在论及清末文官制度变革值得肯定和有继承价值的经验之时，也毋庸避讳其变革教训之处，更毋庸回避其变革的历史局限性。清末文官制度变革的教训主要有三点：一是制度变革的非渐进性，二是制度变革的非适度性、三是制度变革的非完全国情适应性。
制度变革的非渐进性清末文官制度变革具有系统性，这是其优点。但在系统变革的过程中，清廷采用的变革方法则过于激进。除对部分传统文官制度规范在微调的基础上予以保留外，其余制度规范基本上是采用“休克疗法式”的变革方式对其予以变革，最为典型的就是对科举的停废。
其实，刘坤一、张之洞等人在“江楚会奏”三折中所体现出来的变革理念是较为稳妥的，就是一种渐进式的变革，其并未提出要对文官制度，特别是科举制度要采取休克式的方法予以变革。
清廷在本意上也不赞同对文官制度采用激进式的方法予以变革（具体可详见本文第二章相关内容），且“新政”时期的大多数权臣都倾向通过循序渐进的变革实现文官制度的近代化。譬如，清末重臣端方就主张渐进式改革。
随着“立宪预备”的推行及自革命党反满共和革命学说成为年轻一代的潮流话语后，渐进式改革逐渐走向历史深处。在这种大背景下，“毕其功于一役”式的改革路径遂成为改革的最终选择。
这种改革路径的选择，不但激进，且体现出了当时占主导地位的线性变革思维。所谓“线性变革思维”，用最简单的话语表述就是，变革只要采取照搬近代西方文官制度内的先进制度规范即可，至于被照搬的制度规范背后的时间进化、因果关系等变量因素则不在考虑范围内。
当然，清末朝野这种线性变革思维指导下的文官制度变革，其仍然有追求国富民强的主观目的，这点是不能质疑的。但为达致该目的而采用线性变革思维去指导改革并加以实践，这往往造成一种追求短期利益最大化的急功近利性，其结果对社会整体造成的伤害也是最大的。
清末科举立停后，所产生的最浅显的社会效益就是新式学堂教育获得了空前发展。据统计，科举停废前的1904年，全国新式学堂仅有4476所，但到科举停废后的1906年，全国新式学堂猛增至23862所、学生计545338人，到1907年则发展到37888所，计1024988人；1908年则为47955所，计1300739人。
新式学堂数量的猛增，也导致了学生知识结构的改变。又据统计，清末时期新式学堂里教授传统经典经义知识只占27.1％，而理科知识则占72.9％，“新式知识分子应运而生”。
但停废科举以发展新式学堂的这一变革措施，却在无意间制造了近代中国第一个较为深层的社会危机效应，那就是传统中国士绅阶层的瓦解。
客观分析，传统中国的科举制度并不仅仅是一种选官制度，更是一种充当传统中国社会向前发展的政治动力。科举制度下所造就出来的人才，并不仅仅是知识分子，更多的是一种士绅阶层。
“士绅”的职能就是代表国家在最基层传播法令和国家所认可的道德教化，其作用于国家的超稳定，具有不容小瞧的意义。但由于科举的骤然停废，本由科举造就的“士绅”阶层，再无出现的可能。
“士绅”的消失则代表着中国传统“四民”社会的彻底瓦解，其结果导致中国社会阶层的更大程度的重组，进而导致中国乡村社会急剧衰落。可以说，科举使整个封建社会的资源得到了有效的整合，更使整个社会安宁有序。
对于寒门士子而言，科举为改变命运提供了机会，为其实现上升性社会流动创造可能，既是平民积极进取的内在动力，更已内化为寒门士子的精神信仰，也是其对既存社会制度保持容忍的最后底线。
清代科举考试内容主要为四书五经，这也是新式知识分子对科举选官制度诟病的主因。但我们也不能忘记的是，四书五经乃是儒家的经典教义，其在传统中国为官方意识形态，并成为封建统治者统治中国的精神支柱。
将四书五经等儒学经典教义与科举选官考试内容相融合，是传统中国统治者传播官方意识形态的最佳路径，进而使统治者找到了政治统治与意识形态一体化的手段。
但科举骤然停废，使得官方的意识形态再无凭借，更使官方意识形态统治地位逐渐弱化。科举停废，更标志着中国人在某种程度上开始嫌弃和否定中国传统文化，其结果导致时至今日，中国人都在寻找中国的“传统文化”。
当然，不否认四书五经等儒家经典教义有其“糟粕”之处，但其精神实质仍有其合理之处，“全盘西化”未必是件好事。更不否认，新式学堂教育的出现确实推动了古老中国的科技文化向前迈进一大步，更造就出了一批为国家做出重大贡献的新式人才。
