随着日本海军水雷学校建立，说明军方对这种武器的研究和使用越来越重视，水雷战队（也叫雷击部队）一般由3-4艘驱逐舰或若干鱼雷艇组成。这种形制的部队首次编成是在一战期间，而在二战结束前随着最后一支水雷战队「十一水战」的解散，整个战争中包括训练舰队在内一共组成过7支水雷战队。
第十二驱逐队，可见已经全部更新为特驱舰型了
自两次海军条约的签订后，日本因大型舰配额限制的原因更加重视小型舰只的建设，再之超长射程的氧气鱼雷研发成功并投入使用，驱逐舰单舰作战能力大幅增强，大型化后的驱逐舰可以随主力舰队远海出征后，日本海军开始考虑如何在战斗中配置使用驱逐舰。1930年《伦敦海军条约》期间，军令部计划组建4支随主力舰一线作战的水雷战队，由4艘轻巡洋舰作为旗舰，统帅总计64艘大型驱逐舰组成。另由1/2配置的舰队组成二线部队。这种1/4/4配置组成的水雷战队计划共组建六支，并在1936年正式写入改定的“国防所要”内。
第二十驱逐队的【夕雾】、【狭雾】、【朝雾】，拍摄角度为【天雾】
日军内部对水雷战队编成一直存在异议。
一派认为“国防所要”内水雷战队编成过于复杂难于指挥，建议修改为一支水雷战队分为两支分队，由正副司令指挥。每支分队由2支驱逐队各3三艘驱逐舰组成，整支战队12艘驱逐舰。也有人建议由3个支队各6艘驱逐舰组建一支水雷战队，这样一共是18艘驱逐舰的组成方式。
一派认为随着驱逐舰大型化，其单舰体量已经接近2000吨，不再需要严格按照 4艘驱逐舰组成一个驱逐队来编成，可适当减少至3艘即1/4/3来编成。
当1929年「吹雪型」服役时，依然是组建了一支4艘规模的驱逐队，在次年日军将两支「吹雪型」小队与一支睦月级小队混合组建了一支水雷战队（12艘）。当时二水战指挥官认为，一支水雷战队还是4队比3队好，即便只有12艘的规模，也是4队比3队好用。理由是因为当时美军驱逐舰支队是按照18艘来编成，而日军在4/4的16艘来编成时，至少在舰队数量上不落绝对下风。
结合实际训练情况，最后日军还是保留了1/4/4编制。至1941年9月开始的战时编制时，一水战、二水战均采用16艘4/4编成，而三水战则因为舰艇数量不足而采取了两驱逐队、每队3艘的编成。
水雷战队的旗舰基本都为老旧的轻巡，图为【龙田】
而作为水雷战队的旗舰，就要求有一定的炮击作战、指挥通讯、情报获取能力，因此一般都由大型的轻巡洋舰担当，因早期对轻巡洋舰舰种的认知不够，直至现代化的「阿贺野型」轻巡服役前日本水雷战队都是由老旧的「长良型」和「川内型」轻巡，指挥着一批新锐的驱逐舰来作战。
随着1941年底的到来，日本海军水雷战队们已经做好了战斗的准备。以下是各水雷战队在开战前的编成：
第一水雷战队旗舰：轻巡【阿武隈】
第6驱逐队：【晓】、【响】、【雷】、【电】
第17驱逐队：【浦风】、【矶风】、【谷风】、【滨风】
第21驱逐队：【初春】、【子日】、【初霜】、【若叶】
第27驱逐队：【有明】、【夕暮】、【白露】、【时雨】
「一水战」最出名的恐怕就是六驱了，如图……
啊，错了不是这个……
第六驱逐队，也是由整个「晓」型驱逐舰全部4艘组成
「一水战」开战时主要任务是第一舰队护卫舰队，相对冲锋陷阵的「二水战」舰体会略显陈旧。在“珍珠港”战役时，因为第一航空舰队下属驱逐舰续航力差，「一水战」旗舰及17驱逐队还被临时抽调参加了此次作战。1944年11月随着「二水战」在奥尔莫克湾战役再次被覆灭，一水战在20日改组为「二水战」，原「一水战」解散。
第二水雷战队旗舰：轻巡【神通】
第8驱逐队：【朝潮】、【满潮】、【荒潮】、【大潮】
第15驱逐队：【黑潮】、【亲潮】、【早潮】、【夏潮】
第16驱逐队：【初风】、【雪风】、【天津风】、【时津风】
第18驱逐队：【霞】、【霰】、【阳炎】、【不知火】
看见加重的雪风了么，速速祈祷：祥瑞御免、家宅平安。
「二水战」在开战前夕属于第二舰队，作为前线部队要求有强续航、高爆发能力，因此总是首先装备新舰。1943年7月科隆班加拉海战中「二水战」被歼灭，后与「四水战」合并重建「二水战」。而1944年11月在奥尔莫克湾战役中司令部再次全灭，如上借由「一水战」再次重生。1945年4月7日坊之岬海战旗舰【矢矧】及4艘驱逐舰沉没全线崩溃，13天后「二水战」解散。
第三水雷战队旗舰：轻巡【川内】
第11驱逐队：【吹雪】、【白雪】、【初雪】……【深雪】
第12驱逐队：【丛云】、【东云】、【白云】、【薄云】
第19驱逐队：【矶波】、【浦波】、【敷波】、【凌波】
第20驱逐队：【天雾】、【朝雾】、【夕雾】、【狭雾】
深雪带着怨念飘走了（深雪照）
「三水战」与「一水战」的职责相似，都是隶属于第一舰队的直卫部队。之后「三水战」于1943年编入负责所罗门群岛海域的第八舰队。美军44年攻陷塞班岛后「三水战」覆灭。
第四水雷战队旗舰：轻巡【那珂】
第2驱逐队：【村雨】、【夕立】、【五月雨】、【春雨】
第4驱逐队：【岚】、【篍风】、【野分】、【舞风】
第9驱逐队：【朝云】、【山云】、【夏云】、【峯云】
第24驱逐队：【海风】、【山风】、【江风】、【凉风】
「四水战」开战前同「二水战」一样隶属于第二舰队，职责也不尽相同。1943年7月原二、四水雷战队解散重组为新「二水战」。
第五水雷战队旗舰：轻巡【名取】
第5驱逐队：【朝风】、【春风】、【松风】、【旗风】
第22驱逐队：【皋月】、【水无月】、【文月】、【长月】
「五水战」初期随第三舰队在南方作战，待第三舰队任务完成后编成为南谴舰队加入西南方面舰队。42年3月，「五水战」解散，两支驱逐队分别加入第一海上护卫队和西南方向物资护航任务中。
第六水雷战队旗舰：轻巡【夕张】
第29驱逐队：【追风】、【疾风】、【朝凪】、【夕凪】
第30驱逐队：【睦月】、【如月】、【望月】、【弥生】
「六水战」成立初期隶属于南洋防务战备的第四舰队麾下。初战威克岛战役损失【疾风】、【如月】，后又编入了二航战的第23驱逐队，1942年7月「六水战」解散，分别编入第二海上护卫队和新组建的第八舰队。
第十一水雷战队「十一水战」为1943年组建的训练部队，旗舰为老舰【龙田】，初期有第六驱逐队协助训练，而战争后期「十一水战」驱逐队编成多为单薄的「松型」和「橘型」，直至战争结束。
