1949年11月1日，中央人民政府人民革命军事委员会成立，中共中央军委卫生部改归中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部建制，成为中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部卫生部，业务工作仍由卫生部直接向中央人民政府人民革命军事委员会请示报告，形成双重隶属关系。1952年10月1日，中央人民政府人民革命军事委员会明确卫生部的所有关系归中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部，正式启用中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部卫生部印章。

1954年10月11日，总参谋部发出关于军委总部更改名称的通知，中央人民政府人民革命军事委员会总后方勤务部改称中国人民解放军总后方勤务部。卫生部遂改称中国人民解放军总后方勤务部卫生部。1960年10月1日，根据总参谋部1960年4月19日《关于修改某些机构、职务名称事的通知》，中国人民解放军总后方勤务部改称中国人民解放军总后勤部，即日起启用新印章。卫生部遂改称中国人民解放军总后勤部卫生部。

2016年1月改革前，中国人民解放军总后勤部卫生部下设有：综合局、医疗管理局、卫生防疫局、药品器材局、科技训练局、保健局、计划生育办公室、信息中心等部门；下属院校有：中国人民解放军第二军医大学、中国人民解放军第三军医大学、中国人民解放军第四军医大学，均为副军级大学。

在深化国防和军队改革中，2016年1月改组为中央军委后勤保障部卫生局。

中国人民解放军第二军医大学改为中国人民解放军海军军医大学，归海军管理。

中国人民解放军第三军医大学改为中国人民解放军陆军军医大学，归陆军管理。

中国人民解放军第四军医大学改为中国人民解放军空军军医大学，归空军管理。

部 长：

贺 诚（中将）（1949年11月1日—1953年7月17日，总后方勤务部副部长兼）

饶正锡（中将）（1953年7月17日—1960年3月29日，1957年起为总后方勤务部副部长兼）

孙仪之（少将）（1960年3月29日—1964年10月）

张步峰（少将）（1964年10月—1966年3月3日）

张汝光（少将）（1966年3月3日—1968年3月）

陈念棣（上校）（1969年9月—1972年10月）（60大校）

张汝光（少将）（1975年8月30日—1978年7月，总后勤部副部长兼）

贺 彪（少将）（1978年7月—1979年9月，总后勤部副部长兼）

张 祥（1979年9月—1982年8月）

冯 村（1982年8月—1984年12月）

韩 光（1984年12月—1988年8月20日）（少将）

张立平（1989年4月—1994年2月）（少将）

陆增祺（1994年2月—1998年8月）（少将）

白书忠（1998年8月—2004年6月）（少将）

李建华（2004年6月—2008年9月）（少将）

张雁灵（2008年9月—2012年7月）（少将）

1952年1月出生，河北省迁西县人，中国医师协会会长，曾任中国人民解放军总后勤部卫生部部长。2003年非典事件期间他担任了小汤山非典医院院长。

张雁灵1970年12月参军，1973年4月加入中国共产党。1978年，他毕业于第四军医大学。张雁灵曾担任中国人民解放军第二六六医院内科医生、医务处主任、副院长。之后，他在北京军区担任过联勤第八分部卫生处处长，北京军区联勤部卫生部副部长、部长。2000年，他被任命为白求恩军医学院院长。2003年2月，他进入中国人民解放军国防大学进修。期间，非典爆发。

2003年4月29日，中央军委紧急任命张雁灵为新组建的小汤山医院院长。非典疫情结束后，张雁灵在2003年7月返回国防大学进修。2004年1月，张雁灵被任命为中国人民解放军总后勤部卫生部副部长。2006年8月他改任第二军医大学校长。2005年7月，张雁灵晋升少将军衔。2008年，张雁灵被任命为中国人民解放军总后勤部卫生部部长，成为正军职干部。2012年中国医师协会第三次全国会员代表大会选举张雁灵为新任会长。2018年1月8日，中国医师协会第四次全国会员代表大会再次选举张雁灵为会长。

任国荃（2012年7月—2015年1月）（少将）

1958年9月出生，河北唐山人，中国人民解放军少将军衔，主任医师，研究生学历。1977年入伍，曾历任总后勤部卫生部卫生部药品仪器检验所业务处处长、药品器材局助理员、副局长、局长、总后勤部卫生部保健局局长、解放军总医院医务部主任、副院长，2012年任总后勤部卫生部部长，2015年任解放军总医院院长。参加过香港驻军医院和小汤山医院筹建，军队医疗服务保障体系论证与建设，对外医疗和维和援助，2008年北京奥运会、汶川和玉树抗震救灾等重大行动医疗保障工作。2010年晋升中国人民解放军少将。

李清杰（2015年1月—2016年1月）（少将）

1962年12月出生，山东成武人。李清杰曾任中国人民解放军总后勤部卫生部医疗管理局副局长、局长。2012年至2015年，任中国人民解放军总后勤部卫生部副部长。2015年1月，任中国人民解放军总后勤部卫生部部长。2016年1月，出任新组建的中央军委后勤保障部卫生局局长。2017年4月，升任中央军委后勤保障部副部长。同时兼任全国爱国卫生运动委员会副主任。2021年8月调任中央军委联勤保障部队副司令员。

中央军委后勤保障部卫生局局长

李清杰（2016年1月—2017年4月）（少将）

陈景元（2017年4月—）（少将）

中央军委后勤保障部卫生局副局长

刘殿荣（2016年—）（少将）

周先志（2016年—）（少将）

季建华（2016年—）（少将）

席立锁（2016年—）（少将）