1640—1660年是英国政局动荡的20年，对英国与奥斯曼帝国的贸易产生了严重的破坏，首当其冲的是黎凡特公司。

由于和观点相左，公司在国内和奥斯曼帝国担任要职的一些成员被剥夺了职位。尽管1644年公司采取了预防措施以确认他们的特权，但是见效甚微。内战还严重影响了国内的布料加工，约克郡和英国的西南部地区是英国的纺织中心，同时也是内战的两个主要地区，战争直接影响了英国的布料生产与出口。

1644年8月，“大力神号”往士麦那和伊斯坦布尔运送了800匹布料，1645年5月则只装载了400匹。受内战的影响，英国在奥斯曼的贸易遭到了荷兰和法国的蚕食，尽管在1650年公司还声称它在奥斯曼的贸易依然占据优势，但是接下来的年份里局势发生了巨大的变化。

荷兰在结束国内纷争后，开始积极扩展自己在地中海的贸易范围。他们凭借数量众多的大型船只、廉价的运费和在里窝那向外国商人征收较低的费用的优势，开始蚕食英国在奥斯曼帝国的贸易份额，很快一部分奥斯曼商品就开始经过荷兰运抵英国。

1650年黎凡特公司的一份反对外国干预的表明，荷兰已经将伊斯坦布尔的代理人升级为大使，在士麦那任命了一名领事，并向奥斯曼出口了大量布料。1653年英荷战争期间，荷兰人希望将英国人驱离黎凡特地区。同年3月，英国舰队被荷兰人打败，到秋天时，荷兰人在直布罗陀海峡劫获了20艘前往黎凡特的英国船只，英国人采取的措施挽回了部分损失，但是荷兰依然是英国的威胁。

通过向外国商人收取较低的费用，许多原来在黎凡特公司保护下的外国商人甚至是英国人现在转而在荷兰人的保护下从事与地中海地区的贸易。法国也是英国内战时期英国在地中海的劲敌。法国海盗对英国航运业造成了不小的打击。1649年12月，黎凡特公司声称自己的8艘总价值30万英镑的货船不是被法国海盗劫持就是被击沉了。到1650年公司声称有20艘货船的损失，总价值约50—60万英镑。1652年又损失了21艘船只的货物，价值约为60.8万英镑。当然英国的回击也使法国损失了近132弗。

英法两国关系的缓和要到克伦威尔去世后两国结盟对抗西班牙。因为，西班牙对地中海的贸易造成了新的威胁，1660年黎凡特公司的两艘船只被西班牙士兵截获并被当成战利品拖进了直布罗陀海峡。困难不止来自外部，英国对黎凡特领事管理的混乱也对贸易产生了不利影响。由于内战时期英奥贸易几乎处于停顿状态，在奥斯曼帝国的英国领事们迫于生计从事其他职业，伦敦对在地中海的官员的约束大不如前，结果就是官员滥用职权的现象越来越多。

比如对非公司成员的货物进行额外的收费，与船长勾结制作假账，对向公司采购的货物多收费，通过兑换货币获利等。混乱和使英国在士麦那、阿勒颇等地的经营入不敷出。为了维持在奥斯曼的经营，黎凡特公司要求大使和领事尽可能的削减开支，减少向奥斯曼宫廷和官员的贿赂，削减大使的薪水，派遣领事代替大使，将伊斯坦布尔的工厂关闭，部分事务转移到士麦那，公司甚至通过变卖珠宝来筹集资金。尽管和公司试图采取措施挽回损失，但是这种状况要等到斯图亚特王朝以后才能有所改善。

早期英国的丝绸只能通过地中海沿线的国家从亚洲进口而获得，随着英国商人对奥斯曼贸易的经营，英国不仅可以直接从布尔萨等奥斯曼港口城市获得来自亚洲的丝绸，而且逐渐掌握了丝绸织造技术，还将从黎凡特地区进口的生丝加工成丝绸运销海内外。

英奥之间的丝绸贸易在不断扩大。到斯图亚特时期，英国已经有了一定规模的丝绸工业。同时，纺织技术的进步还体现在棉花工业的初步建立，这一时期的棉花是从士麦那和塞浦路斯进入英国的。与奥斯曼帝国的贸易不仅给英国社会带来了大量的财富和商品，也为18世纪的工业革命奠定了基础。

英奥贸易不仅推动了英国工业的发展，也为英国培养了大批贸易人才。黎凡特公司的成功不仅使伦敦商人获利丰厚，也促使其他商人通过加入黎凡特公司到奥斯曼帝国去经商。

斯图亚特王朝建立后，黎凡特公司调整了经营策略，放宽了加入黎凡特公司的条件：规定年龄大于26岁的英国商人在下次报喜节之前申请加入公司的话，支付25英镑即可被准许加入公司；超过规定日期后支付费用提高到50英镑；在黎凡特生活了三年的自由人的儿子和学徒只要付20先令；其他没有达到上述居住资格的学徒也可以通过支付一定的金额被他们的师傅录取，但任何成员每七年只能行使一次。这些收入首先用于支付公司的债务，其他盈余用作公司的年度开支。

尽管公司为了维护原有成员的利益，并不是十分积极地吸纳新成员，但是随着公司规模的扩大依然吸纳了一批新成员，这有助于为英国培养优秀的海外贸易人才，其中的一部分人将会成为其他公司的创始人或者成员，这些人对18世纪英国海外贸易的扩展发挥了巨大作用。从伊丽莎白一世建立英国与奥斯曼帝国的正式贸易到斯图亚特王朝前期，英奥两国的贸易内容逐渐发生了变化。

英奥建立正式贸易早期，英国通过出口制造军事武器的原料和传统布料换取奥斯曼帝国的农产品、手工业制品和奢侈品。到17世纪时，英国商人用制成品与奥斯曼帝国进行交换，英国向奥斯曼帝国出口的商品已经发生了重大的变化，而奥斯曼向英国出品的商品并没有发生太大的变化，这预示着在接下来两国贸易地位和角色的转变。