这个问题可太大了，真要是论起来，一篇博士论文都不够。

往大了说，太平天国这种二手的宗教拼接怪国家在当时的中国，根本找不到合适的发展土壤；她的立国宗旨不适合当时的生产力发展（这个宗旨还一直在变，《天朝田亩制度》和《资政新篇》简直是两个方向）；以及满清气数未尽，慈禧的政治水平极高，可以放下架子搞团练，宁可放权也要弄死太平天国（崇祯：WTF）；另外，太平天国本身内部也是矛盾重重，农民阶级的局限性也是个大问题。

这个回答尽量往小了说，个人认为，太平天国失败的主要原因是人才的流失。

太平天国金田起义的时候，其实人才是够用的。

天王洪秀全，精神领袖和理论大师（让基督教承认自己是上帝二儿子，这个理论水平不可谓不高）。

其他首义五王：

东王杨秀清，天生的统帅型人才，所谓“运筹帷幄之中，决胜千里之外”。

西王萧朝贵，力大无穷，属于战将型人才，冲锋先登是一把好手。

南王冯云山，政委型人才，太平天国的另一精神领袖，对于人心的把控是一等一的好手，一个人就能拉起一支队伍。

北王韦昌辉，太平天国的钱包，早期的财富大股东。

翼王石达开，又一统帅型人才，小号杨秀清。

另外，东王杨秀清还可以天父下凡，西王萧朝贵可以天兄下凡，两个人都可以暂代精神领袖。

太平天国早期的人才，还有胡以晃、秦日纲、林凤祥、李开芳等人，都不是易与之辈。

结果，金田起义的第二年（1852年），南王冯云山、西王萧朝贵就战死了，首义五王的权力动态平衡就被打破了，逐渐形成了东王杨秀清一家独大的局面。

之后的1853年，刚占领南京没多久，立足未稳，东王杨秀清就派出天官副丞相林凤祥、地官正丞相李开芳北伐（这俩的资历，再混几年封王一点悬念都没有，参照秦日纲和胡以晃）。孤军深入，缺乏后援，虽然打到了北京近郊，但是林凤祥和李开芳也就等于把命送掉了。

1856年的天京事变，东王杨秀清、北王韦昌辉、燕王秦日纲先后死去，之后翼王石达开出走，同年胡以晃病死。短短五年时间（1851年-1856年），太平天国起家的班底，除了精神领袖洪秀全、听调不听宣的翼王石达开（其实等于是分裂了），全部损失殆尽。人才都没了，这仗还怎么打？长江以北可是一直在满清政府手里呢。

天王洪秀全还逐渐抽象起来，比起打败满清政府，统一中国，他更喜欢躲在南京的温柔乡里。

太平天国后面补充的人才里，也就干王洪仁玕算是施政理论大师，忠王李秀成算是小杨秀清，英王陈玉成算是小石达开，其他的不过是泛泛之辈。后期2700多个王，除了加重了管理难度，看不出有其他效果（大家都是王，凭什么你指挥我？）。

仅仅靠着陈玉成和李秀成以及出走的石达开（牵制作用），想打败湘军、淮军和满清八旗，这是根本无法完成的任务。

总结，仅仅从人才流失的角度上看，太平天国前期的优秀人才损失殆尽了；对比满清，要是没了曾国藩、曾国荃、李鸿章、左宗棠、僧格林沁等人，恐怕离被推翻也不远了。