涵江区有9个镇。涵江区，隶属于福建省莆田市，地处莆田市的东北部、福建省沿海中部，濒临兴化湾，依山面海，与台湾省一水之隔，总面积752平方千米。唐贞观元年（627年），境内围海造田，筑涵（即水闸）排涝，故称涵头（即涵江最早地名）。据明弘治《兴化府志》记载：宋代，“刘氏初开水心河”，始有“涵江”之称。涵江是莆田地区千年古镇，又是福建四大重镇之一，素以“风光小吴越，财货甲章泉”称誉。自古以商兴镇，宋代初开商埠，明代已成为莆田商贸中心，清末名列福建四大重镇之一，抗战时期有“小上海”之誉。
涵江区下辖2个街道、9个镇、1个乡，另设有1个开发区赤港开发区。其中，涵江区下辖的9个镇，分别为：
1、新县镇
新县镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区北部山区，东与福清市东张镇交界，南与萩芦镇毗连，西邻白沙镇、庄边镇，北接大洋乡，全镇行政区域面积133平方千米。新县镇辖15个行政村，镇人民政府驻湘溪西路62号。截至2019年末，新县镇户籍人口21787人。
新县镇，宋元代，属兴化县。明代，划归莆田县属广业里。清代，属四区广业里。民国时期，属广业区、四区、新县乡、游洋乡。中华人民共和国成立后，属莆田县第十区、十二区，区公所设新县枫岑亭。1958年8月，成立新县公社，属莆田县。1960年10月，新县公社改为新县区。1965年7月，撤区并乡，析大洋公社，新县公社，属莆田县。1984年9月，新县公社改为新县乡。1992年9月，乡改镇。2002年2月，新县镇划归涵江区管辖。
2、庄边镇
庄边镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区西北部山区，涵江区、仙游县、永泰县交界地，东与新县镇、东北与大洋乡相毗连，南与白沙镇、城厢区常太镇相接壤，西与仙游县游洋镇、北与永泰县相交界，全镇行政区域面积166.28平方千米。庄边镇辖22个行政村，镇人民政府驻庄边村枫埔66号。截至2019年末，庄边镇户籍人口30043人。
庄边镇，宋元代，属兴化县。明代，裁兴化县后划归莆田县，属广业里。清代，属莆田县四区。民国时期，属莆田县四区、广业区、三区、新县区，庄边乡。民国三十八年（1949年）8月，属莆田县十区。1950年，属莆田县十四区。1952年，属莆田县十三区。1957年12月，建立庄边乡人民委员会，隶属莆田县。1958年10月，庄边乡改为庄边公社。1984年10月，庄边公社改为庄边乡，属莆田县。1992年9月，乡改镇，仍属莆田县。2002年5月，庄边镇划归涵江区管辖。
3、白沙镇
白沙镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区西北部山区，东与萩芦镇毗连，南接荔城区西天尾镇，西邻城厢区常太镇，西北连庄边镇，东北与新县镇接壤，全镇行政区域面积74.57平方千米。白沙镇辖1个社区、12个行政村，镇人民政府驻白沙西路299号。截至2019年末，白沙镇户籍人口22833人。
白沙镇，宋元代，属兴化县。明代，属莆田县广业里。清代，属莆田县四区广业里。民国时期，属莆田县广业里、四区、白沙乡。中华人民共和国成立后，属莆田县十区、十四区、十三区、庄边公社、白沙公社、白沙乡。1988年10月，改为白沙镇，隶属莆田县。2002年2月，划归涵江区管辖。
4、萩芦镇
萩芦镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区中北部，东南与江口镇接壤，南与梧塘镇为邻，西接白沙镇，西北连新县镇，东北与福清市为界，全镇行政区域面积85.7平方千米。萩芦镇辖20个行政村，镇人民政府驻萩芦溪畔崇圣村半南东路189号。截至2019年末，萩芦镇户籍人口28809人。
萩芦镇，宋元代，属武化乡兴教里和唐安乡待贤里。明清代，属莆田县三区待贤里、兴教里。民国时期，属莆田县广业区。中华人民共和国成立后，先后属莆田县新县里、待贤区、十二区、十一区、涵江区。1958年，属莆田县涵江公社。1965年，由涵江公社析出，成立萩芦公社，属莆田县。1984年，萩芦公社改为萩芦乡。1992年，乡改镇。2002年5月，萩芦镇划归涵江区管辖。
5、江口镇
江口镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区东北部，东与福清市新厝镇交界，南濒兴化湾，西南与三江口镇和国欢镇相连，西北与梧塘镇毗邻，北与萩芦镇接壤，全镇行政区域面积74.98平方千米。江口镇辖1个社区、26个行政村，镇人民政府驻镇兴路1号。截至2019年末，江口镇户籍人口71196人。
