对葡萄无核化处理也带来副作用。主要是采后运销过程中易掉粒和成熟期裂果的可能性加大。

掉粒的主要原因，是葡萄的穗轴和果梗在无核剂的影响下木质化并变硬，同时葡萄的果刷因种子缺失而弱化。这样，当果穗采下后，受挤压或受震动时，失去柔性和弹性的穗轴和果梗，不能适应外力的作用；再加上果刷弱化，果粒同果梗的结合力弱，果粒容易脱落。果穗上果粒着生愈稀疏，浆果愈成熟，贮放愈久，则愈易掉粒。

葡萄掉粒的程因品种，栽培技术、穗形和果穗紧密度、采收、包装，运输等条件不问而有很大差异，全面采取预防技术（详后），可基本不发生掉粒（掉粒率在5％以下）；相反，也可能严重掉粒，影响销售，降低收入。

葡萄无核化后裂果的可能性加大的原因也是由于无核剂的影响。主要是其中的赤霉素的副作用。无核剂二号处理过晚、浓度过高、多次处理，都可能使裂果程度加重。

葡萄品种不同，对无核剂的反应不同。有的品种，如乍娜，无核化栽培时裂果严重，有的品种裂果很轻。

除无核剂的影响外，结果过多，果穗过大，幼果期缺水，成熟期降雨，果皮受病、虫、农药等伤害，也是裂果的内外原因。

葡萄无核化栽培，要采取综合措施来预防裂果。