一、技术实施难度方面
目前的高速收费系统主要基于收费站的进出记录来计算费用，是按照车型、行驶里程等因素进行收费的。如果要改为每辆车每年5000km免费里程，需要对整个收费系统进行大规模的改造。
这包括对车辆信息的重新登记和管理，要准确记录每辆车的免费里程使用情况。例如，需要建立一个全国性的车辆免费里程数据库，并且要保证数据的实时更新和准确性，这在技术上是一个巨大的挑战。
车辆的识别和里程统计也存在问题。
不同地区的高速公路可能使用不同的技术设备来识别车辆，要统一标准来准确统计每辆车的行驶里程并区分免费里程和收费里程，需要投入大量的资金和时间来进行设备的更新和整合。
二、公平性方面
对于不同使用需求的车主来说，这种改变可能不公平。
一些车主可能每年行驶里程远远低于5000km，对于他们来说，原本节假日高速免费可能更有利，因为他们在节假日出行时可以享受免费，而新政策下他们无法将多余的免费里程转化为其他利益。
而对于长途运输的货车司机或者经常长途自驾出行的车主，5000km的免费里程可能很快就会用完，相比之前节假日高速免费，他们可能会承担更多的费用。
地区差异也会影响公平性。
在一些经济发达地区，高速公路交通流量大，车辆行驶里程普遍较高。而在一些经济欠发达地区，车辆行驶里程相对较低。如果实行统一的5000km免费里程政策，可能会对不同地区的车主产生不同的影响，导致地区间的不公平。
三、管理和监督方面
如何防止里程作弊是一个关键问题。
车主可能会通过一些不正当手段来篡改车辆里程数据，以获取更多的免费里程。例如，通过修改汽车的里程表或者利用技术漏洞来欺骗收费系统，这就需要建立严格的监督和惩罚机制，而这在实际操作中是非常困难的。
对于二手车的处理也比较复杂。
当二手车交易时，如何转移剩余的免费里程或者重新计算免费里程是一个需要解决的问题。如果处理不当，可能会导致二手车市场的混乱，也会影响新政策的实施效果。
5000公里免费，那所有的车辆全部能享受到免费待遇。仅节假日免费，大部分车辆因没有时间或是交通拥堵享受不到免费待遇。