明郑政权通常被视为南明历史的延续，但也有观点认为它不算南明历史。南明的各个政权均以明朝宗室为核心建立，皇帝是最高统治者，拥有绝对的权威，基本延续了明朝的传统制度。而明郑政权虽奉南明永历帝为正主，使用“永历”年号，但实际统治者为延平王郑成功及其后裔，未再拥立明朝宗室称帝和监国，是一个独立行政、以郑氏王族为最高元首的独立王国，有自己完整的体制，在台湾实际上已成为一个独立自主的王国。

南明政权主要在南方地区活动，其与清朝的对抗集中在大陆本土。而明郑政权在郑成功收复台湾后，其主要活动范围局限于台湾岛及周边地区，与南明其他政权在地理上相对隔离，形成了相对独立的体系。

南明时期政权更迭频繁、局势混乱，历史事件和人物众多，在有限的研究篇幅和资源下，学者们往往更侧重于研究南明在大陆的几个主要政权的兴衰、政治制度、军事斗争以及与清朝的对抗等方面，对于明郑政权在台湾的统治，可能因地域相对偏远和资料获取难度较大等原因，研究相对较少，给人一种被淡化的感觉。

清朝在统一台湾后，为了巩固统治，对明郑政权的历史进行了一定程度的打压和淡化，试图消除其在台湾的影响。同时，在现代台湾地区，部分“台独”势力出于分裂国家的目的，不愿意承认明郑政权奉明正朔、延续明朝正统以及对台湾的开发建设等历史事实，而是刻意歪曲和淡化这段历史，以割断台湾与中国大陆的历史联系。在传统的中国历史观中，以中原王朝为正统，南明本身在历史上就曾被视为明朝的余绪，正统性受到质疑，而偏居台湾的明郑政权在这种传统历史观的影响下，更容易被忽视或淡化。此外，明郑政权在台湾的统治时期相对较短，与南明其他政权相比，其在历史长河中的影响力可能相对较小，也导致了在一定程度上被淡化。