新疆医科大学目前下设26个院部，开设29个本科专业、11个专科专业，有6个国家级特色专业，9个国家级一流本科专业建设点，5个一级学科博士学位授权点、2个专业博士学位授权点，13个一级学科硕士学位授权点、8个硕士专业学位授权点，4个博士后科研流动站、4个博士后科研工作站。

根据新疆医科大学研究生院发布的《新疆医科大学2025年拟推荐推免生名单公示》，2025届推免名额155个，其中普通推免名额150个，研究生支教团5个。

2025届推免名额分布于15个学院，其中第一临床医学院25人、中医学院24人、第三临床医学院21人。

其他学院推免人数：公共卫生学院11人、药学院11人、第二临床医学院10人、第五临床医学院10人、护理学院8人、医学工程技术学院8人、口腔医学院8人、健康管理学院6人、儿科学院5人、基础医学院4人、人文学院2人、第六临床医学院2人。

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