含菌的肥料，也称为微生物菌肥或菌肥，对土壤有多方面的好处。

首先，它可以增加土壤中有益微生物菌的菌群规模数量，压制与抑制土壤中有害病菌的繁殖、生存空间，从而起到“以菌抑菌”、“以菌克菌”、“以菌杀菌”的病虫害防治效果。

其次，菌肥中的有益微生物菌通过在土壤中活动，可以加速土壤中肥料养分的分解转化、提高土壤中养分的吸收活性，还可以有效提高作物对土壤养分的吸收利用率，从而起到促进吸收、提高肥效、减少化肥用量的效果。此外，这些微生物还能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，培肥地力。例如，各种自生、共生的固氮微生物，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，供作物吸收利用。

再者，菌肥中的有益微生物菌还能起到疏松活化土壤、促进作物根系生长发育与吸收的作用，也能加速土壤中残留农药、积累有害重金属离子降解的作用。因此，它可以明显地抑制返盐效果，增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在微生物肥料及生物有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。

总的来说，含菌的肥料对土壤的改良和修复有重要作用，可以提升土壤肥力，改善土壤结构，增加土壤养分的吸收活性，提高作物的耐盐碱性，促进作物的生长发育，提高产量和品质。因此，在农业生产中，合理使用含菌的肥料是一种有效的土壤管理和作物增产手段。