干细胞定期会与免疫细胞合作。作为防御入侵病原体的主要防线，免疫细胞被认为是维持体内稳态、促进损伤愈合的关键元素。
干细胞还会有规律地同机体中运动扩散的免疫细胞“军队”相互作用，从传统角度来讲免疫系统被认为是机体抵御病原体入侵的最主要的防线。
如今科学家们认为免疫系统对于组织恒定和组织愈合非常必要，甚至是在感染不存在的情况下依然如此，研究者认为，多种免疫细胞可以帮助控制干细胞的行为。
不过，在某些情况下，免疫细胞甚至会攻击正常组织，促进癌变细胞的增殖和扩散。掌握免疫系统对于干细胞功能发挥的影响，有利于科学家们更好的应用干细胞治疗多种疾病。
尽管干细胞和免疫细胞在来源和功能以及应用方面都各不相同，但它们都在为人体健康，抵御疾病方面做出了贡献。相信随着日后更深入的了解，干细胞及免疫细胞将应用于更广阔的平台。
