元朝灭亡南宋后，对巩义的北宋皇陵和绍兴的南宋皇陵都进行了盗掘破坏，但是清朝作为和元朝一样入主中原的王朝，对推翻元廷，恢复汉人统治的明太祖之陵一直礼遇有加，而且康熙和乾隆皇帝都分别拜谒孝陵，并行三跪九叩大礼，历代皇帝都对孝陵进行保护，那么为什么清朝统治者没有毁了明太祖孝陵这座前朝开国皇帝的陵墓呢？
事实上，清朝统治者不仅没有毁坏明孝陵，还对所有明朝皇帝陵墓都加以守护，以时致祭，多次修葺，惩治盗窃明帝陵墓的人等等。
辛未，诏故明神宗陵如十二陵，以时致祭，仍设守陵户。
甲申，上巡行塞外。盗发明陵，命置之法。
而在历代明帝、乃至历代中华帝王中，清朝统治者评价最高的当属明太祖朱元璋。
顺治帝就认为，在汉高祖刘邦、汉文帝刘恒、汉光武帝刘秀、唐太宗李世民、宋太祖赵匡胤、明太祖朱元璋中，最优秀的当属明太祖朱元璋。
上问汉高祖、文帝、光武及唐太宗、宋太祖、明太祖孰优。陈名夏对曰：“唐太宗似过之。”上曰：“不然，明太祖立法可垂永久，历代之君皆不及也。”
而康熙帝也认为，朱元璋起于布衣，一统华夏，功业超过汉、唐、宋的诸位帝王。
六十一年，遗谕，言：“明太祖起布衣，统方夏，驾轶汉、唐、宋诸君。”
此外，在明代皇帝陵墓中，清朝皇帝对朱元璋的孝陵也是最为重视，规格为守陵太监四人和祀田二千亩。
康熙帝南巡期间，曾分别于康熙二十三年、康熙二十八年和康熙三十八年三次亲往明孝陵祭明太祖，为朱元璋所题写的“治隆唐宋”，至今还放在南京明孝陵。
二十三年，南巡，道江宁，诣明太祖陵，拜奠。谕有司巡察，守陵人防护。
越五年，巡会稽，祭禹陵，祝文书御名，行三跪九拜礼。跸江宁，祭明太祖陵，如祀禹仪。
三十八年，复南巡，见明太祖陵圮剥，诏依周封杞、宋例，授明裔一官，俾世守弗替。
乾隆四十九年，乾隆帝也亲自至江宁祭明太祖陵。
四十九年，南巡至江宁，祭明太祖陵，礼臣具仪上，三奠酒，每奠一拜。帝命用祀少昊陵例，二跪六拜，不必奠酒，著为令。
对包括孝陵在内的明代皇陵的保护，持续到了清朝末期，除陵墓外，清朝皇帝还在历代帝王庙对明太祖加以祭祀，以徐达、刘基从祀。
光绪七年，谕禁开垦明陵旁近地亩。
甲申，迁故明太祖神主於历代帝王庙。
那么，清朝皇帝为什么要这样做？
其实，在清朝法理的叙事中，清与明是两个交替的正统王朝。即，不是“隋灭陈”式的消灭的逻辑，而是“魏代汉”式的继承的逻辑。
也就是说，清朝承认明朝的正统地位。
那么问题出现了，清朝怎么解释努尔哈赤以来清（后金）和明的一系列战争呢？
顺治帝就很明显的说了，前明清两国尽管战争不断，但目的是重归于好。无奈流寇灭亡明朝，因而清入关为明报仇。
昔之疆场用兵，本冀言归和好。不幸寇凶极祸，明祚永终，用是整旅入关，代明雪愤。
现在看来确实觉得很荒唐，但这确实是清朝的法理建构方式。
像明清这样在大打出手后还承认对方的合法性，这在历史上其实并不罕见。
