鸡粪发酵时出现小虫子可能是由于多种原因造成的，比如鸡粪本身含有虫卵、发酵条件不当、卫生处理不充分等。处理这种情况，可以采取以下措施：

严格筛选鸡粪原料：确保收集鸡粪的过程中尽量减少虫卵的污染。

预处理鸡粪：在使用鸡粪进行发酵前，可以通过暴晒、加热等方式杀死可能存在的虫卵和幼虫。

控制发酵条件：确保发酵过程中的温度、湿度和通气条件适宜，过高的温度或湿度可能创造适宜虫子生长的环境。

定期检查与监控：在发酵过程中定期检查，一旦发现虫子，及时处理。

物理隔离：如果发现有虫子，可以暂时隔离发酵物料，避免虫子扩散。

使用生物杀虫剂：如果情况允许，可以考虑使用天敌昆虫或生物杀虫剂来控制害虫的数量。

改善环境卫生：保持周围环境的清洁，避免虫子从其他地方进入。

专业咨询：遇到难以控制的情况，可以寻求农业或环保方面的专业咨询。

在处理鸡粪发酵过程中的问题时，应当遵循国家有关环保和农艺的相关规定，确保处理方法既有效又符合可持续发展原则。同时，要注意个人和食品卫生安全，防止病虫害的传播。