启程前，马英九在桃园机场发表了简短讲话，他表达了对访问大陆的期待，称自己做两岸工作已经有37年，光是到大陆访问就等了36年。如今能来，他很高兴。他还表示，希望通过随访的大学生改善两岸目前的氛围，争取让和平更快更早地到来。但据台媒报道，在马英九抵达桃园机场前，岛内“独派”团体先行前往机场进行了抗议活动，还和航警爆发了激烈的肢体冲突。

报道称，这群“独派”分子事先分散成三三两两的小团体，溜进了桃园机场出境大厅。他们在柜台前拉起横幅，大声抗议马英九访陆。现场维安航警见状，立即派出优势警力将之驱离。据称，双方在现场爆发了激烈的肢体冲突，随后警方将闹事的“独派”分子隔离在航站楼外。还有一部分抗议者没有动手，但他们在没有事先提出申请的情况下，到机场出境查验口前举办记者会，航警向这些抗议者举牌警告，并实施了强制驱离。所幸直到马英九到达机场，发表完讲话，登上飞机，都没有再生出事端。

对“独派”分子这一行径，岛内网友直呼“丢脸”。和他们一起到达机场的，还有岛内统派团体“爱国同心会”。这些统派人士自觉自发在机场外排成一排，手持“马英九祭祖，春暖花开，我们都是一家人”的横幅为马英九送行。他们安安静静遵守着秩序，与那群吵闹叫嚷、面目狰狞的“独派”乌合之众形成了鲜明的对比。

“独派”分子活动猖獗，且头脑简单行事冲动不计后果，大陆这边自然也不敢懈怠。马英九抵达上海前夕，浦东机场加强了安保力度，在航站楼内外都增设了警力。据现场记者报道，进入航站楼的车道上都增设了警车和警员站岗，大楼内的国际港澳台抵达通道，也有警员在现场巡逻。为了保障马英九的安全，大陆也是出动了大批警力。

美台勾连导致两岸关系紧张，马英九此行是两岸紧张冲突时刻的“缓冲剂”。越是紧张冲突，越是需要对话，这是国民党同民进党最大的认知不同。蔡英文上台以来，民进党当局不断洗脑岛内民众。

马英九访陆，最直观的好处就是告诉全世界，两岸对话通道并未关闭，两岸并不是二极管式的非友即敌关系。中国人的事完全可以由中国人自己解决，也必须由中国人自己解决。也是在告诉台湾同胞，大陆并不是民进党妖魔化的那般可怕。相反，大陆始终愿以最大的诚意和善意，争取两岸和平统一，为台湾同胞谋福祉。

大陆方面极为看重马英九此次访陆的意义，国台办副主任陈元丰、上海市委常委兼秘书长张为、国台办联络局局长孙升亮、上海市台办钟晓敏和副主任李骁东，一起前往浦东国际机场接机，彰显了大陆愿抓住任何机会推进和平统一的强烈决心。多年之后两岸真正统一，那时的台湾同胞再回头看，就会发现是对话交流为台湾地区的安全稳定上了保险。马英九的访陆行也必将在统一史上留下浓墨重彩的一笔。