十二生肖铜兽首的失散始于咸丰十年（1860年）9月，英法帝国主义军队因逼迫清政府签订不平等条约入侵北京。10月6日下午，英法联军抵达北京，法军首入圆明园大掠。7日，英军洗劫清漪园。后英法联军对圆明园又进行了多次洗劫，直至被下令焚毁。

这座从1707年就开始营建的占地350多公顷、建有成百处意趣各异的园林风景群，由康熙、雍正、乾隆、嘉庆诸帝冠以佳名的主要建筑景观即有800余座，共悬挂内外匾额近1200面的恢弘的皇家园林在这场浩劫中残存的景致仅余十几处，同时圆明园中所藏文物也损失殆尽，十二生肖兽首也同样是在这场浩劫中不见踪影。

2007年8月，国家文物局在获悉香港苏富比有限公司准备拍卖圆明园马首铜像后，即向该公司有关负责人表示，圆明园马首铜像是中国近代被劫掠的文物，国家文物局不赞成公开拍卖，希望能以适当方式回归。9月，香港企业家何鸿燊得知相关情况后，以高度的家国情怀与责任担当，慨然出资6910万港元抢救流失文物，结束了马首铜像百余年的离散漂泊。此后，马首铜像一直在港澳地区公开展示。在国家文物局的协调下，2019年11月，何鸿燊先生决定将马首铜像正式捐赠国家文物局。

2019年11月13日，圆明园马首铜像捐赠仪式在国家博物馆举办，流失海外100余年、在2007年由澳门企业家何鸿燊购得，并在澳门公开展示多年的马首铜像被正式捐赠给国家文物局。经过双方协商一致，文物局受捐后于2020年12月1日将圆明园马首铜像划拨北京市圆明园管理处收藏。