万历四十七年，明军在萨尔浒惨败于后金。对于明朝来说，这不仅意味着一个强敌崛起，也在不自觉中开始挖掘自己的坟墓。因为财政窘迫的朝廷，为了筹措继续征剿的军费，开始加派辽饷。
朝廷也不是没有明白人。御史张铨就指出，竭全国之力救辽东的策略是涸泽而渔，只会祸害大明，只不过神宗和朝廷并不在意他的意见。
自军兴以来，所司创议加赋，亩增银三厘，未几至七厘，又未几至九厘。辟之一身，辽东，肩背也，天下，腹心也。肩背有患，犹借腹心之血脉滋灌。若腹心先溃，危亡可立待。竭天下以救辽，辽未必安，而天下已危......
《明史·卷一百七十九》
沉重的税赋让平民难以生存，有限资金大量投入辽东则让关内各军镇缺饷更为严重，进而诱发了– 流民和逃军。虽然这已是明朝顽疾，在过去的两百多年里很常见，但是崇祯二年性质发生了变化。
当年后金绕开关宁防线入寇京畿，朝廷急令各地督抚率军勤王。
由于事发突然，各地紧急动员之下准备严重不足，军饷粮草难以接应。而且这些部队到达京畿后还得继续挨饿，因为朝廷同样准备不足，无粮饷可发。这次大规模勤王，导致大量军士逃亡，甚至是成建制的逃亡。
如山西总兵张鸿功和巡抚耿如杞率领的数千士兵抵京后，因缺粮士兵开始抢劫地方。朝廷不发粮饷解决问题，反而以约束不严的将张鸿功和耿如杞下狱问罪，导致数千山西兵一哄而散。
这次大规模逃军，不仅削弱了各地的军事力量，更重要的是逃亡的士兵为了生存大量加入流寇，让流寇的战斗力整体上了一个台阶，从此朝廷也不得不开始重视流寇问题。
对于流寇，朝廷最初的态度是“招抚”。
左副都御史杨鹤认为征剿就需要扩充招募军队，而且征剿之后还要考虑士兵们的善后问题。都要大量花钱不说，这些钱还都是收不回来的。而把钱花在招抚上则不一样，因为每安抚一个流寇，意味着朝廷多了一个纳税的农民。
崇祯深以为然，遂发布招抚诏书，并任命杨鹤为三边总督前往陕西招抚流寇。
杨鹤的观点有其道理，他在实际工作中也尽心尽力，工作成效也颇为出色，最初陕西的各部起义军几乎都接受了他的招安。但是有个问题是他和朝廷难以解决的 –钱不够。
虽然为了招抚崇祯拿出了十万帑金，各地藩王也捐助五万白银和粮两万石。但是招抚不是解决一顿饭的问题，是要解决长期吃饭的问题。因此需要赈济流民较长时间，以助其能自力更生。这就不是十几万两能做到的了。
前赈臣（李继贞）携十万金往，度一金一人，止可活十万人。而斗米七钱，亦止可活五十日耳。皇上宜敕赈臣回奏，前十万金果足乎？不则当早蓓恩膏，虽内帑不宜惜也。
《绥寇纪略·卷一》
由于后继资金不足，招抚渐渐陷入危机。主剿派开始抬头，攻击杨鹤的绥靖政策。而地方官员为了一了百了，甚至开始诱杀受降的各部流寇首领和骨干，进一步激化了官民矛盾。各种因素的叠加之下，被招抚的各部流寇纷纷重新叛乱。
陕西重新恶化的局势让崇祯大怒，并将杨鹤视为罪魁祸首，革职、下狱、流放戍边。朝廷对流寇的态度，也转变为“围剿为主”。
此后洪承畴和卢象升等将领的围剿成绩虽然不错，屡屡大胜流寇。但是朝廷难以解决的三个问题，却让官军胜而不能灭，流寇也越剿越多、越剿越强。
首先因辽东的无底洞，朝廷拿不出钱来赈济各地灾民、补发各军卫军饷，这就导致着流寇的“源生地”一直存在。明军消灭流寇就像割韭菜一样，割了一茬又长一茬。而且军事消耗导致的税赋增加，又会催生出更多“韭菜”。
其次明朝的军事指挥管理系统，导致各地督抚难以剿尽各部流寇。朝廷为了防止各地督抚坐大，威胁朝廷。不仅空降监军宦官干预督抚的军事指挥，还通过拆分明军的形式，限制各地督抚的军权。