我们可从清末文官制度变革的方式方法内汲取教训，即改革不能一味地盲目冒进，但也需防止以渐进式改革为借口故意拖延改革的深入推进。
制度变革的非适度性文官制度不仅属于国家法律制度的重要组成部分，更是国家政治制度的重要内容，其不仅关涉对国家公务人员的管理，也关涉国家权力的再分配等等问题。所以，文官制度变革，必须注意变革的适度性问题。
具体言之，这种适度性，既要把控住国家政体与国家行政体系之间的平衡性问题，也要平衡被裁撤机构之公务员与制度安置之间的平衡性问题。简言之，制度变革的适度性关注的重点就是变革的国家整体的承受能力问题。
清末文官制度变革虽具有系统性、前瞻性等优点，但由于变革的激进且未考虑国家的承受力，贸然将一些根本性的制度予以变革，这就导致新式问题层出不穷。
就科举停废问题而言，虽将科举停废，在一定程度上促进了新式学堂教育的发展，且也在一定程度上开启了中国普通民众的心智，但由于清廷只顾新式学堂教育，且仅凭政治激情就立即废除科举，这使得文官制度变革产生了一种国家社会难以承受的非适度性。
可以说，新式学堂教育在一定程度上成了阻断社会阶层流动可能性“帮凶”，并使皇权统治与文官体系产生了天然的隔阂，更使皇权权威逐渐丧失。
科举骤然停废，极速地堵塞了一些下层社会的寒门士子向上流通的机会，这使其别无选择地去寻找其它出路。在这种情势下，一些旧式寒门士子在潜意识中不自觉地怨恨起新式学堂的教育。
当然，这种对新式教育的怨恨可能为小部分寒门士子的个人私愤，但这也说明科举立停后人心的不稳，社会动荡的火种就潜伏在那。更为关键的是，在当时的社会背景下，这种怨恨具有传导性。
改革是一个国家和社会能够永续发展的动力，只有不断地进行改革，整个国家和社会才能向前发展。
但改革不能一味地冒进，而不关注国家和社会的自身承受能力以及被改革者的承受能力，否则这样的改革就会直接影响社会的稳定，进而导致国家的混乱，这也是清末文官制度变革给予我们的值得吸取的最大教训。
变革后的制度规范非完全国情适应性由于清末文官制度变革是以线性变革思维方式进行的，所以不仅表现出变革方法的激进，也变现出变革后的制度规范并不能完全适应当时中国国情。
近代西方文官制度在当时来看，确实具有相当的先进性。但在移植近代西方文官制度的过程中，清廷在线性变革思维的指导下，并未对近代西方文官制度与近代西方国家之间的适应性作出认真考察和研究。
纵观近代西方国家文官制度的形成过程，其从未缺少“时间”的支持，并在“时间”的支持下，其文官制度在有坚实的物质条件和坚实的理论支撑下获得成功的实践。
譬如，近代西方国家文官，特别是议员的选举，由于有民主法治精神的支撑，加之有雄厚财力的保障，其选举往往表现出理性和平和，并能实现选举的初衷。
但反观清末时期的中国，情形就完全不一样。由于漫长的封建社会意识形态的侵浸，皇权主义、家族主义已内化为国人的血液内。虽有部分国人出洋接受西学的洗礼，但这种内化为国人生活一部分的意识形态则是在短期内无法根除的。
因此，在这种情势下骤然在短时间内搞民主式的选举抑或采取西式的方法选拔、任用官员，则显然不能完全适应当时的中国国情。
又譬如，在新式选官制度构建之初，清廷将学成考试与任官考试混为一谈，并欲对其进行简单嫁接。当其真正认识到“学成考试”与“入官试验”之区别时，由于缺少“时间”的支撑及没有与当时国情相适应，其存在的问题也是不少。
值得延伸强调的是，当对清末文官制度变革作出评价时，人们难免会联想到近代日本文官制度变革的成功。作为与近代日本文化具有极大相似性的清末帝国，则在文官制度变革中摩仿一样则“走样一样”，以致整个文官制度变革未能成功。
于此，在经过简单比较后，很多人将其归结于清廷统治者缺少改革的诚意抑或其仅是在做做样子而已。其实，对于过往历史的评价，不能对其过于简单化，更不能将过往历史作一种片面的剪裁并将当时历史语境予以简约。
结语近代日本文官制度变革的成功，得益于其近代文官制度理念进化较早，其在明治年间所进行的文官制度变革实际上是在近代日本德川时代变革的基础上发展起来的，尽管其中存在较大的飞跃，但确有制度规范及其规范背后之文化上的连续性。
更为关键的是，近代日本文官制度的变革之外在氛围及其条件是非常良好的，这不像清末时期的朝廷既要面对改革又要防止他人僭越国家统治。
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