面团发酵时，来自小麦粉，面包酵母，以及空气中的乳酸菌，醋酸菌，酪酸菌，会生成各种有机酸，如乳酸发酵、醋酸发酵、丁酸发酵、酪酸发酵等。乳酸发酵是面团中经常发生的，面团中酸度约60%来自乳酸，其次是醋酸。

乳酸发酵：乳酸菌最适宜温度是37℃，温度高，糖越多时越活跃，是厌氧型发酵。乳酸的积累虽增加了面团的酸度，但它与酵母发酵中产生的酒精发生酯化作用，可改善面包的风味。

醋酸发酵：由醋酸菌将发酵过程中产生的酒精进一步氧化成醋酸造成的，醋酸菌最适宜温度是35℃，酒精越多，温度越高，氧气越多则越活跃，是好氧型发酵。酒精通过醋酸菌生成醋酸，呈现刺激性气味，在面包生产中应尽量避免。

丁酸发酵：丁酸菌将单糖分解成丁酸和二氧化碳。丁酸菌属厌气性微生物，它含有很多酶，这些酶能将多糖（包括纤维素）水解成为可发酵糖供发酵用。

酪酸发酵的条件是乳酸的积蓄，正常条件下酪酸发酵极微，当发酵温度较高、时间较长，水分越高时，会发生酪酸发酵，带来的异臭味。

面团在发酵过程中酸度增高是由这些杂菌繁殖引起的，它们主要混杂于鲜酵母中，故保持酵母的纯度非常重要。另外，这些产酸菌主要是嗜温性菌，所以要严格控制面团的发酵温度，以防止产酸菌的生长和繁殖。面团酸度也会随着酵母用量的增加而升高。作为酵母营养液而加入的氯化氨分解后，氨被酵母所利用，而残存的盐酸也具有提高面团的酸度的作用。

蔺毅峰研究认为，在面团pH值为5.5时，对气体保持能力最合适，随着发酵的进行，pH值降到5.0以下时，气体保持能力会急速恶化。

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