因为以大欺小本就不符合常理，且自己的得意弟子被杀，他开始明确感到两位师兄是有意针对截教，是在利用封神来削弱自己。

自己的诛仙阵被破，他可能会觉得两位师兄早有预谋，还联合了西方教的人，自己陷入了一个被针对的局中，他的心态开始从愤怒转向一种被师兄弟背叛和算计后的报复心理准备阶段。

后期阶段 - 确定被暗算并报复：

诛仙阵被破后，通天教主又摆下万仙阵，此时他基本已经认定从封神开始到现在截教的种种损失都是两位师兄的有意为之，自己是被一步步逼到如此地步，他要拼死一搏，是完全确定了被暗算且利用封神来打压截教，所以以倾教之力来报复和反抗。

至于说通天教主作为混元大罗金仙前期没有完全看透的原因可能有以下几点：

对师兄弟情谊和鸿钧门下规矩的信任，从心底不愿一开始就把事情想得那么坏，对两位师兄抱有一定的幻想和信任底线。

封神大劫本身有天数的幌子，使得他难以分清哪些是天数注定哪些是人为推动。

他对自己的实力和截教的实力有一定自信，低估了两位师兄的决心和手段以及外部势力的介入。

他的心思主要还是在教门上，对于复杂的人心算计（特别是师兄弟的复杂心思）没有太上心去揣摩。