1966年，十年特殊时期开始，这一年5月25日，北京大学哲学系党总支书记聂元梓与北大的另外六名老师在食堂张贴了一张批判教育系统干部的大字报。6月2日，这张大字报被《人民日报》以《第一张马列主义大字报》为标题转载，这也使得聂元梓一下子成为那个年代的“红人”。

伴随着十年特殊时期的进行，聂元梓逐渐成为红卫兵的头目，那段时期，她南下上海串联，迫害过上海市委书记陈丕显以及上海市市长曹荻秋，另外，聂元梓还借助自己的影响力成立了所谓的“除隐患战斗队”，迫害了包括彭真、安子文等人在内的一批老干部。

江青非常欣赏聂元梓，1966年，八届十一中全会期间，江青还专门接见了聂元梓，并请聂元梓与自己共进晚餐。对待聂元梓，江青下了很大的功夫，也一直想把聂元梓当成心腹培养，江青甚至对聂元梓说：“以后你有什么事直接给我打电话就行。”

有了江青的支持后，聂元梓更加活跃起来，1967年1月，聂元梓专门组织人员撰写批判朱德元帅的文章，并且把文章发表在《新北大报》上，《新北大报》印刷了55万份，给朱德的名誉造成了巨大的损害。

1967年4月，北京市革委会正式成立，作为著名的造反派以及红卫兵的头目，聂元梓被结合进入革委会，担任了北京市革委会副主任，摇身一变，成为副省级干部。同时，这一年，聂元梓还担任了首都大专院校红卫兵代表大会核心组组长，具体指挥北京的红卫兵。

身居高位后的聂元梓不断在北大掀起武斗，当时北大的红卫兵也分裂成两大派，一派支持聂元梓，另一派反对聂元梓，双方围绕聂元梓发起了大规模的武斗，把北大搞得乌烟瘴气，为了平息高校的武斗，1968年，毛主席安排了工宣队与军宣队进入各个高校，聂元梓也逐渐在北大失势。

1969年11月，聂元梓被安排到江西鲤鱼洲北大分校农场劳动，一段时间后，清查“五一六”开始，1971年，聂元梓被押回北大，接受隔离审查，1973年，聂元梓被安排到北京新华印刷厂参加劳动，两年后，她又被下放到北大仪表厂劳动。

1978年4月6日，北大党委向北京市委报送了《对聂元梓审查及处理意见的报告》，在这份报告中，北大党委建议对聂元梓“清除出党，并依法惩办”。在这种背景下，聂元梓被逮捕，1983年，聂元梓因反革命宣传煽动罪等罪名被判处有期徒刑17年，7月27日，聂元梓被送到北京市远郊县一监牢服刑。

值得一提的是，入狱后的聂元梓各方面都表现很好，就是拒不认罪，一段时间后，聂元梓甚至找到监狱长，对监狱长说：“我的案件不是你们判的，你们只是执行单位……你们放心，我会自觉遵守监狱的管理规定，但我是冤案，不是反革命。”

聂元梓的一番话把监狱长说得哭笑不得，不过，聂元梓也确实如同自己所说，除了拒不认罪之外，她的其他表现都很好，也自觉遵守监狱各项规定。1984年，聂元梓被保外就医，此后她主要住在北京海淀区的亲戚家中，一开始，聂元梓没有退休金，1999年之后，她每月能从街道办事处领取600元生活费，2019年，聂元梓在北京病亡，终年98岁。