江口镇，宋元代，属唐安乡永丰里、待贤里。明清代，属莆田县三区永丰里、待贤里。民国二年（1913年），设区公所，后改称区署，是县政府的派出机构。民国十八年（1929年），为二区江口乡。民国二十三年（1934年），实行保甲制度，设石江和霞源两个联保。民国二十九年（1940年），两个联保合并为江口乡，隶属莆田县涵江区。民国三十五年（1945年），成立江口镇。中华人民共和国成立后，在石庭村设立莆田县第七区（江口区）。1956年6月，撤销第七区划归梧塘区。1957年12月，从梧塘区分出在江口镇境内建立石庭乡和蒲坂乡。1958年10月，撤销两个乡，并入涵江公社。1961年6月，在江口境内设立石庭和蒲坂两个公社，属莆田县涵江区。1965年8月，两个公社合并成立江口公社。1983年，江口公社改为江口乡。1984年10月，乡改镇。2002年5月，江口镇划归涵江区管辖。
6、梧塘镇
梧塘镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区西北部。东邻江口镇，南连白塘镇，西接荔城区西天尾镇，北以尖山寨、加岭、囊山与萩芦镇相连，全镇行政区域面积30.34平方千米。梧塘镇辖2个社区、14个行政村，镇人民政府驻平和路209号。截至2019年末，梧塘镇户籍人口38955人。
梧塘镇，唐贞观年间， 太守何玉凿五个塘，其中太和塘、屯前和塘、东塘在今梧塘镇境内。宋元代，属武化乡兴教里。明代，属莆田县三区兴教里。清代，属莆田县兴教里鳌塘境。民国时期，属梧塘镇。民国十八年（1929年），梧塘为主乡，管辖某些附乡。中华人民共和国成立后，属莆田县十区、四区、涵江公社、梧塘公社、梧塘乡。1985年，梧塘乡改为梧塘镇，属莆田县。2002年5月，梧塘镇划归涵江区管辖。
7、国欢镇
国欢镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区中心，东临江口镇，南靠福厦路，西接白塘镇，北依梧塘镇，全镇行政区域面积14.12平方千米。国欢镇辖15个行政村，镇人民政府驻国欢东路519号。截至2019年末，国欢镇户籍人口42078人。
国欢镇，宋元代，属莆田县唐安乡延寿里。明清代，属莆田县二区延寿里。民国时期，属莆田县第二区，划分为塘头乡、东亭乡、冲沁乡；后划为码巷和囊山联保；后改称为集码和囊山乡。民国三十二年（1943年），属囊山乡和仁德乡。民国三十八年（1949年）9月中旬，涵江境内成立第二公所，属之。1958年10月，属涵江公社。1984年6月，成立涵江区，为莆田市辖区，属涵江区涵江公社；同年10月，涵江公社更名涵江乡，仍属之。1993年1月，乡改镇。
8、白塘镇
白塘镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区西南部，东连三江口镇，南隔宁海桥与荔城区黄石镇相望，西邻荔城区拱辰街道，北接涵西街道和国欢镇，全镇行政区域面积18.18平方千米。白塘镇辖16个行政村，镇人民政府驻上梧村。截至2019年末，白塘镇户籍人口47478人。
白塘镇，宋元代，属莆田县崇业乡孝义里。明清代，属莆田县第三区孝义里和第二区仁德里部分地区。民国时期，属莆田县第二区，划分为集奎乡、陈桥乡、镇江乡、兴安乡、显应乡、长福乡，后划为集镇和显埭联保，废联保后，改称为集码和漏显乡。民国三十二年（1943年），属莆田县涵江镇和仁德乡，后隶属涵江镇。中华人民共和国成立后，先后属莆田县第二区、第六区、集奎乡、涵江公社。1984年6月，成立涵江区，为莆田市辖区，白塘隶属涵江区涵江公社；同年10月，涵江公社更名涵江乡，白塘仍属涵江乡人民政府管辖。1993年1月，成立白塘镇人民政府，仍属涵江区管辖。
9、三江口镇
三江口镇，隶属福建省莆田市涵江区，地处涵江区东南部，东与江口镇相连，东南濒临兴化湾，南隔海与荔城区黄石镇相望，西与白塘镇和涵东街道相邻，北与涵东街道和国欢镇相接，全镇行政区域面积23.83平方千米。三江口镇辖17个行政村，镇人民政府驻高新路137号。截至2019年末，三江口镇户籍人口58990人。
三江口镇，宋元代，属莆田县唐安乡望江里、延寿里。明清代，属莆田县二区望江里、延寿里。民国时期，属莆田县第二区，划分为新浦乡、铁灶乡、后郭乡、鲸山乡、岩浔乡、西林乡、哆头乡，后划为三江联保；废联保后，又称为三鲸乡。民国三十二年（1943年），划为望江乡。中华人民共和国成立后，先后属莆田县第二区、第七区。1950年10月后，属莆田县第二区、第八区。1956年6月后，属莆田县梧塘区。1958年后，属莆田县涵江公社。1984年6月，成立涵江区，为莆田市辖区，三江口属涵江区涵江公社；同年10月，实行政社分开体制，涵江公社改称为涵江乡，三江口仍属涵江乡管辖。1993年1月，成立三江口镇，仍属涵江区。
此外，涵江区下辖的2个街道、1个乡，分别为：涵东街道、涵西街道、大洋乡。