更重要的是皇帝不愿意皇朝除自己之外，还有其他人或部门能全盘调动明军以及各地资源。
因此各督抚只能调遣自己辖区的军队和官员，互相平级，谁也指挥不了谁。虽然可以率军越境执行任务，但是想越境获取支援和当地补给就不可能了。想要协同作战只能上报兵部，最后由皇帝定夺。而通讯效率决定了，这种联合作战的成功率近乎为零。
而流寇就利用了这一点，打不过就跑，逃出辖区就能活命并重新聚集队伍。朝廷也不是没有意识到这个问题，解决的办法是扩大总督、督师的辖区（最高到七省）。但是整个指挥体系并没有变，各级官员的管理体系也没有变，督师们也无法在各地贯彻自己的策略，所以效果并不那么显著。
各部流寇就在这种屡败屡战中锻炼了将领队伍，每失败一次，反而强了一分。
最后，朝廷既无法剿灭辽东后金，也与后金和解息兵，更无法防御后金入寇。后金每次破边墙南下劫掠，不仅消耗明朝实力，大规模制造流民。还让朝廷不得不召各地平叛军入京勤王，导致平叛大业数次功亏一篑，白送流寇喘息机会。
不堪被两线夹击的明廷，换了新的策略。
崇祯十年，杨鹤之子杨嗣昌提出了新的战略“攘外必先安内”和“四正六隅、十面张网”。前者是让朝廷先缓和与后金的关系，集中力量优先剿平流寇。后者则是扩军后统一调度，先大范围围死各部流寇，然后再压缩包围圈绞杀之。
为了实现后者，在杨嗣昌的建议下朝廷在辽饷的基础上加征了剿饷。杨嗣昌很清楚这是个饮鸩止渴的方法，加征会逼出更多的“流寇”。因此他也没做什么十年规划，而是“期百日平贼”然后就取消加饷。换句话说，这是不成功便成仁。
对于前者，杨嗣昌希望朝廷能与后金议和。崇祯虽然原则上同意并授意辽东巡抚联系后金，但是并不愿直接拍板表明态度。除了皇帝不愿意担责之外，千年来对外敌主战即“政治正确”的影响也不容忽视。
然而两次廷议，主和的声音均未在朝堂占据上风，皇帝愈发不愿意表明态度。议和之事只能不了了之，感觉被戏耍的后金遂再次入寇给明廷制造压力，明朝不得不继续两线作战。
围剿流寇的成绩还不错，至崇祯十一年中，李自成已被剿成光杆，张献忠和罗汝才也接受了的招安。朝廷似乎看到了胜利的曙光，但这只是一时的幻像。
因为十面张网未能如预期般的“百日平贼”，导致朝廷在加征剿饷后仍然资金严重不足。为了降低军费开支，朝廷招降张献忠和罗汝才时同意了“不接受朝廷改编和调遣”的条件，这实际是白送他们喘息、恢复的机会。
崇祯十二年五月，张献忠、罗汝才重举大旗、复叛朝廷。为了筹钱平叛，朝廷又加征了练饷。既然已经喝了毒，也不在乎再多喝一口了。但三饷的毒，很快就展示了它们的威力。李自成凭“迎闯王、不纳粮”的口号，很快就聚集出比之前更为庞大的队伍。
此后李自成在河南战场横扫明军，张献忠则在四川、湖北一带拖死了杨嗣昌。而关外的后金，也在松锦大战中将明朝九边精锐全歼。双线的“战果”，也宣告了明廷这轮战略的彻底失败。
已经濒临覆灭的明朝，打出了最后的“牌” -- 孙传庭。
此时明廷由于连续大败，基本丧失了全部机动兵力（关宁军被钉死在宁远，左良玉部已流寇化），各路流寇的实力已在官军之上。其实不论孙传庭能力如何，别说回天，能守住陕西都不错了。
然而崇祯是不可能接受这种结果的。虽然他给不了孙传庭多少实际支援，但他能不停的给孙传庭制造实际压力。
在崇祯的催促下，孙传庭只得率招募的新军征剿李自成部，很快就全军覆灭并战死于潼关。随他而去的则是朝廷最后的“希望”，五个月后随着李自成入城，光杆的崇祯自缢殉国。
