索额图是康熙时期的重要人物，他在康熙智擒鳌拜的过程中起到了关键作用。然而，索额图后来被定为本朝第一罪人的原因有以下几点：

1. 背叛国家：索额图在康熙智擒鳌拜后，曾经与鳌拜有过勾结，企图颠覆康熙朝廷。他与鳌拜密谋，试图推翻康熙皇帝的统治，这被视为背叛国家的行为。

2. 杀害忠臣：索额图在与鳌拜勾结的过程中，曾经杀害了康熙朝廷的忠臣。他的行为严重破坏了朝廷的稳定和秩序，对国家的统治造成了威胁。

3. 破坏社会秩序：索额图与鳌拜勾结的行为，不仅仅是对康熙朝廷的背叛，也对社会秩序造成了严重的破坏。他们的行动引发了一系列的动乱和混乱，给社会带来了巨大的不安定因素。

基于以上原因，索额图被定为本朝第一罪人，他的行为被视为对国家和社会的严重犯罪，对康熙朝廷的统治和社会的稳定造成了巨大的威胁。