五代十国时期，石敬瑭反叛建立后晋，消灭了后唐，但后晋还是承认后唐的正统地位，以后唐许王李从益奉唐之祀，为后唐皇帝立庙。
癸未，封唐许王李从益为郇国公，奉唐之祀，服色旌旗一依旧制。
乙亥，诏立唐高祖、太宗及庄宗、 明宗、闵帝五庙于洛阳。
后周也一样灭了后汉，尽管后汉隐帝杀了后周太祖郭威的全家人，可谓血海深仇，但郭威还是咬着牙，承认了后汉的正统地位。
汉高祖皇帝陵署职员及守宫人，时日荐飨，并守陵人户等，一切如故。仍以晋、汉之胄为二王后，委中书门下处分云。
再来看看明朝和清朝。
入关后的清朝统治者体现出对明代皇帝的极度尊崇，至少是表面上的极度尊崇，清军入关后，为崇祯帝发丧，以皇帝礼节安葬。对崇祯帝的皇后皇妃，也按礼制安葬。此外为崇祯帝追加谥号“庄烈愍皇帝”。乾隆时甚至还为朱允炆追加谥号。
辛卯，令官吏军民为明帝发丧，三日后服除，礼部太常寺具帝礼以葬。
己酉，葬故明庄烈帝后周氏、妃袁氏，熹宗后张氏，神宗妃刘氏，并如制。
追谥明崇祯帝为庄烈愍皇帝。
乾隆元年，谥明建文帝曰恭闵惠皇帝，庙祀之，位次太祖。
而且清朝对崇祯帝的评价非常高，认为明朝灭亡的责任不在崇祯帝，而在万历、泰昌、天启三帝，因此，除了这三位外，其余明代帝王均予以祭祀。
有明国事，坏自万历、泰昌、天启三朝，神宗、光宗、憙宗不应崇祀，咎不在愍帝也。
当然，清朝对朱家后人的防备自然不必多言，雍正帝按照历朝惯例，立明裔朱之琏世奉明祀，很显然，“朱之琏”这个名字并不符合朱元璋定下的取名规则，此人也与明朝帝系极为疏离。不过，这也算是历代惯例，以疏属奉祀。隋文帝所封的北周皇族宇文洛甚至不是宇文泰的直接后人。
戊寅，封明裔朱之琏为一等侯，世奉明祀。
不管怎么说，上述都表明了清朝在法理上自认是明朝的继承者，这正如朱元璋承认元朝的法统一样。
而朱元璋作为明朝开国皇帝，也是明朝的最佳代表，他的陵墓也成为了明遗民寄托对前政权的心理认同和怀古的重要遗迹，清朝统治者很明显知道通过暴力手段强行破坏“明孝陵”等遗迹后果要十分严重，因此，吸取元朝的经验教训，还对其进行管理与保护，还在《大清律》中写明了各种盗毁明皇陵的惩治措施。
本来努尔哈赤起兵，理论上应该算是谋反，不管你军事实力多强，反贼的帽子是逃不掉了。但李自成打进北京城后，满清统治者打着为崇祯皇帝报仇的旗号，就显得名正言顺继承天命，完美无缺。
接受了这套理论的满清统治者们显然不会对前朝祖坟有什么想法，因为他们是继承者，是合法的继承者。这样看来，前朝祖坟比那些皇室宗族更有价值，祖坟放着还能当做一种正统继承者的象征，没事拿出来作作秀。
另外，如果真的毁了，清代到时候被改朝换代后自己的陵怎么办？会不会也被效仿毁掉呢？
总而言之，至少在表面上，清朝统治者还是做到了对明朝皇帝的尊重，其法理原因在于清朝对明朝法理上的继承，现实原因则是巩固中原统治的需要。
因此，清朝统治者不但不会去毁了明孝陵乃至明朝皇帝所有的陵墓，还会好好维护它们、尊重它们，即使这种尊重是表面的。
